原本參與暴動的農民，既沒有堅定的信念支撐，又沒有經過係統的軍事訓練。他們聽說官軍消滅了伊濤，早就惶惶不可終日，現又見大批官軍到來，更是魂飛膽喪。很多人乘夜離開盧幺的隊伍，偷偷逃走了。當盧幺收到白銘肇和林九都的招降書時，他隻猶豫了幾天，便決定率部投降。
    清晨，盧幺自縛雙手，帶著手下的十八個頭目往林九都大營請降。林九都表現得非常豪爽。他親自給盧幺鬆綁，又說了一番撫慰的話，還手牽手領著眾人進大帳宴飲。至中午，林九都命兩名城防軍副尉帶著二百軍兵進駐石鼓鎮，解除農民軍的武裝。他還撥發了一筆軍餉，招待降卒吃肉喝酒。是夜，盧幺和他的手下一個個喝得酩酊大醉。林九都回到帥帳，叫過幾名軍官，低聲問道：“投降的賊兵有多少？現在情況如何？”一名副尉湊近了回答：“大人，賊兵有一千六百多人。現都安置在鎮西邊的溝地裏，這些賊寇多數喝高了，睡得跟死豬一樣。”林九都又問：“兵器都收繳了嗎？”另一名副尉湊前一步說：“大人放心，他們身上現在連個鐵片都沒有。”林九都咬著牙說：“君君臣臣父父子子，這些賊寇犯上作亂，對抗官府，個個該殺。招降他們，純屬多餘。隻是，才剿滅了一兩千土匪，功勞未免小了些！”身旁的軍官趕忙說：“大人，這石鼓鎮周邊的居民可以說個個通匪，殺了他們一點也不冤枉。”林九都又想了想說：“那好。到後半夜，本官在營內動手。你們二將帶著軍隊在營外動手，就以賊寇詐降、圖謀再反為名，將他們統統斬殺。這一戰，若能殲敵五千以上，本官定向朝廷動本，給你們加官進爵。”兩將趕緊打千行禮，遵命行事去了。結果，可想而知，在那一夜，石鼓鎮及其周遭的老百姓被屠戮殆盡，田野和道路幾乎都被鮮血染紅。
    經此變故，農民軍的力量遭受了重創，楊安、甘老大和鍾成的隊伍被迫遠遁，丹陽的治安很快得以恢複。然而，令白銘肇頭疼的是，再也沒有大股流寇接受招撫；但凡朝廷軍隊開赴的地方，農民軍立即化整為零，或就地隱藏，或竄入他處；而當官軍駐防後，又不時有賊人冒出，襲擾攻擊兵力薄弱的區域。在接下來的一個多月裏，白銘肇帶著幾千部隊四處剿匪，除了偶有小獲外，再也沒能取得重大戰果，反而損失了數百官軍。他就象掉進蚊蟲堆裏的獅子，站也不是，臥也不是，撓也撓不到，咬也咬不著。
    在這種情況下，林九都和一些軍官紛紛建議白銘肇對匪寇猖獗的地區采取斷然措施，即屠村和屠城。開始的時候，受仁愛和民本思想教化多年的白銘肇還能堅持原則，頂住壓力，拒絕眾人的提案。但隨著戰事的延長，朝中彈劾他靡師費餉、庸碌無能的人越來越多，特別是成王殿下班師在即，朝裏一片喜迎凱旋的氛圍，同泰帝又兩次下旨催促他快速剿賊後，白銘肇再也無法堅持，隻能默許或同意屬官的請求。