逐鹿之戰以後，東皇太一入主九天居天皇之位。小說他一位建立了遠古天庭，並且對逐鹿之戰的功臣進行冊封，在洪荒時期建立了一個森嚴的製度。而眾聖及其後裔被劃分為靈類。

    不僅如此，東皇太一還在九天之，建立了南天門，布下混元河洛大陣和周天星鬥大陣以保天庭安全。

    而東皇太一座下五位弟子，助東皇太一統領靈類，被人稱為五禦大帝

    他們分別是統禦萬天玉皇大帝，統禦萬神勾陳大帝，統禦萬靈青華大帝，統禦萬雷長生大帝和統禦萬星紫微大帝。

    為了避免逐鹿之戰戰死的亡魂不入輪回為禍世間，東皇太一以巨鍾在九幽地底開辟出一方虛空世界，稱為冥界。設立陰曹地府，統禦冥類。將逐鹿之戰擒拿的以神荼，鬱壘為首的戰俘降卒冊封為陰神，由陰神受命節製大地，獵守巡查所有不肯入幽冥的亡魂。

    而遠古部落之那些由女媧點化而成的泥土靈水所化種族劃分為人類，其以炎黃兩脈所傳後人及九黎族後人為主，他們受軒轅黃帝統領。

    而遠古部落當的洪荒異獸，遠古妖族劃分為獸類，而軒轅黃帝巡狩，至海濱而得白澤神獸。白澤口吐人言，達萬物之情，黃帝因問天下鬼神之事，自古精氣為物遊魂為變者凡萬一千五百二十種。白澤言之，黃帝令以圖寫之，以示天下，統禦獸類

    正當整個洪荒時代處於一片和平時，盤古的化身鴻鈞道人門下一名弟子叛出師門。

    該弟子名叫元祖天魔，他因三屍未斬，心生惡念被鴻鈞道人逐出師門。被逐出師門以後，元祖天魔勾結以刑天為首蚩黨發動暴亂。

    刑天本與蚩尤交情匪淺，然後又受到元祖天魔的挑唆，心生魔念。手持幹戚殺了黃帝的宮殿。

    黃帝與刑天在常羊山激鬥，刑天一時不備，被黃帝砍下頭顱。黃帝將刑天的頭顱封印在常羊山內，刑天大怒，施幻化之術，把化作眼睛，把肚臍化作嘴巴，想要與黃帝再決高下，黃帝不願殺之，便施法把刑天困在了常羊山。

    刑天被困在常羊山，萬念俱灰，最終丟棄幹戚，倒地而亡。

    刑天死後，元祖天魔順利成了這幫蚩尤餘黨的領袖，他具有魔化洪荒人族的力量，所以他帶領蚩尤餘黨不斷壯大，不斷地吞並黃帝的部落。

    軒轅黃帝見元祖天魔的勢力越來越強大，隻好請求東皇太一的幫助。

    東皇太一得知以後，率領天庭眾神與元祖天魔的魔軍展開了大戰，元祖天魔與東皇太一大戰七天七夜，最終不敵敗退。

    東皇太一乘勝追擊，將元祖天魔與眾魔軍逼至不周山，東皇太一以巨鍾在不周山頂布陣開辟一方虛空世界，在不周山頂設壇封天，將元祖天魔和眾魔軍封印在虛空世界之，並命令水神共工和火神祝融留在不周山看守神壇。

    不周山封魔以後，天地再次重歸和平。

    但是東皇太一沒想到的是，虛空世界雖然封印住了元祖天魔使他不能破封而出，但是並不能完全封印住元祖天魔的魔氣。元祖天魔的魔氣從封印溢出，侵入水神共工的體內，久而久之，在共工體內形成魔種。

    突然有一天，共工魔性爆發，欲破壞神壇封印，祝融為了阻止共工，與共工在不周山展開了大戰。二神旗鼓相當，共工見久久不能取勝，便以頭撞不周山，破壞了神壇封印。但是，與此同時，天柱崩塌，天地幾近覆滅之災。

    在這緊要關頭，共工突然清醒過來，為了防止魔軍逃出為禍人間，他與祝融水火相融，耗盡本源封印住了虛空世界。

    但是，水火二神雖然困住了魔軍但是元祖天魔卻在封印破除的同時已經離開了虛空世界。

    天柱崩塌，滅世濁海和滅世天火從天地裂痕墜入人間，天地眾生遭受滅頂之災。

    為了解救天地眾生，女媧與伏羲二人率領眾聖煉石補天，但是此時天地已經千瘡百孔，眾聖隻能以身煉石，方能完成補天。

    因此，這批天地孕育而出的始祖眾聖，一個一個投入女媧的造物仙鼎之，被煉成五彩石，最終又重歸天地。最終天地裂縫幾乎全部修複，唯獨位於天地交界處有一處裂縫，女媧欲以身入鼎修補裂縫，伏羲不忍妹妹因補天而亡，化出一隻靈蛇救下女媧，自己代替女媧以身補天，然而女媧下肢已經被煉化，與靈蛇化為一體，成身為人，下身為蛇之形。

    女媧補天功成，眾聖多數隕落，元祖天魔欲借此良機劃破天地裂痕，放出魔軍。被東皇太一所阻，東皇太一為了防止他再次為禍人間，犧牲自己與其同歸於盡。但是，元祖天魔肉身不滅不毀，死後化成了一方石碑，在虛空世界與天地裂縫之間打通了一個細微的隧道。而其魔性真元被東皇太一封印在一座靈山之。

    天地重歸安寧

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