明之後期，政權愈來愈見腐朽。公元1644年3月18日，李自成率農民起義軍攻陷北京，明王朝宣告滅亡。時當東北地區女真民族，在努爾哈赤、皇太極、福臨祖孫三代努力下，重新崛起之際。族名改稱滿族，組成八旗子弟兵屢犯明朝地方政權，經濟和軍事實力大振，覬覦關內。明朝總兵吳三桂在與李自成接戰同時，引清兵入關。李自成回師北京，於4月29日即皇帝位，國號“大順”，但於次日即退出了北京。於是清軍順利入京，並正式建立了清王朝。
    滿族入主中原，由奴隸製度急劇過渡到封建製度，大力加強封建集權統治製度。內閣之上，另設“議政王大臣會議”(後為“軍機處”，是最高決策機構，直接對皇帝負責，全由滿族貴族組成。地方行政分屬總督、巡撫、布政使、按察使及知府、知縣等各級長官，滿漢兼任，但唯知府以下方準多用漢人。從康熙到乾隆，既建成了這樣一個滿漢合一的統治政權模式，又將中國的封建製度推到了頂點。
    “康乾盛世”，社會經濟發展。獎勵墾荒，輕舶薄賦，懲治貪汙，興修水利，節約開支，至康熙四十八年(1709，戶部庫存銀已由原先的1000餘萬兩增至5000多萬兩，出現了相當安定和繁榮的局麵。雍正即位，進一步發展為“攤丁入畝”政策，等於取消了千百年來實行的“人頭稅”。其結果，全國人口大大增加，公元1661年統計人丁戶口為1900多萬。公元1711年亦僅2462萬，而至公元1774年，全國人口已猛增至22102萬。
    清統治者沉溺於奢侈生活，對外部世界資本主義的發展並無察知，對民間資本主義的萌芽，也無認識。
    明末清初社會動亂時期，出現過一批偉大的先進思想家，如方以智、王夫之、顧炎武、黃宗羲、唐甄、顏元等。他們的政治主張基本上是反清的，因此多被下獄，或避地隱居。哲學上，他們批判宋明理學，闡發“經世致用”和“氣”的物質性原理。為了鞏固統治，康熙帝等大力推行宋明理學，把孔子，祭朱熹，將其列入十哲，並親撰“聖諭”以為弘揚。雍正還規定《聖諭廣訓》必須家喻戶曉，能夠背誦。儒臣大受寵用，《朱子全書》、《性理精義》等四處發送。為了打擊一切有反清嫌疑的文人，把中國的“文字獄”發展到了登峰造極的地步。
    此外，清朗中期以後的閉關鎖國政策越來越嚴厲，也阻礙了西方文化的東漸和交流。順治和康熙都曾優渥禮遇明未來華之傳教士湯若望、南懷仁等，康熙甚至請他們入宮講學，使他自己成為中國曆史上最通科學知識的皇帝。湯若望除授欽天監實職外，還得到正一品的榮衍。但是，後來因傳教士內部爭議，羅馬教皇發出“禁約”，並兩度派特使晉見康熙，要求改變利瑪竇的傳教法度，禁止中國天主教徒參與祭孔、祭祖、行吊喪之禮及懸掛“敬天”之醫，理所當然遭到康熙斥逐，最後下諭“以後不必西洋人在中國行教，禁止可也，免得多事。”（故宮博物院編《康熙與羅馬使節關係文書》第14通）。但實際上傳教士仍在中國各地活動。雍正時，廣東、福建等省地方官屢有“歐亞人侵擾我百姓，蔑視我法律”的報告，情況已與康熙時有所不同。後來又考慮到邊疆之患及思想體製之被淆亂，乃有乾隆朝下令閉關鎖國。商人及知識分子一概不準到海外貿易、考察，漢人出洋者為“自棄王化”，不論官民一律殺頭，沒收貨物財產，並且坐連保甲屬官。至此，就從原來的因保護主權而閉關鎖國發展成對一切外來文化和經濟交流均予析拒的自閉政策了。這樣，中國曆史性地失去了一次與外部世界交換認識、爭取同步前進的機會。
    在上述背景下，清代前中期的醫學發展，呈現出一個比較錯綜複雜的局麵，中醫學傳統的理論和實踐經過長期的曆史檢驗和積澱，至此已臻於完善和成熟，無論是總體的理論闡述，抑或臨床各分科的實際診治方法，都已有了完備的體係，而且療效在當時的條件下是卓著的，與世界各國醫藥狀況相比還略勝一籌。尤其是溫病學派形成，在治療傳染性熱病方麵，降低死亡率、預防傳染，起到了積極作用。其中人痘接種以預防天花方法的大力推行，更是中國乃至世界醫學史上光輝燦爛的一頁。次如解剖學的革新趨向，也說明了中醫學在努力尋找新的突破口。
    但是，長期的閉關自守，濃厚的尊經風氣使這一時期的醫學停滯於既有的“完美”，而不能真正全方位地有所突破。西醫傳入的勢頭在清初之後不久就低落下來，新鮮的知識和觀念沒有機會進入中醫社會，這種衝擊要到清代晚期才真正到來。中醫界在尋找多途發展，但時機還沒有成熟。