朱載坖以回京，各處的事情就找上來了，首先是禮部尚書趙貞吉再次上疏，請求為皇太子擇定太子妃，舉行婚禮，趙貞吉認為此事已經是拖不得的，要求朱載坖立即為皇太子舉行婚禮，朱載坖禦批，此事等杜太後和皇後決定後，朕再昭告天下。
    除此之外，就是有關朱載坖讓五軍都督府負責清理登記天下衛所戶籍的事情了，文官們都認為此事應該是兵部負責，官員們舉出大明會典，認為這應該是兵部職方司的職責，按照大明會典的規定，兵部職方司負責掌輿圖、軍製、城隍、鎮戍、簡練、征討之事； 三年一報地圖，以聽征調之令； 閱視修浚城池，因事增置鎮戍將校，設兵屯戍； 巡視操練，請命將出師，懸賞罰、調兵食、紀功過，及關津、緝捕、整頓軍伍諸事。
    但是朱載坖並不這樣認為，朱載坖拿出實錄，證明兵部職方司的掌握軍籍的職能並非一開始就有的，至少在成化以前，對於軍籍的管轄權，依舊是在五軍都督府手中的，一個很簡單的例子就是，正統時兵部尚書鄺埜，向掌五府事務的恭順侯吳克忠“取五軍軍數”，吳克忠回複說需要“聞於上”才可，而鄺埜知道自己越權而連忙“走謝”。
    說明在這個時候，軍籍的掌握都不是兵部的職權，後來兵部才侵奪了五軍都督府的職權，但是文官們就不幹了，到嘴的的肉怎麽可能他飛了，他們堅決不同意由五軍都督府來負責軍籍的清理工作。
    以科道為首還有兵部的官員們紛紛上疏，認為按照大明會典和諸司執掌，五軍都督府的職能僅僅是“其職分領都司衛所，掌一 應從駕儀衛，諸武職替襲優給等項。所屬悉上之府，府為轉送兵部請選。其他， 若武臣誥敕、水陸操練、俸糧屯種、軍情聲息、清勾替補、薪炭諸事，各分移所司而綜理之。”
    此事理應由兵部來管理，同時他們還指責執掌府事的勳臣和都督們，多不用心整理軍政，亦不用心打點文書，一應行移縱容首領官吏通同作弊，認為他們攜帶政務，隻有他們文官才是大明忠良，這些勳臣們役占官軍、貪汙索賄，但對於軍事卻大多一窮不通。
    言官們指責勳臣不通武藝，違背大明的祖訓，言官們集中火力，對著勳臣們一同狂噴，說這幫勳臣們是持弓不能發矢，甚 則有墮弓於地者，繼詢韜略，俱不能答，不僅如此，還出則明坐大轎，入則擁列歌舞，心誌驕惰，氣體柔脆，不能承擔軍務。
    老實說，言官們的說還確實是實情，這些勳臣們現在是日漸墮落，鮮有振作的，但是朱載坖現在是擴充五軍都督府的權力，形成對於兵部的製約，對於這種話自然是置之不理，不僅如此，勳臣們開始上疏反駁了。
    以英國公張溶、定國公徐文壁、臨淮侯李庭竹、順寧侯俞大猷、靈璧侯湯世隆等人也紛紛上疏，認為兵部侵奪五府權力，原本按照定製，以五軍都督府分領天下衛所，結果現在兵部架空五府，獨攬軍權，顯然不妥。
    這幫勳臣們終於開竅了，朱載坖以皇帝之尊，都在幫他們爭取了，他們自然明白應該怎麽做，擴充五軍都督府的權力在此一舉，而耐人尋味的是，原本應該在這次事情發聲的兵部尚書霍冀卻一反常態的並沒有說話，連內閣輔臣都上疏幫兵部爭取了，但是霍冀這個本兵卻一言不發，顯得有些怪異了。
    言官們隨即調轉槍口，彈劾霍冀不作為，但是霍冀也隨即上疏請辭，這讓朱載坖反而有些摸不著頭腦了，霍冀這個兵部尚書總體來說還算是比較合格了，霍冀的突然辭職，不僅是讓朱載坖有些措手不及，更讓楊博有些措手不及，霍冀也算是醋黨的幹將了，一直替醋黨經營著兵部，現在霍冀的突然請辭導致醋黨麵臨丟失兵部的可能。
    所以不僅是朱載坖當即駁回了霍冀的請辭奏疏，而且楊博也立即上門探望，對於楊博的詢問，霍冀表示，自己主要是因為身體不好，不能勝任兵部尚書的職務，故而請求致仕，同時和趙貞吉的惡劣關係也是導致霍冀請辭的主要原因，霍冀去意已決，即便是楊博再三勸慰，霍冀也不願擔任這個兵部尚書職務。
    楊博走後，霍冀命人收拾行裝，隻等朱載坖批準他的致仕就離京返鄉，霍冀並非不願當這個部堂大員，但是霍冀已經知道情形不對了，朱載坖要支持五軍都督府擴張權力的意圖是很明顯的，一旦五軍都督府的權力得到擴張，那就意味著文官集團們一直以來的壓製武將的算盤落空。
    一旦出現這樣的局麵，對於霍冀這個當事的兵部尚書來說，恐怕沒有什麽好處，所以霍冀果斷選擇開溜，同時在兵部沒有尚書的情況下，朱載坖也更容易推行自己的政策，所以霍冀連上三疏，請求致仕，朱載坖不得已批準了霍冀的致仕請求，加霍冀少保兼太子太保，賜馳驛，領錦衣親軍護送歸鄉。
    麵對兵部尚書的出缺，朱載坖並沒有立即要求吏部廷推，而是直接用中旨對五軍都督府的人事進行了調整，朱載坖認為臨淮侯李庭竹為中軍都督府左都督，僉書中軍都督府；定國公徐文壁為後軍都督府左都督，僉書後軍都督府；順寧侯俞大猷為前軍都督府左都督，僉書前軍都督府；靈璧侯湯世隆為左軍都督府左都督，僉書左軍都督府；安遠侯柳懋勳為右軍都督府左都督，僉書右軍都督府。
    同時給五軍都督府配齊佐貳官，命令五軍都督府會同衛尉寺、錦衣親軍等，領導天下的都司衛所，清查軍籍。
    而霍冀在致仕之前，也向朱載坖上疏，一來是談了自己對大明國防的看法，二來就是對現在的官軍將領予以點評，推薦了幾個將領。
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