當凱撒把高盧變成高盧行省後沒多久，羅馬就傳來消息東征帕提亞的克拉蘇戰敗身亡，為了平衡權力，元老院拉攏了龐培，龐培就任執法官後，隨即下令追查跨度達20年的反貪汙法案，專門針對凱撒和他的鐵杆同盟，許多人因此遭到迫害，他們紛紛趕往高盧提出警告。凱撒向劉叔問計，劉叔隻說了一句“將在外君命有所不受”，此時雖說情形對凱撒不利，凱撒依然不打算激化矛盾，他公開讚揚龐培的的行為，並向元老院展現自己的誠意，私底下則收買保民官們促成法案，使自己可以缺席參加執政官競選，確保不會因貪汙訴訟和政治打擊而被徹底鬥倒。
    在完成反貪汙法案的推進後，龐培主動放棄了獨一執政官殊榮。隨即推舉嶽父梅特路斯·西庇阿作為同僚上任，與自己共治到任期結束，元老院立即給龐培延長總督任期，並增加2個軍團的調度特權。激進的反凱撒執政官馬塞拉斯則拒絕凱撒提出的總督延期要求，接著又直接取消凱撒授予新考姆城的羅馬公民權，並對前來討要說法的城市行政長官施以非公民刑罰，還不斷讓這個人去找凱撒告狀，以示羞辱和挑釁。
    然而劉叔背後的勢力早提醒過凱撒，龐培已經和元老院結盟了。於是凱撒收買了執政官保盧斯，使其保持中立，還替保民官蓋烏斯·斯克裏伯尼烏斯·庫裏奧償還巨額債務，使其成為自己的黨羽，在凱撒總督任期結束前，執政官克勞狄順勢提出安排繼任者去接替，但卻沒有得到廣泛支持。羅馬的內戰似乎不可避免，凱撒在最後時刻仍舊想爭取時間，但鐵了心的元老院已完全不為所動，直接宣布凱撒為全民公敵，同時元老院安排盧修斯率4000新兵北上接替凱撒職位，自知性命難保的安東尼、庫裏奧和卡西烏斯等人，便化妝成奴隸，藏在車中逃到北方，他們的狼狽模樣又被凱撒加以利用，展示給士兵煽動好戰情緒。
    愷撒帶軍團到國境線盧比孔河，並渡過盧比孔河，開啟了羅馬內戰。凱撒這邊大約擁有十個軍團，除此還有大批親羅馬的蠻族部隊，凱撒和劉叔在高盧經營多年，糧草已經備的足足的，並且凱撒手下手上久戰之兵，麵對北方凱撒大軍的咄咄進逼，元老院和龐貝主動要求羅馬的新軍向南撤退，直接就放棄了羅馬城，轉而進駐半島東南的海港布隆迪西烏姆，一些來不及迂回的大隊，則索性直接坐船橫渡亞得裏亞海，到對岸的伊庇魯斯希臘組建反攻大營，更多使者則被同時派往四麵八方，去向外省駐軍和當地的同盟國君主下達集結令。
    在一切布局完成之前，龐貝還是選擇留在布隆迪西烏姆。由於手頭的兵力已減少到不足1個完整軍團，他還下令釋放和武裝奴隸來為自己作戰，但凱撒卻不準備給他多餘的準備時間，在獲得從高盧地區跟進的援軍後，凱撒始終在最前沿區域維持著3個最精銳的老兵軍團，同時在南下過程中，直接收納兼並了3個新組建軍團，當發現龐貝繼續躲在東南沿海拖延時間，凱撒就調集大部分力量對其實施圍困。此時，龐貝才意識到自己因決策失誤而陷入危局，盡管凱撒不斷派人來城中勸降，但他知道自己不可能就這樣輕易屈服，為了不讓對手輕易衝入海港，就下令以各種隱秘工事加強布隆迪西烏姆的防務。
    眼看自己的退路被完全封鎖，龐貝讓人搜羅出那些停泊在布隆迪西烏姆的商船，將之改造為臨時的高塔戰艦。龐貝的士兵在船上搭建三層樓高的瞭望塔，並大量趕製弩炮等遠程機械進行武裝，這些高塔戰艦用大量的弩炮、投石和弓箭進行投射，嚴重阻礙圍攻者的進度。凱撒方麵依靠著數量優勢，不斷以人力物力進行補充，緩慢地完成水路封鎖，經過大約9天的不斷膠著，即將把布隆迪西烏姆的出海口給徹底堵死。龐貝見形勢危急，就決心從布隆迪西烏姆突出重圍，他事先留下部分輕裝士兵和精銳老兵，繼續在城牆上維持堅守假象，私底下則將全部的士兵送上船隊，準備在夜間衝出封鎖線，但城中的居民卻出於自保目的，不斷跑到高處向凱撒方麵呼喊消息。
    龐貝手下少量留守城頭的士兵，利用提前準備好的小船與艦隊會合，然後順流向著浮動工事衝擊。由於航道擁擠，有幾艘大船直接撞上了木筏，並因深深嵌入其中而不能脫身，這些船上的士兵與迅速跑來圍攻的人激戰，直到彈盡糧絕才選擇集體投降。但龐貝和更多部眾還是順利衝過阻攔，頭也不回地駛入亞得裏亞海，至於他們先前設下的大量防禦工事，也給凱撒的手下以很大麻煩，雖然經城中居民指點，入城部隊很清楚陷阱位置，但為了拆除和繞開，還是花費了很長時間。
    愷撒兵不血刃的進入羅馬城後，要求剩餘的元老院議員選舉他為獨裁官，並決定殲滅龐培留在西班牙的主力，約7個軍團，這樣就能保障後方的安全和掌握戰略主動權。凱撒率領6個軍團進軍西班牙北部，他發現並利用對方防禦薄弱的地域，將龐培軍隊包圍在伊萊爾達，失去首領的龐培軍團未作認真抵抗即繳械投降，愷撒占領了整個西班牙；同期，愷撒部將德西烏斯·布魯圖斯和特雷波尼烏斯在馬西利亞之圍中獲勝，攻克了與龐培派合作的希臘馬薩利亞城邦。
    隨即愷撒進軍希臘，凱撒的部隊與龐培的部隊，在迪拉基烏姆相遇，愷撒軍試圖建造工事包圍龐培軍。但是凱撒手下的2個高盧貴族軍官，因被人揭發貪汙軍餉而選擇叛逃，龐貝也因他們泄密而知道凱撒大軍的安全隱患，龐培襲擊了凱撒的部隊，使之傷亡4000人以上，凱撒軍隊迅速撤去。凱撒敗北後找到劉叔，問道“為什麽這次上帝沒有站在我這邊？”劉叔說道“那是因為你還不夠虔誠！”凱撒說“怎麽才能變法我的虔誠？”劉叔說道“拿下埃及，上帝需要《摩西五經》和《亡靈書》！”凱撒點頭表示會辦到此事。
    於是凱撒再一次帶著自己2.5萬最精銳的部隊與龐貝決戰法薩羅城。由於兵力充沛，龐培隻用羅馬士兵組成的主力戰線，就能對凱撒方麵形成2:1的人數優勢，他將自己最心愛的奇裏乞亞軍團放在右翼，並用數個從西班牙撤來的大隊對其進行加強；西庇阿的2個軍團，負責大軍中路，餘下幾支從意大利帶來的部隊，依次排列在左翼。所有軍團都按經典的前後三線部署，每一線的縱深更是超過日常規範，以防出現潰逃，此外，龐培還有大量的同盟軍可供差遣。麵對龐培的布陣，愷撒也針鋒相對地布置了己方軍隊，他派安東尼負責緊靠河岸的左翼，並派出一些來自埃托利亞的希臘輕步兵予以支持，中路的軍團則由可靠的部將德米特裏烏斯執掌，自己和最精銳的老兵居於右翼方向，由於兵力少於對手，愷撒派的陣線厚度明顯比共和派薄弱。
    部署完畢後，雙方間留下的距離剛好夠雙方步兵發起衝鋒，但是龐培事先命令士兵不得出擊。凱撒不明所以就問劉叔，“對麵是怎麽了？”劉叔冷笑一聲“他的兵多，所以他想用疲兵之計讓你的士兵耗盡體能。”凱撒秒懂，立刻叫停了自己這邊的衝鋒，並重整了隊伍，雙方就在集體沉默中對視許久。過了一會雙方的會戰終於正式開始，中路的愷撒軍在舉盾頂住了幾輪標槍齊射後，以更快速度擲出手裏的武器，接著就拔劍撞入敵方陣線，常年的邊區錘煉，讓他們很快就迫使龐貝的第一線部隊支撐不住，被迫換上二線人馬替代。
    很快，龐培軍左翼的由拉比努斯領導的騎兵向愷撒軍右翼發起了衝鋒，大量投石兵和弓箭手緊隨其後，成功擊退了對方右翼中主要由高盧人和日耳曼人組成的騎兵以及輕步兵部隊。但是，當遇到愷撒的精銳重步兵組成的第四線部隊自側麵襲來時，拉比努斯的騎兵被擊退了，愷撒事先要求其士兵徑直衝向敵人，並將長矛戳入騎兵的麵頰，而不是像通常那樣把其作為標槍投擲出去，這種凶殘而近乎不要命的攻擊方式讓龐培軍騎兵大為驚恐，他們潰退到了周圍的山腳下，投石兵和弓箭手則被丟下，孤立無援地被殲滅。
    劉叔在高處打出旗語，擊退龐培軍騎兵的愷撒軍第四線步兵又調轉矛頭對上龐培軍步兵陣線。原本被龐培寄予厚望的本土希臘人，早已被劉叔布下的鬼打牆影響，在接戰前便調頭逃跑，同時還不忘發出己方已經戰敗的哀嚎，並將營地內的許多財物席卷一空，而此時的龐培軍主力陣線，還在中路的鏖戰中苦苦支撐，由於希臘盟友的瞬間開溜，左翼的軍團已開始堅持不住，但憑借頑強的意誌和嚴格的紀律，始終在穩步後退中臨危不亂。此時，愷撒將第三線部隊投入了戰鬥，幾乎同時，由於騎兵的潰敗和希臘盟軍的逃跑，愷撒的第四線部隊得以轉向開始從側翼進攻龐培。麵臨兩麵夾擊的危險，龐培預感到失敗已不可避免，因而逃離了戰場，失去統帥的共和派軍隊潰不成軍，大部分人慘遭合圍，餘下的人也驚恐萬分地逃入營地求救。
    龐貝帶著心腹與家眷一路狂奔，頭也不回地來到海邊，登上3艘來自羅德島和推羅的三列槳座戰船，最後他決定趕往埃及，去向曾接受過自己支援和恩惠的托勒密王朝求援。而托勒密王朝害怕這塊燙手山芋會招致愷撒與羅馬的武力懲罰，又有意巴結新貴愷撒，於是托勒密十三世派人殺死了龐培與隨行的所有人，並在不久後將龐培的項上人頭獻給了追趕龐培而來的愷撒，愷撒則宣布埃及王位由托勒密十三世與他的姐姐克利奧佩特拉共享，此舉正巧惹惱埃及人，愷撒帶領第六軍團加上援軍，徹底擊敗埃及軍，托勒密十三世也莫名奇妙的陣亡了，克利奧佩特拉則順利的登上了埃及的王位，劉叔拿到《摩西五經》後，為了怕落人口實，就放了一把火，對外則稱是愷撒士兵所發射的火箭命中了亞曆山大圖書館，60多萬本書也毀於一旦。