處理了這些事情後，朱載坖就開始和朱翊釴一道處理政務了，朱載坖現在有意識將一些比較簡單的政務交給朱翊釴處理，讓他見識一下朝廷，除了朱載坖安排的講官進講之外，基本上都是在文華殿陪同朱載坖一道處理政務，朱載坖對於朱翊釴還是比較滿意的，朱翊釴接受了完整的太子教育。
    申時行、王錫爵等人又都是非常不錯的官員，朱翊釴對於朝廷的很多政務的看法還是不差的，但是朱翊釴在朱載坖看來有兩大缺點，第一就是對於民間缺乏了解，他畢竟是長期生長在宮內的，對於民間百姓的生活是不了解的，第二就是眼界不夠開闊，畢竟他從小接受的是講官們的教導，對於海外之事，他是一向不知的。
    朱載坖針對朱翊釴的這種情況，一方麵讓他每月到幼軍去，多和基層的士卒們溝通，向他們詢問民間百姓的生計，朱載坖給朱翊釴安排的任務是去向幼軍中的基層士卒了解京師的物價如何，是否有波動，士卒們的軍餉是否足夠，另一方麵讓羅明堅等人編寫有關西洋諸國的相關資料，送朱翊釴參閱。
    起初朱翊釴對此並不上心，在朱翊釴看來，這些西洋諸國，不過都是些小國寡民罷了，怎麽能夠和大明相比呢？但是朱載坖直接反問道：“彼輩固然是小國寡民，但是彼輩遠涉重洋，不遠萬裏，染指南洋，不可慮乎？夫完顏阿骨打起兵之時，誰其料能吞遼滅宋？鐵木真會盟諸部之時，誰其料能橫掃中原？女真之兵，多於宋遼乎？蒙古之兵，多於宋金乎？”
    麵對朱載坖問題，朱翊釴確實無法回答，朱載坖說道：“太子，你是身係家國之重的人，大明的興亡，就在你一念之間，他們是小國寡民，但是若是虎豹豺狼之國呢？要詳審其行，再作決斷，不可聽信一麵之詞。”
    對於朱載坖的教誨，朱翊釴看起來是聽進去了，但是朱載坖很明顯的知道，他是不太放在心上了，他缺少對於民間的了解，這是朱載坖最擔心的事情，朱載坖於是決定讓朱翊釴到地方去看看，同時看看這幫翰林們在地方幹的如何。
    朱載坖隨即下詔，令太子朱翊釴代天巡視北直隸諸州縣，京衛都指揮使兼領侍衛內大臣嚴紹庭隨扈，朱載坖讓朱翊釴去北直隸的鄉村看看，實地了解他的師傅們在地方的施政情況，更重要的是了解民間的生計，知道百姓的生計之艱難。
    對於朱載坖讓朱翊釴去代天巡視的事情，杜太後和李皇後都有些不滿，在她們看來，朱翊釴剛剛大婚，趕緊弄個孫子出來才是真的。
    同時李皇後還向朱載坖提到一個問題，朱翊釴也已經大婚了，皇次子朱翊鈞是不是應該為此選妃了，朱載坖當然知道李皇後的意思，一旦朱翊鈞成婚，接下來的事情就是封王和就藩之國了，李皇後希望將朱翊鈞打發出去，朱載坖當然明白李皇後的意思，但是朱載坖對於再分封藩王，是極為反感的，一位藩王就藩，不僅要耗費朝廷巨大的人力物力，還要給地方帶來沉重的財政負擔，所以朱載坖一直沒有給朱翊鈞封王，也就是出於這個考量。
    但是現在李皇後提起，朱載坖不能不有所反應，朱載坖隻得表示他思慮好了之後再作決定。
    而嚴世蕃也來奏請，得益於西洋鋸床的使用，鎮、定二艦進展順利，嚴世蕃預計到今年九月，兩艦就可以下水了，嚴世蕃請求朱載坖駕臨天津，觀摩這艘大明現在最大的戰艦。朱載坖禦批，等下水時再上本奏請，同時要求嚴世蕃加快隆慶六年式燧發火銃的生產，現在每年能夠交付官軍的火銃，僅有五六千，朱載坖認為這遠遠不足官軍使用，要想辦法提升產量。
    朱載坖正在處理這些事情，但是戶部的一幫官員就開始鬧起來了，因為朱載坖在之前的厘定官職的詔書中，並沒有將提督海關衙門列入其中，很多戶部官員認為，海關應該直接由戶部管理，因為現在海關關稅可是大明最大的現銀收入來源，而朱載坖再之前的詔書中並沒有將提督海關衙門給定下來，這絕不可能是朱載坖的疏忽，所以之前就有一幫戶部官員上疏認為應該撤銷提督海關衙門直接由戶部管理。
    而胡宗憲也以老病請辭，朱載坖批準了胡宗憲的請辭，加胡宗憲少保、兵部尚書賜馳驛護送回鄉，同時任命原協理海關徐渭升兵部左侍郎兼戶部左侍郎提督海關衙門，原遼東巡撫張學顏為右副都禦史、協理海關衙門。
    戶部則繼續上疏，認為海關乃是太倉財源，應當由戶部直接管理，不必另設衙門，他們顯然是會錯了朱載坖的意思，朱載坖之所以沒有在之前的詔書中將提督海關衙門列入，並非是因為朱載坖想將海關交給戶部直接管理，而是因為朱載坖認為海關衙門實在是太過重要，朱載坖一時半會還沒有想好應該怎麽處理。
    朱載坖也很清楚，提督海關衙門僅僅是一個臨時機構，海關肯定是要設立一個朝廷正式機構加以管理的，但是怎麽設立，職權範圍多大，這些事情朱載坖還沒有完全想好，海關並入戶部是絕不可行的。
    朱載坖召集內閣和六部重臣，商量有關海關的問題，海關的重要性自然是不言而喻的，現在海關關稅已經是大明重要的財政來源，太倉賴以開支，所以戶部認為，直接由戶部管理海關是最為合適的。
    兵部尚書汪道昆則認為，海關緝私，有大量業務都和兵部有關，戶部能管，兵部也可以管啊，要知道現在提督海關大臣還兼著兵部左侍郎呢，所以汪道昆認為兵部也可以管海關，戶部尚書劉體乾自然是不幹的。
    而朱載坖的想法則是設立專司予以管理，而且是和六部衙門平級的二品衙門。
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