中國古代五大玄學秘術體係山、醫、命、卜、相中，茅山法術屬於仙之一脈的秘術，是將自然力量儀式化和神秘化之後的產物，是道教所衍生出的一種實用性的方法。祝由術則是醫道的一種秘術，這種秘術據說也有念咒做法治病救人的功效。
    但祝由術和茅山法術在治病救人的方法論上，有著根本性的不同。
    關於祝由術的由來，據說起源於遠古三皇五帝時期，當年軒轅黃帝見百姓受到疾病困擾，而那些妖氣與邪氣趁著人虛弱之際，蠶食人們的魂魄與血肉，使得人類無法走出疾病的困擾，於是，黃帝命手下大臣設“祝由”這一官職。
    擔任這個官職的人，是一群精通玄學和醫術的人，這群人搜集百病的起源，並歸納總結出一套治病救人的方案。
    當年黃帝與蚩尤大戰之時，九天玄女曾經賜予天地運行的奧秘，這些擔任祝由的官員們，就憑借著對於天地大道的體悟與觀察，創造出了一套基於玄學理論，並通過實踐與推理得到的醫道秘術。
    據說這種秘術可以通過文字化為符咒，來達到驅除疾病，安神招魂的目的，這種文字符咒，據說當時有一百七十道，這種秘術流傳下來，就被稱之為祝由術。
    後來，中醫體係逐漸的建立，實踐之中得到的經驗又由張仲景、陶弘景、孫思邈、華佗、扁鵲等中國古代醫師不斷的總結歸納，優化之後，形成了中醫理論體係。而祝由術的內容，也被拆開，融入了中醫理論體係，其中神秘的秘術在流傳之中也就失傳了。
    直到宋朝之時有節度使受命治理黃河，在清理黃河河道之時，發現了一個刻印著奇異文字的石碑。
    這石碑以巨石整體打造，上麵刻有五十八個奇異的文字，這些文字雖然字形像是古體漢字，但識字的人卻無法理解文字的含義。
    眾人好奇，於是爭相來觀看石碑上的古文字，有的人看完之後，神清氣爽，精神百倍，身上的一些頑疾和暗傷竟然慢慢的痊愈了。
    而有的人看完之後反而一蹶不振，精神萎靡，不久健康的身體也生出了各式各樣的怪病。
    於是人們嘖嘖稱奇，將這則傳聞傳給別人聽，正巧這有一個深諳玄門數術的張道士外出遊曆，聽聞了此事便冥冥中心有所感，於是來到黃河邊上的巨大石碑之前觀摩。
    看完之後，張道士對一旁的眾人說道，
    “此上記載的乃是祝由之術，是當年黃帝一百七十個符咒中的五十八種秘術符咒，有移精變氣的功效。但用法若不當，反而會產生疾病，待老道我記下來，諸位再將這石碑埋入這黃河之中，以免誤傷好人，或被奸詐之人利用。”
    於是這張道士就記載下這五十八個文字，又指引眾人，將這石碑重新埋入黃河之中。
    張道士後來就將這五十八個祝由術的法咒編訂成冊，注明各個符咒的用法和功效，然後流傳後世，祝由術也因此，在失傳之後又得以重新流傳。
    到了明朝時期，皇帝設太醫院，有十三個科室，這第十三個科室，就是祝由科的醫道秘術，據說祝由科的秘術實行範圍非常廣闊，能夠緩解病痛，治好小兒夜哭，就連婦女懷孕生子，意外跌打損傷，蟲獸的撕咬損傷都可以進行醫治。
    而且，祝由術延伸起來，還有“滿水招財”“化形變鶴”“吹毛變虎”等法術。
    不過，也因為祝由術太過於離奇和強大，在古代，隻有皇室內的太醫院，和道教秘法之中才有流傳，民間並未興起。
    清朝乾隆六年，祝由術由官方編訂，分成了乾、元、亨、利、貞這五冊流傳於世，這祝由術五冊秘典之中，醫道流傳的秘術又分為了十三個科目，被稱為“太上祝係天醫十三科”，分別是大方脈、諸風科、胎產科、眼目科，小兒科、口齒科、諸外科、傷折科、耳鼻科，金簇科、瘡腫科、書禁科、砭石科。這十三科，主治疑難雜症，又被稱為祝由十三科。
    太上祝係天醫十三科最神秘的部分，往往由古代中醫世家父子或內門弟子間傳承，在道教體係之中，也有著隱秘的流傳。
    這種方式和茅山術的理論有些類似，醫師也會如同道士一般嚴守戒律。
    一般要施展祝由術裏書禁科神秘的內容，醫師先要清淨齋戒，然後內心平靜，心無雜念，用心專一，然後以正直之身引入天地間神秘的正氣，將自軒轅黃帝時期流傳而來的符咒畫出，這種符咒據說是遠古的智者倉頡與天地達成的契約，符咒中的文字本來就有著無與倫比的靈性，符咒之中，以“雨”字為君，以“鬼”字為臣，以“尚”字為將，以“食”字為兵，以其他的字或對症或克製疾病為先鋒。
    從而能夠對症消除疾病，達到康複身體的目的。
    古代醫師施展祝由術，過程往往很繁瑣。
    例如“治骨鯁法”這個祝由術。
    施展祝由術時，醫師要左手以法訣托住水碗，右手食指中指並攏做劍決，在水碗中畫下幾個符字，然後由施術者念咒，念得是，“碗水化為海濱，喉嚨化為萬丈深潭。九龍歸洞化如泥。喉嚨功成之日，名書上清吾奉。太上老君急急如律令”
    念完咒，右手再在碗裏再畫三個字符，然後再念一通咒語，左足和右足分別踏上畫出的不同文字，然後，用“雨”和“鬼”兩個字組合其他字符，畫出來九個字符，這九個字符，被稱為“九龍入海”。
    到這裏還沒完，如果卡嗓子的骨頭是豬骨頭，那麽字符要用“雨”“鬼”和“虎”這三個字組合，卡住嗓子的是雞骨頭，就把“虎”字換為“鳳”字，如果卡住嗓子都是魚骨頭，就換成“龍”字，然後再將這碗水給患者，患者朝東麵喝下去，就可以解決骨頭卡嗓子而化膿的問題。
    這種在我們現代人看起來比較荒唐的事情，在古人的眼中，卻是非常嚴肅且莊重的儀式。