虛無胎動危機平息後，宇宙的本源力量突然產生劇烈反噬。阿雷克斯的機械聯邦監測到，所有能量反應爐開始逆向運轉，將物質轉化為純粹的混沌能量；萊婭的靈羽族聖地，守護靈能突然暴走，古老的聖樹根係瘋狂生長，將建築與族人一同絞碎。更恐怖的是，全宇宙的靈能網絡、量子通道乃至生命本源之力，都在以失控的姿態相互衝撞，仿佛整個宇宙的根基正在自我毀滅。
    蘇塵與洛瑤首當其衝受到衝擊。蘇塵的混沌之力與宇宙本源的反噬力量產生共鳴，他的身體開始出現裂痕，仿佛隨時會崩解成原始粒子；洛瑤的星光之力則被撕扯成無數尖銳的碎片，每一道光芒都在割裂她的意識。兩人的意識被拋入一個由混亂本源構成的異空間，這裏漂浮著十二工匠創世時殘留的能量殘骸，還有一個不斷膨脹的黑色漩渦，從中傳出震耳欲聾的咆哮：“秩序是枷鎖，回歸本源才能解脫！”
    銀河守望者聯盟的艦隊在救援行動中全軍覆沒。戰艦剛靠近暴動區域，艦體的金屬結構就被本源力量分解成發光的塵埃；船員們的身體在能量亂流中扭曲變形，有人化作靈能風暴的一部分，有人則變成量子糾纏態的怪物。薇爾莉特帶領的特遣隊裝備了特製的“本源穩定器”，試圖平息暴動，卻發現穩定器反而加劇了能量暴走，隊員們的意識逐漸被混亂吞噬，成為無意識的能量載體。
    萊婭通過靈羽族最後的禁術“萬靈溯源”，窺見這場危機的根源。在宇宙誕生時，十二工匠為了創造穩定的世界，將狂暴的“本源之力”封印在宇宙核心。但隨著無數次危機的衝擊，封印出現了不可修複的裂痕，被囚禁的本源意識——“混沌本源之靈”趁機蘇醒。它認為所有文明的發展都是對本源力量的褻瀆，唯有將一切回歸混沌，才能實現真正的平衡。
    阿雷克斯帶領科研團隊啟動“本源調和計劃”，在各個星域建造巨型“秩序錨點”。他們試圖用機械聯邦的量子矩陣束縛暴走的能量，用靈羽族的聖物淨化混亂本源。然而，混沌本源之靈不斷同化錨點的力量，將秩序能量轉化為毀滅之力，聖物也在接觸本源的瞬間碎裂成齏粉。普通星球上，火山噴發著量子火焰，海洋沸騰成靈能霧氣，所有生命都在本源反噬中痛苦掙紮。
    蘇塵與洛瑤在異空間中艱難前行，每走一步都要承受本源力量的撕扯。他們遭遇由混亂本源具象化的怪物：由靈能組成的咆哮巨獸、由量子糾纏形成的扭曲巨網。混沌本源之靈化作一個由無數光粒與暗物質組成的巨人，它的聲音震得空間破碎：“放棄無謂的抵抗，融入混沌吧！”
    關鍵時刻，全宇宙尚存的文明將對“存續”的渴望與對“新生”的信念注入兩人體內。蘇塵與洛瑤將混沌之力、星光之力與文明意誌融合，形成能重塑本源的“創世之匙”。當匙刃插入黑色漩渦核心，暴走的本源力量開始平息，混沌本源之靈發出不甘的怒吼，逐漸消散成純淨的能量。
    戰後，創生之樹生長出“本源枷鎖根係”，將宇宙核心的本源力量重新封印。蘇塵與洛瑤的力量化作守護宇宙根基的屏障，每當本源力量出現異常，他們的光芒就會及時出現。但在宇宙核心深處，混沌本源之靈的殘念仍在蟄伏，等待著給予文明最致命的一擊……
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