這一次，帶頭逼宮的兵部尚書項忠被逼退休。一個月後，太子少保、吏部尚書兼謹身殿大學士商輅同樣告老還鄉。皇帝和文官集團之間的較量，遠沒有結束。此後重新掌權的汪直更是讓文官們恨之入骨，皇權和相權之間還會有長期複雜的鬥爭。
    汪直所做的事，就是朱見深的意思，加上汪直年輕氣盛，拚命想在皇上跟前表現出能幹，又沒有多少學問，僅憑自己的小聰明，遠沒有懷恩老練，每興一次大獄，文官集團就對汪直憤恨加深一次。同年，南京鎮監覃力朋上京進貢後回去，用一百艘船隻載運私鹽，騷擾所過州縣。武城縣典史責問他，反倒被覃力朋擊打，牙齒被打斷，另有一人被射殺。汪直查訪得知，報告給朱見深，結果覃力朋被逮捕，判處斬刑。覃力朋廣施銀子，後來僥幸得免，而朱見深通過此事認為汪直能探知奸情，便更加寵愛他。汪直於是任用錦衣衛百戶韋瑛作為心腹，屢興大獄。
    在汪直興大獄中，可以說有些文官自身手腳不清，難免在刑獄中處理太重，範圍擴大，這就讓文官集團恨之入骨。
    汪直重新當上提督後有所收斂，對皇上更加忠心耿耿。成化十四年汪直經曾提出過重要建議，奏請皇帝按文科例設武科鄉，其意義在於把武科擴大到鄉試和會試，開設武舉，使武舉逐漸發展成為與一般文士考試相對等的體係，健全明朝的科舉製度，像選拔進士那樣選拔武官，這有利於武科人才的全麵選拔。朱見深依他所言，試行數年，頗有成效。
    朱見深更把汪直當成得力助手，命他前往遼東協助處理邊疆事務，並可“便宜行事”，這等於給了他很大的權力。十六七歲的汪直，以另一種方式一路前行。
    汪直得朱見深“便宜行事”之敕令，巡撫遼東，處置邊務。作為監軍，出兵征討建州女真三衛，大勝。汪直在遼東狠揍了建州女真一頓，這一戰在明軍五萬人的打擊下，女真軍隊被斬首630多人，活捉240多人。建州女真失敗得很徹底，此戰直接把後來努爾哈赤的老祖宗女真首領李滿柱、董山殺死在亂軍之中，讓明朝東北邊境安生了100多年，這場戰役就是後世所謂的“成化犁庭”。大概因為敗的恥辱，以至於在清史稿裏邊，沒有詳盡的紀錄。事後，汪直受命總督禁軍十二團營，開明代宦官專掌禁軍的先河。
    汪直於河套地區抵禦蒙古韃靼南下，大勝。韃靼入侵河套地區，兵擾靖虜，汪直再次監軍和兵部尚書王越商議，采取明修棧道暗度陳倉之計，保國公朱永率大軍從南路走，汪直和王越則率少部人馬沿邊境往榆林收集情報，偵查得知疏於防範的蒙古王庭就在威寧海，汪直當機立斷調大同宣府兩鎮精兵兩萬，晝伏夜行二十七天奔襲至威寧海貓兒莊。時天降大風雪，王越汪直率精騎連夜奔襲至威寧海，敵寇猶未發覺，明軍縱兵掩殺，大獲全勝。達延汗巴圖蒙克小王子）僅以身逃，達延汗的妻子，蒙古傳奇女英雄滿都海戰死。
    成化十七年1481年）二月，韃靼進犯大同，汪直率軍截殺，勝。韃靼軍入大同市境剽掠，汪直監軍三度抗擊入寇大同、宣府的亦思馬因部，遍布士兵追殺，追至黑石崖等處獲得勝利，取得黑石崖大捷，穩定了邊秩。
    同年七月，汪直再領京軍精銳主動出擊，勝。
    成化十八1482年）年，受命總鎮大同、宣府，專鎮大同。這時，汪直雖然掌握了邊鎮兵權，仍然監督京師十二團營，六月，於延綏抵禦韃靼，大勝。
    這讓文官集團的臉麵無處安放，要是這樣一直勝下去，想要扳倒汪直就更難了，所以四處尋找汪直的錯處，什麽專權獨斷，四處行賄，拉小圈子排除異己，勾通敵國等等。
    機會終於來了，成化十九年，汪直獲得密報，韃靼將大舉來犯，請求京師支援，未果。對，沒看錯，未果，朝中所有人都巴不得汪直死，當然是未果了。
    對於朝堂上的這些文官，一直在抓汪直的把柄，早在成化十四年三月，建州女真犯邊，汪直欲前去招撫，為司禮監掌印懷恩、大學士萬安等人所阻。
    既然汪直這樣能打仗，那就在大同駐守著，不讓汪直回京，在一大幫文官上下的操弄下，惑悠朱見深任命汪直為大同鎮守太監，再把京營官兵召還。