美琪與美雪成為初級魔仙後成績不太理想，被魔仙女王召回魔仙堡上 魔法補習班。二人到達魔仙堡，重遇魔仙小藍，並結識了魔仙堡的老樹精靈 及石龜精靈。另一方麵，魔仙堡中的魔法教室內，魔法導師青青正教導一班學生學習魔法，當中有一名小魔仙小千，天生頑皮愛搗蛋，經常搞破壞。 小千大鬧教室後衝出，青青老師跟著，此時卻遇上魔仙堡女王，青青老師懇求女王免去她擔任魔法導師一職，女王好言教導小千及鼓勵青青繼續執教。女王道出小千正是魔仙神童，將來會成為魔仙堡主人，過程卻被小千聽到，並知道自己媽媽可能在人類世界。此時美琪及美雪謹見女王，卻突然發現來回魔仙堡的工具魔仙能量盒給遺留在降落地點精靈花園，女王命小藍替二人到花園取回。小藍來到精靈花園，卻不見魔仙能量盒。花園中的老樹精靈及石龜精靈說出原來已被小千取去。 小藍來到花園另一處發現小千，小千不肯將魔仙能量盒交出，最 後小千更逃離魔仙堡，小藍萬心焦急。
    小藍把小千出走的事告訴了青青及魔仙女王，女王命小藍無論如何也要把她帶回來，小藍奉命離開魔仙堡。美琪、美雪完成補課後回到人類世界，她們已升上了初中，遇上了新舊同學，最有趣的胖小龍也繼續成為同班同學，鬧出了不少笑話。 學校帶領一班同學到藝術館參觀，在場館中發生了怪事，小龍竟看見會移動的雕塑，給嚇得衝出場館。美琪、美雪變身小魔仙以魔法破解，卻不知道為何會發生怪事。在回家的路上，美琪、美雪被小千跟蹤，原來小千在藝術館中看見她們用魔法，得知了她們懂得魔法這個秘密。小千一直纒著美琪、美雪，二人擺脫不了，小千更跟著她們回到家裏。美琪、美雪發現小千原來也是懂得魔法，方想起在藝術館中的怪事必定是與小千有關，二人正想以魔法把她製服時，魔仙小藍剛巧趕至，令美琪、美雪驚愕不已。
    美琪、美雪從小藍口中得知眼前的小女孩就是當日逃離魔仙堡的小千。美琪、美雪的爸媽發現了小藍，高興不已，竭力留下小藍跟小千，可是小千天生頑皮搗蛋，把淩家弄得亂七八糟，令小藍氣結。 小千不肯跟小藍回魔仙堡，小藍一怒之下把小千封進一個小盒子內。怎料小盒子是美琪的家課，美琪不知小千給關在裏麵，把它帶回了學校，豈料盒子給一隻鷹抓了去。為了把盒子取回救出小千，小藍跟美琪、美雪變身魔仙對抗飛鷹，最後拿回盒子，卻不能打開。原來盒子給奇怪的魔法封住，雪菲菲查出了咒語，各人進入了盒子之中，卻像走進了迷宮，沒法走出來，幸好雪菲菲及時來到，帶各人走出迷宮，把小千救回。原來一切都是懂得化身術的巫神使者水靈所為。
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