九月初七淩晨，蒙古大軍開始圍攻撒馬爾罕蘇丹王宮，他們通過攻城雲梯爬上王宮城牆，連續不斷的用火箭攻擊躲在王宮內的撒馬爾罕守軍。頃刻之間，花剌子模王宮內燃起熊熊大火。

    阿勒巴兒汗見此情景，隻得率領撒馬爾罕守軍保護兀思剌黑王儲和其他大臣，準備從王宮大門衝出去拚死突圍。當時王宮裏麵還剩有一千餘匹戰馬，全部是從訛跡邗城征來的上等汗血寶馬。阿勒巴兒汗從新組建的正規軍裏挑選一千名最勇敢的戰士，把這些戰馬分給他們和兀思剌黑王儲、禿兒幹丞相以及其他高級將領，並給他們配備了鋒利的武器和為數不多的弓箭。

    在王宮大門打開的一刹那，阿勒巴兒汗帶領這一千多人首先衝了出去，那些沒有戰馬的士兵和預備軍，大約有十餘萬人，也跟著往外衝。

    蒙古騎兵嚇了一跳，他們沒想到撒馬爾罕守軍居然會衝出王宮發起反擊，隻得倉促迎戰。

    阿勒巴兒汗等將和撒馬爾罕守軍經過一番血戰，最終帶著兀思剌黑和禿兒幹等臣衝出了駐紮於撒馬爾罕王宮大門的蒙古大軍包圍圈。

    而撒馬爾罕保衛戰的兩名副帥巴力失馬思汗和撒爾昔黑汗，以及國舅塔海汗等很多大臣都在突圍時被殺。其他戰死的花剌子模士兵更是不計其數。

    阿勒巴兒汗等人衝出皇宮後，繼續向撒馬爾罕西門撤退，一路上受到蒙古大軍的層層阻擊，死傷無數，但最終還是衝到了西門。還好蒙古大軍還沒有在那裏派重兵駐守，阿勒巴兒汗等人順利的衝出城外，一直往玉龍傑赤方向撤退。蒙古騎兵在後麵不停追趕，一路斬殺了不少花剌子模士兵。此時天色已晚，負責追擊的察合台下令停止前進，返回撒馬爾罕。

    九月初八，蒙古大軍全麵占領撒馬爾罕，並肅清所有撒馬爾罕守軍。

    被俘虜的撒馬爾罕百姓有一百多萬。成吉思汗從中挑選三萬多精壯男子編入攻城步兵，又挑選三萬多懂手藝的人編入工匠萬人隊和後勤步兵，並告訴他們不準反叛，否則殺死他們的家人。

    至於剩下的一百多萬人如何處置，成吉思汗對伊斯蘭教撒馬爾罕教長說，我可以遵守承諾，不殺死這些百姓，但是你們必須給我們一些補償，就象征性給二十萬兩黃金吧。

    教長憂慮的說，成吉思汗，您的士兵把國庫都搜空了，把城內百姓家中的財產也搜刮一空，我確實找不到這麽多錢來補償蒙古大軍啊。

    成吉思汗不悅的說，二十萬黃金對我們大蒙古國來說根本不算什麽，但是撒馬爾罕百姓畢竟協助守軍抵擋蒙古大軍那麽多天，如果不略加懲罰，何以服眾？

    教長說，那請成吉思汗給我一年的時間，我帶領教徒和百姓到附近山裏尋找金礦，挖掘提煉後，一定湊齊二十萬黃金上交蒙古大軍。

    至此，阿拉丁摩訶末蘇丹和他的文武大臣，精心準備了半年的撒馬爾罕保衛戰，就這樣不到八天就失敗了。撒馬爾罕幾乎化為一片灰燼，城內原有包括正規軍、預備軍大約二百萬人口，僅十餘天就有超過一百萬人死亡，其中有被殺死的、有被燒死的、有自殺的，還有被趕出城外被餓死凍死的。整個撒馬爾罕熊熊大火，屍橫遍野、慘不忍睹。而撒馬爾罕百姓辛辛苦苦積攢的三年糧食，也全部被蒙古大軍搶光。

    成吉思汗命令全軍全部退出城外後，才把撒馬爾罕百姓放入城內，讓他們自己去滅火打掃、掩埋屍骨。蒙古大軍則在城外駐紮休整。

    三日後，成吉思汗又組建了一支術赤偏軍，任命術赤為主將、察合台為副將，率領三萬騎兵、一萬攻城步兵和重兵器車兵、一萬後勤步兵，前去攻打花剌子模舊都玉龍傑赤。

    成吉思汗自己則率十餘萬人馬駐紮於撒馬爾罕周圍，並以此為中心，到附近已經征服的城池去建立政權、補充兵力、發展經濟、維護治安。（www.101novel.com）