從檜扇市出發旅行的少女，如果被選為主人公，她會從被紅豆杉博士拜托的貝爾處得到初學者神奇寶貝和神奇寶貝圖鑒，展開屬於自己的旅程。旅程開始。芽衣會被同修在算木牧場內遭遇兩年後的等離子團，會在算木鎮被前任冠軍阿迪克叫去特訓，從而擁有了打敗檜扇市新上任道館首領切連的能力，得到首枚徽章後，會在檜扇市道館前得到貝爾與切連的聯絡方式與C連接裝置。

    芽衣

    在旅程中，芽衣會經曆很多BW1沒有的設施，如在立湧影城的口袋塢與前任冰係道館首領哈奇克以及關東超能力係道館首領娜姿一同拍電影，在如今高樓林立的4號道路徜徉徘徊，在雷文市前的加盟大道嚐試著和各種人交流並在商業領域成名、在帆巴市新建的戰鬥大賽中與眾多選手互相切磋等等。

    芽衣會在雷文市的戰鬥地鐵前與本作男主角恭平（友情提示：如果一開始選的是男主角，那麽此時出現的則是女主角形象的角色芽衣），在雷文市的遊樂園接觸雲霄飛車以及摩天輪，還有新建的T台一般的電係道館。在雷文市上方與等離子團戰鬥並了解到青梅竹馬修的內心。挑戰兩年後新出現的道館。與兩年後的等離子團戰鬥，接觸等離子團的博士，麵臨整個伊宿地區被等離子團冰封的局麵。在敵人的帆船上進行決鬥，在巨大洞穴與修/切連（依版本而定）合作瓦解等離子團的野心，進入巨大洞**部接觸蓋奇斯，與吸收了N帶來的捷克羅姆/雷希拉姆（依版本而定）的酋雷姆戰鬥（不能收服），勝利後，依舊是挑戰四大天王以及新的冠軍艾爾麗絲！最終進入冠軍殿堂，然後結尾在眾人的注目下回到檜扇市。

    最後透露一下透子和芽衣是一起逃婚出來的。（m.101novel.com）