張鳳翼的方案被否，辦公地點又被遷移到寧遠，心中不快，私下與語人曰:“樞輔（孫承宗）欲以寧前荒塞居我，是殺我也。國家即棄遼左，猶不失全盛，如大寧、河套，棄之何害?今舉世不欲複遼，彼一人獨欲複耶?“。張鳳翼遂與其鄉人潘雲翼、萬有孚等人極力收集馬世龍貪汙的證據，以他入手來撼動孫承宗。

    萬有孚本是待郎萬有德的兒子，當初為為廣寧理餉同知，廣寧城失陷後逃歸山海關，王象乾任命他為廣寧道僉事，專們處理與西部撫事，他為官貪婪，為自己撈了很多好處，被薊州巡撫嶽和聲所彈劾，罷官而去；張鳳翼心裏更加懷疑這是馬世龍與袁崇煥的構陷，於是一起阻撓孫承宗的出關計劃。孫承宗不悅，張鳳翼又遇丁憂，遂去職。孫承宗複上疏為馬世龍等人辨解，詆毀張鳳翼”才鄙而怯，識暗而狡，工於趨利，巧於避患“。接到孫承宗的上疏後，廷議以為張鳳翼既已歸去不複追問。

    張鳳翼既然以丁憂辭去遼東巡撫之職，喻安性代替了他。廷臣們向天啟皇帝進言薊遼總督一職不可裁剪，可以命吳用先任薊、遼都督，代替王象乾；吳用先到任後上疏說:“臣抵任十日，即閱曆薊、昌各路，星馳山海關，至寧遠。以臣所睹記，非獨關外之難，關內亦難也。關內三協，以選將練兵為要義，以修牆築台為急務;以撫剿相需、戰守互用為決策;以崇簡守約、惜軍愛民為官方。“

    當初，廣寧之戰失敗，方震孺、遊士任、李達、明時舉等人被彈劾、貶謫之時，孫承宗在兵部時也曾經參與這件事，後來孫承宗皆為他們求情，又稱頌楊鎬、熊廷弼、王化貞之功勞，請求天啟皇帝免除他們的死刑，遣送他們去邊境戍守望，朝端嘩然。給事中顧其仁、許譽卿，禦史袁化中交章論駁，天啟皇帝皆將這些奏章留中不以理會。

    當時，王體乾、宋晉、魏忠賢等十二名閹人因為有功勞，天啟皇帝命所蔭錦衣官皆予世襲。時任兵部尚書的董漢儒據祖製力爭，天啟皇帝不從；給事中程注、禦史汪泗論等人也上疏諫之，給事中朱大典、周之綱，禦史宋師襄、胡良機也特地繼續上疏諫之，天啟皇帝才沒有堅持已見，董漢儒旋以母喪歸去，天啟皇帝進封董漢儒為太子太保，蔭一子為錦衣衛百戶。

    此時趙彥因為有平定白蓮教妖人的功勞，代替董漢儒了任兵部尚書，趙彥是延安府膚施縣（今延安市）人，萬曆十一年(公元一千五百八十三年)考中進士，後來累積功勞升遷為山西左布政使；光宗嗣位，趙彥以右僉都禦史巡撫山東。

    遼陽失陷於建虜之手後，趙彥請求增兵戍守諸島，特設大將登州，登、萊設鎮，自趙彥此議開始。天啟二年，廣寧複失。趙彥以山東省處於南北咽喉之地，列上八事，天啟皇帝對於趙彥的意見非常重視。

    萬曆年間，薊州人王森得妖狐異香，倡白蓮教，自稱聞香教主。其徒有大小傳頭及會主諸號，蔓延畿輔、山東、山西、河南、陝西、四川各省。王森居灤州石佛莊，徒黨輸金錢稱朝貢，飛竹籌報機事，一日數百裏。

    萬曆二十三年（公元一千五百九十五年），有司捕捉王森，論罪當死，王森用賂賄得以釋放；王森遂入京師，結外戚、中官，大肆傳播教義；後來，王森徒弟李國用叛立出教，用符咒召鬼。兩教於是相互仇視，邪教本質於是盡皆敗露；

    萬曆四十二年（公元一千六百一十四年），王森複為有司所捕，過了五年，斃於獄中；王森之子王好賢及钜野人徐鴻儒、武邑人於弘誌繼承王森的衣缽，繼續傳播白蓮教，徒黨益眾；王好賢見建虜舉起，明軍連敗，遼東盡失，於是勾結四方奸民，思得逞之誌，與徐鴻儒等人約定明年中秋一並起兵謀反。不料奸謀泄露，徐鴻儒遂先行造反，自號中興福烈帝，稱大成興勝元年，用紅巾為識。五月戊申陷鄆城，不久又陷鄒、滕、嶧，流賊人數增至數萬。

    內地承平日久，郡、縣無守備，山東故不置重兵；趙彥任命都司楊國棟、廖棟，而下檄文給所部練民兵，增諸要地守卒；趙彥向天啟皇帝請求調遣留京操班軍及廣東援遼軍，以備征調；趙彥推薦起用曾經任過大同總兵官楊肇基為山東總兵官，討伐流賊；流賊乘楊肇基未至，襲兗州，為滋陽知縣楊炳所卻。

    楊國棟、廖棟等擊敗流賊，克複鄆城。徐鴻儒遣別部兵馬犯钜野，知縣趙延慶固守，流賊攻擊不下，楊國棟出兵救援，擊敗侵境之賊，又敗犯兗州流賊；楊國棟遂偕廖棟等兵馬合攻鄒縣。不料戰事不順，兵馬潰敗，遊擊張榜戰死，流賊遂圍曲阜、郯城。不久敗退而去，官軍遂收複嶧縣。

    趙彥視師兗州，甫出城，遇賊萬餘，趙彥忙入城，命楊肇基迎戰，又令楊國棟、廖棟分兵夾擊，大敗流賊於橫河；當時，流賊精銳聚集於鄒、滕中道，彥欲攻鄒、滕。副使徐從治曰“攻鄒、滕難下，不如搗其中堅，兩城可圖也。”

    趙彥乃與楊肇基令遊兵將流賊精銳留在鄒城，而趙彥自統大軍擊賊精銳於黃陰、紀王城，大敗流賊，遂後才被鄒城團團包圍；經曆大小數十戰，鄒城仍未攻下，趙彥令天津僉事來斯行及楊國棟等乘間複滕縣。楊國棟又大破流賊於沙河，至此鄒城孤立無援。

    趙彥築長圍以攻鄒城，徐鴻儒抗守三月，城中食盡，賊黨盡出降；徐鴻儒單騎逃走，被楊肇基擒獲，撫其眾四萬七千餘人；趙彥這才向天啟皇帝上報功績，告廟獻俘，天啟皇帝磔徐鴻儒於市。徐鴻儒縱橫山東二十年，徒黨不下二百萬，至是始伏誅。

    於弘誌亦於是年六月間據武邑白家屯，將取景州應鴻儒。天津僉事來斯行方援山東，還軍討於弘誌；於弘誌突圍逃走，為諸生葉廷珍所獲，凡舉事七日而滅，王好賢亦捕得伏誅。