確立建國思想之後，曾紀澤還對大漢國的國民進行了深入了解，此時在南洋地區的華人，主要是經商的，礦工，多數為流民，都是目不識丁的勞動力，原本都是受人欺負的豬仔，對比以前的生活，所有華人都期待有一個新的政權能讓他們翻身，過上好日子。曾紀澤能感到他們的切身利益和希望，他和陳金聲能人謀劃的新政推行，估計也會順利，不過以當時大漢國的城市規模和人口結構，共和新政和工商立國的政策無法全麵推行，曾紀澤必須要未雨綢繆，腳踏實地一步步走，而改革的第一步，就是要進行軍事改革，槍杆子裏出政權，這是亙古不變的真理。

    人為財死，鳥為食亡。當時的社會，在一個人擁有巨大財富後，又沒有強大的武力保護，很容易遭到外人窺探和掠奪，一個國家也是一樣的。更不用說處於“全球搶劫”的殖民時代，當婆羅洲是一片原始森林時，沒有任何經財富價值時，那些強盜自然不會“撐著”沒事幹來搶它。但蘭芳國經過百年建設，其他華人和荷蘭人也開發了這片土地，上麵的金礦和礦產，帶來了巨額財富。曾紀澤知道，大漢國移民過來再開發一段時間，將婆羅洲建設成一個富裕的地區，肯定會招來英國和法國那些歐洲列強的覬覦，他們就像嗜血的狼，到那時如果沒有強大的武力保護，一番努力肯定白費。所以大漢國要想立足南洋地區就必須自力更生，在從廣東和江浙地區來了五萬移民後，曾紀澤就開始對大漢國的軍事力量徹底改革，槍杆子要重新建設。

    統一婆羅洲後，曾紀澤擁有的武裝，黑旗軍加蘭芳國的當地華人武裝，已經達到二萬人，其中經過初級軍事訓練的人在八千左右，經過戰場生死考驗的核心戰鬥人員有四千人。

    曾紀澤的華人武裝占領婆羅洲後，麵臨不再是陸地上的威脅，而是來自海上的掠奪，除了列強海軍，還有各種海盜，曾紀澤急切需要對華人武裝力量進行整編改革，於是他策劃了婆羅洲軍事力量建設指導方案建立曾紀澤為首的軍事指揮機構，包含總參謀部、軍事情報部、後勤裝備部、大漢軍事學院等，並逐步完善各部門機構。建立陸海作戰兵種體製，依據當前實際情況，建立陸軍、海軍兩大主要作戰力量，陸軍包含步兵、炮兵、騎兵、通信兵、工程兵等兵種，海軍岸防兵、陸戰隊等兵種，曾紀澤還建立了特種部隊，屬於最高領導人曾紀澤親自指揮，由陸海兵員中選拔軍事素質最優秀、最忠誠的兵員組成，四百人，由蘇慕白擔任特種兵指揮官。

    曾紀澤還在島上建立預備役體製，預備役兵一萬人，確保作戰兵員及時補充，原來蘭芳國就是全民皆兵的製度，這一點並不困難。

    以上是曾紀澤的建設軍事力量的設想，以當前地資源和條件尚無法一下子建立起來，主要原因缺乏高素質的軍事人才。所以曾紀澤決定先建立大漢軍事學院，親自擔任校長，以劉永福等黑旗軍骨幹為教官，重視實踐訓練。

    大漢軍事學院以培養青年軍官為主要目的，以前曾紀澤粗糙訓練黑旗軍的方式，也被整理成青年士官訓練指南，內容重新規範。規定陸軍青年士官主要訓練隊列、擒敵、戰術、體能。

    射擊訓練為練習一百米站臥蹲三姿精度射擊，軍事學院海軍分院多了遊泳的科目。

    隊列訓練包括單兵隊列、集團隊列、軍姿儀表等。

    擒敵訓練包括姿勢、步伐、拳法、腿法、防擊打技術、擒拿等內容。

    戰術訓練包括單兵戰術有臥倒、持槍臥倒、端槍臥到、運動姿勢為低姿匍匐、高姿匍匐、側身匍匐，高姿側身匍匐、滾進等集體戰術排除陣列對射戰術，采用使用的散兵作戰小組製，每三至五人為一個戰鬥小組，分散出擊相互配合，進攻時以班排為最小作戰單位，依次掩護、交替出擊、梯子配置，減少被射擊麵積，降低傷亡率。

    體能訓練包括五公裏越野、百米衝刺、蛙跳、俯臥撐、組合體能練習等。

    另外還有軍事思想教育，為了保證這支軍隊的絕對控製權，每周五接愛軍人的價值教育，包括學習軍歌，保密條例，內務條例，隊列條例，紀律條例等，其中紀律的第一條就是堅決擁護和執行曾紀澤的命令，保家衛國。

    而且曾紀澤在大漢軍事學院分科進行兵種專業技能訓練，如步兵科專業訓練射擊、體能、擒敵、格鬥、槍械保養等各種軍事技巧。炮兵科加強炮兵的要求和建設，主要包括炮兵技術訓練和炮兵戰術訓練。技術訓練包括炮擊、兵器與操作，包括火炮、彈藥和技術裝備的性能、構造、工作原理和操作使用、維護保養，炮兵偵察測地，炮兵通信，工程保障等。

    炮兵戰術訓練包括合同戰術原則、炮兵戰鬥基本原則、戰鬥指揮、戰鬥保障，攻防作戰中炮兵戰鬥行動和專業兵之間、兵種之間的協同訓練。

    工兵科主要是學習遇山開山，縫水架橋，構建營地等。

    後勤科主要是學習如何保障部隊或者基地的糧食、水、彈藥補給等問題。

    軍事學院一期招收學員兩千名，曾紀澤要求這批人大半來自貧苦華人家庭，還安排了文化課，教這些軍官讀書識字，他這個校長還親自去軍事學院授課。

    曾紀澤成立陸軍部，劉永福擔任陸軍參謀長，陸軍編製一萬二千人，建製仿照二戰時期英軍編製，旅下設兩個步兵團一個炮營一個通訊連，每團下設三個步兵營一個通訊排，每營下設三個步兵連一個通訊班，每連下設三個步兵排一個5人通訊組，每排下設三個步兵班，每班編9個步兵人員。

    海軍部八千人，曾紀澤直接指揮，組建三個港口炮台，岸防兵員1500人，大型千噸級蒸汽軍艦除了“龍騰號”，在爪哇海戰中俘虜的荷蘭主力艦也被改造成“龍興”號，還用五六百噸的商船改造了十來艘炮艦。

    不過，大漢國的海軍總體實力較弱。不過好在當時資本主義國家奉行自由貿易，國家沒有軍事限售一說，有黃金白銀不隻能買到軍艦，整支艦隊都能買到。一些政府經常做一些賣老艦買新艦的交易，借其他國家急需之際，高價出讓本國的現成軍艦，比如英國就曾想賣給大清國阿思本艦隊阿思本艦隊計有中級兵輪三艘，小級兵輪四艘，造艦武器總經費計八十萬兩，艦隊有七艘在英國購置的軍艦，由英國海軍上校舍納德阿思本為司令，船上六百名軍官及水手俱在英國招募。艦隊1863年開到天津，但由於艦隊的司令和清政府對指揮權、用人及花費等各方麵皆出現嚴重分歧，最終雙方解除合約，這支艦隊解散，各軍艦由阿思本帶回倫敦拍賣。

    曾紀澤知道戰艦可以通過二道販子來買，完成新一輪軍事改製訓練後，曾紀澤便派人去歐洲購買武器，並派了一批技術工人，去英國和德國船廠學習建造技術，作為海洋中島國，麵對四周的汪洋大海，海軍是必不可少的防衛力量，曾紀澤想與英德簽訂購艦協議和軍火采購協議。這一點，隻要有錢，加上有陳金聲等華僑商人從中牽線搭橋，並不困難。

    當時歐洲各國的軍火商，也是唯利是圖的。曾紀澤用荷蘭人戰敗賠償的二十萬兩白銀，加上蘭芳國庫裏的三十萬兩白銀，采購了兩艘英**艦和一大批克虜伯大炮和後膛槍，補充大漢國的軍事武裝，使得大漢國的軍事力量一日千裏，當時足夠在南洋地區立足。

    軍事力量大大增強後，曾紀澤決定在大漢國成立專門的移民部，從廣東和江浙一帶大批運移民到婆羅洲，這時候英法聯軍占領了廣州，抓了兩廣總督葉名琛，清政府無力控製當地老百姓，加上太平天國的戰亂，當地百姓民不聊生，很多人聽說大漢國華人地位高，都願意出海謀生。

    很快，大漢國的華人，就達到上百萬人，曾紀澤下令免費分給到婆羅洲的華人一定的土地和森林，讓他們安家。