朱由渠進入漢中後，立刻整頓漢中的秩序，漢中城很快恢複了往日的繁華。五天後朱由渠在城外祭奠瑞王朱常浩一家，並將其安葬。同時上書朝廷，“流賊進入漢中，瑞王一家被流賊所害。望朝廷批準自己在漢中招募軍隊對抗流賊。”
    等安排完表麵工作後，朱由渠在瑞王府的正殿召見了他的文臣武將。孫煥之首先出列拱手道：“殿下，如今整個漢中，除少數地方在，基本上已在我光複軍的掌控下。如今府庫充盈，地方穩定，正是擴軍備戰的好時候啊。”朱由渠得意的點了點頭。見朱由渠表示讚同，孫煥之繼續道：“不過，這一路走來，漢中地區的官員被流賊所殺者甚多。如今官府十室九空，很多地方根本就運轉不起來，還望殿下定奪。”朱由渠又點了點頭，然後沉思片刻後道：“讓漢中地區的舉子和秀才補缺，還有逃到漢中的流民中若有能力，也可破格提拔任用。”孫煥之皺眉道：“殿下，這恐怕不合朝廷規矩吧，一般任命員，都是要走流程的，這…。”朱由渠擺擺手笑道：“孫卿過慮了，非常時期行非常之事。如果什麽事都按流程來，那就什麽事都別幹了。任命官吏的事就你來辦吧，記住，一定要選有才能的人，我們這兒可不養閑人啊。”孫煥之點了點頭，拱手稱“諾”。朱由渠又看向嶽鵬飛道：“鵬飛，如今我們占領了漢中，這裏可比懷慶府大多了。要守住這麽大塊地方，就我們現在的軍事實力恐怕不行。你接下來跟和君明研究一下，看我們要擴充多少軍隊，需要多少裝備，然後跟君澤討論一下軍費的問題。”三人同時抱拳稱“諾”。隨後朱由渠又轉向劉學民道：“學民，宋先生現在怎麽樣了？”劉學民拱手道：“殿下，經過這麽久的相處，宋先生現在已經不打算走了，而且還要將他的家眷都遷到漢中來？同時還寫信給他的學生們，讓凡是願意來的都過來。估計到時候還有學生的家屬也會跟著過來，殿下可能要做好安排才行。”朱由渠興奮道：“沒問題啊，隻要他們肯來，孤一定精心安排。對了，如今我們已經有了根據地，接下來你的任務可比較重了。首先，要將你的知識適當的傳授給宋先生和他的徒弟們，其次，你要跟宋先生組建格物院，讓大家有個潛心研究格物的地方。其三，還要開設小學和中學，為未來做人才儲備，其四，要建設兵器工廠，打造各式武器，嶽將軍還等著用了。”劉學民聽完皺了皺眉道：“殿下，這確實有難度啊，不過隻要有錢，這都不是事兒。”說完便看向了一旁掌管財政的張君澤。朱由渠也跟著看向了他道：“君澤，你的擔子有點重啊，如今漢中的土地正在分發，夏種前都會分到百姓的手裏。第一年的稅孤給他們免了，那我們的開銷可就落在你的身上了。”張君澤深吸一口氣道：“殿下放心，我一定讓整個漢中正常運轉。不過臣建議，建格物院和您剛才說的那個什麽小學中學的，還是先放一放，等後麵府庫寬裕了再說。”朱由渠立即擺擺手道：“不可，格物院和學校必須要建，而且是馬上就建。如果實在運轉不開，鵬飛那邊可以少招點兵，我們暫時應該不會有大的戰事。”聽了朱由渠的話，嶽鵬飛也有些不淡定了，於是上前拱手道：“殿下，如今我們占據漢中，方圓幾百裏呀，就這麽點兵力肯定守不過來的，還請殿下三思。”朱由渠笑了笑道：“無妨，我們的北麵和東麵是李自成的地盤，南麵的四川還在朝廷手裏。如今我們兩邊不得罪，盡量用外交途徑解決一些爭端，能不動武的就不要動武。等我們緩過勁來再說。”聽了朱由渠的安排，大家也都點頭表示同意，但除了劉學民，其他人都不知道為什麽非得建格物院和學校。
    在跟手下討論完大方針後，朱由渠來到了偏殿的議事廳。很快劉學民和宋應星便來到了議事廳，兩人行完禮後，分兩邊坐下。朱由渠看了看兩人沉聲道：“二位，這格物院和學校的事，我有些想法，想請二位一起參詳一下。兩人異口同聲道：“殿下請講。”朱由渠正了正神道：“格物院的話，我準備分為農學院，工學院，醫學院和武備研究院。劉學民任院長，負責工學院和武備研究院的籌備，宋先生任副院長，負責農學院和醫學院的籌備。同時你二位還要負責這些學院初期人員的教習工作，還有教材的編纂工作。不知二位有什麽難處嗎？”兩人同時搖搖頭道：“沒問題。”朱由渠點點頭道：“好，既然如此，那就辛苦兩位了。至於小學和中學嘛，可以先建，但不著急招生，等明年有了稅收再說。”然後看向劉學民道：“學民，這小學和中學的教材你可得先編寫好啊。小學按三年製，中學按兩年製。等以後有了條件，還要籌建大學的。”劉學民點點道：“行沒問題。”朱由渠在議事廳裏來回走了幾步，接著道：“至於這兵工廠嘛，可以直接在漢中原來的武器作坊上進行擴建。孤以為，暫時讓大家先生產一些刀槍和弓箭之類的兵器。但此類兵器不要太多，隻要夠新兵用就行了，我們以後還是要以火器為主。”劉學民點頭表示讚同，可宋應星卻搖頭表示反對。隨即宋應星拱手道：“殿下，臣雖然不懂戰陣，但也知刀槍乃是戰場之上用到最多的兵器，若是沒有大量的庫存，真要到戰時，士兵沒有足夠的武器那是要吃大虧的。火器作為戰場的輔助兵器可以有，但沒必要生產那麽多吧？”聽完宋應星的論述，朱由渠和劉學民都笑了起來。宋應星看著兩個可以叫他爺爺的小孩在嘲笑他，心裏瞬間就有些不高興了。但轉念一想，一個是殿下，一個是學富五車才高八鬥的大學問家，這兩人倒也有資格嘲笑自己。於是沉聲道：“殿下，學民，你們笑什麽，難道我說的不對嗎？”帶著笑意的劉學民拉了拉宋應星的衣角道：“宋先生，哦不，宋院長，一會兒回去我再慢慢跟你講，既然殿下得事已經安排完了，那我們就站告辭了。”朱由渠揮了一下手，示意他們可以走了。於是二人便行禮退出了議事廳。
    待兩人走後，楊淼走進了議事廳拱手道：“殿下，張統領傳來消息，李自成在開封城下受挫後分兵了，一部分跟開封的孫傳庭對峙，自己親自領軍南下攻取南陽和襄陽等地，準備進一步壯大自己實力後，再回頭進攻開封。”聽完楊淼的匯報後，朱由渠沉聲道：“告訴思怡，首先讓她想辦法把李自成分兵的消息告訴孫傳庭。其次，讓她想想辦法，在保證自己安全的情況下，盡量幫助孫傳庭。”楊淼拱手稱“喏”便轉身離去。
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