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    船隊離開港口的當天，哈維爾神父把若奧送到碼頭，並親手交給他兩封信，請他分別轉交給若昂三世陛下和耶穌會羅耀拉會長，若奧向哈維爾神父保證，他一定會平安地把信帶回歐洲。
    若奧的船隊離開港口後向南航行了兩天。這段時間，天空的雲量越積越多，若奧不由得有一些隱隱擔心，費南多提醒他，如果雲層再這樣累積下去，將會演變成一場巨大的暴風雨。
    若奧的擔心還是變成了現實，夜晚和暴風雨同時降臨，猛烈的風卷著雨水落了下來。為了避免船發生危險，若奧命令降帆，但風依舊把船身吹得搖搖晃晃，若奧站在甲板上指揮著水手們穩住船身。
    第二天清晨，雨越來越大，船搖晃得更加厲害。雨水落在海麵上，風帶起的巨浪把海水卷上甲板，把船身拍打的啪啪作響。大海猶如一頭發怒的猛獸，試圖要吞沒一切，颶風卷起海水拋向天空。
    第三天來臨，風終於小了起來，雨依舊淅淅瀝瀝地落在海麵上，若奧命令升起半帆，重新尋找方向，搶修受損的船身和桅杆。
    船向南進入香料諸島，若奧的船隊向著西南方向的馬六甲海峽駛去。在馬六甲靠港後，他們停留了幾天，為的是補充淡水和給養，徹底修理好破損的船隻。從馬六甲起航，若奧的船隊回到了印度，若奧專程前往果阿拜祭了卡斯特羅副王，便啟程橫渡印度洋。到達蒙巴薩港後向南繞過好望角，經曆了漫長但還算順利的航行終於回到裏斯本。
    若奧的船隊回到裏斯本的時候已經是一五五零年的六月底，九個月漫長的回航過程給若奧的水手們帶來了巨大的疲勞感。船隊進入裏斯本港口後，水手們迫不及待地登上岸邊，他們甚至不想在船上多停留一分鍾。若奧吩咐菲利普把航行中通過黃金和香料獲得的巨額利潤按照比例分給他的船員們，自己則馬不停蹄地趕往王宮。
    到達王宮，若奧請求衛兵替他通報，等待了一會，何塞走了出來，他領著若奧前往國王的會見廳。
    若奧走進去會見室，若昂三世正坐在書案前。若昂三世已經四十八歲了，但眼睛中依舊散發著照人的光彩，看到若奧向他行禮，他慢慢抬起頭，目視著這個年輕人。
    “萊昂男爵，是您，您又給我帶來了什麽消息？”若昂三世說。
    “陛下，我帶來了哈維爾神父給您的信件。”若昂說著從上衣口袋裏掏出信封。
    若昂三世示意何塞把這封信拿上來，何塞走到若奧的麵前接過信，交給若昂三世。若昂三世打開信，仔細地閱讀了一遍，把它放在桌子上。
    “謝謝，萊昂男爵，我相信我們信仰的天主的光輝一定會遍布那個位於東方大海上的島國。”若昂三世說。
    “是的，陛下，我完全相信。”若奧說。
    “男爵，您想要得到什麽獎賞呢？”若昂三世話鋒一轉，用他那雙犀利的眼睛看著若奧。