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    顧祝同及上官雲相當天就下令從7日淩晨開始對茂林地區的新四軍進行圍剿。顧祝同則直到8日才正式通過電話通知蔣介石及軍令部部長徐永昌等。他在電話中說明，新四軍不遵指定路線北渡，而是準備南下然後東去天目山一帶再行北上。用他的話來說，就是新四軍“非向鎮江一帶渡江，參加攻擊我韓德勤軍，即係絕不渡江準備竄擾後方”。

    當日，他並通過密電向總參謀長何應欽通報了上官雲相的作戰部署。正因為如此，在蔣介石的日記中，皖南事變發生數天後，其8日晚和9日才有和白崇禧等具體討論應付辦法的記述。他的態度自然是當即批準“積極肅清”。其內心裏則估計戰事不會過於嚴重，即所謂“中共決不敢在此時有所叛亂也”。

    自8日顧祝同來電話後，第三戰區不斷有捷報傳來，重慶軍事高層中許多人興高采烈，白崇禧等因此極力主張擴大戰果，乘勢向陝北、華中，乃至華北等地的八路軍、新四軍全麵進剿。但這顯然不符合蔣介石的想法，因為蔣最擔心的就是與共產黨的關係會全麵破裂。用蔣介石自己的話來說，就是擔心中共借機“擴大叛亂”。他深知國民黨此時並無兩麵作戰的可能。因此，他不僅對白崇禧擴大剿共範圍的提議明確地表明了不同意見，而且在日記中直截了當地批評白稱：“堅欲在此時消滅共黨軍隊，此誠不識大體與環境之談。明知其不可能而必強行之”。他再三表示：“對中共決以消滅其組織為主，而對其武力次之。”包括對已經被包圍的皖南新四軍，蔣依據以往的作戰經驗，也沒有對顧祝同和上官雲相的圍剿作戰抱以多大的期望，反而擔心圍剿不成不僅會根本破壞將八路軍、新四軍全部移過黃河的劃界方案，而且會逼其分股流竄後方，留無窮禍患。故蔣得到皖南事變消息後，雖讚成“積極清剿”，但目的卻還在以此來達到強製執行北移命令的意圖。他明確表示：“對皖南新四軍，餘隻求其遵命渡江。”“隻要其求饒而能從命”，則盡可放其北移。且再度重申新四軍應以無為地區為集結地，爾後沿巢縣、定遠、懷遠以東睢州之線北渡黃河，進入指定地區。

    直到顧祝同隨後來電說明已全殲新四軍軍部，俘虜軍長葉挺等之後，蔣才不再有其他表示。惟在軍委會開會時，蔣對善後處置的態度仍與多數與會者的強硬態度不盡相同。與會者這時大都讚同白崇禧的意見，主張“取消該軍番號，葉挺交軍法（審判）”，蔣卻因顧慮中共的反應而相當猶豫和慎重。

    據徐永昌日記，1月15日上午在軍委會會議上，除軍委會辦公廳主任賀耀祖和政治部部長張治中“恐與共黨全麵破裂主妥協懷柔”外，餘均同意白崇禧的主張。下午3時再度討論時，多數人的意見仍堅持強硬。徐永昌即明白宣稱：隻要不是軍事上全麵破裂，“政治上全破裂與國家有利，一、共黨今日係以國民黨打國民黨，以中央法令製服地方人民。尤其能公開的活動，其陰謀與煽惑青年。破裂則當難再假借利用矣。二、共黨兩年來之行動早不因未破裂而少有顧忌。彼不以大兵加於中央軍者，正為其假借中央法令也。正為其假借抗戰以爭取民眾也。三、果不破裂，再假以一二年假借利用時間，其勢力必至可以接受俄國正式接濟，可以與敵偽正式停戰媾和。今日已遲一年半，再遲恐不堪設想。”對此，蔣介石從始至終均未表態，會畢仍表示：“再考慮一夜”再說。