魯南第一次反掃蕩的勝利，在新四軍軍部和延安總部產生了極大的影響。新四軍軍部重新調整了新四軍的下一步發展規劃，準備全力支持山東挺進縱隊。
    新四軍軍部將楊文翰電報轉發延安總部、並附上軍部建議：新四軍獨立團留下一個營擴編成一團，另二個營打算北上沂蒙，加強山東的力量。江南抗日義勇軍北上蘇中。另楊文翰部擴編急需大量幹部，新四軍軍部隻能滿足其部分要求，望總部多抽調一些幹部前往山東，加強山東的力量。
    延安總部收到了新四軍軍部轉來的楊文翰的電報以及新四軍軍部的建議。總部領導都對山東根據地的發展非常滿意，新四軍北上山東使根據地取得了突破性的進展。
    新四軍進入山東後，很快就站住了腳。不僅新四軍得到了極大的發展，而且帶動了八路軍山東縱隊的正規化，提高部隊的作戰能力。這次反掃蕩戰役的勝利充分證明了新四軍北上山東決策的正確。新四軍在發展的過程中，戰鬥力並未遇到太大的影響，這一點尤其值得肯定。如今山東根據地現在可是兵強馬壯，武器裝備可以說是全軍中最好的。一個炮團就有20門九二步兵炮，根據地現在還有兵工廠，武器彈藥都可以自製。
    新四軍自到皖南開始就確定了：自力更生、豐衣足食的方針。山東挺進縱隊也秉承了這一點，大力興修水利、發展屯墾、發展工商業。相信隻要有一年的時間，就可以實現自給自足。
    現在山東發展走上快車道，延安總部看到了山東抗日根據地發展的潛力。針對山東根據地缺幹部、基層軍官、老兵的問題。延安總部決定除了派遣大量幹部過去外，八路軍進軍山東的進度也要加快，八路軍可以派一部分部隊向山東沂蒙地區靠攏，到時與山東軍區連成一片。可以從這些八路軍部隊裏抽調大批軍政骨幹加入山東挺進縱隊和山東縱隊中。
    鑒於目前新四軍挺進縱隊與山東縱隊在同一區域活動，雙方互不統屬，指揮不便。廷安總部政治局決定兩部混合整編組建軍區，統一領導、統一指揮。由楊文翰任司令、黎玉任政委。組建根據地軍政委員會，黎玉任書記，楊文翰、劉炎、張經武為委員，統一領導山東根據地軍政事務。
    延安總部以山東縱隊的名義向重慶發布了魯南大捷的戰報。反擊了我黨遊而不擊的謬論。在一片淪陷聲中，魯南的勝利為全國人民點亮了一盞希望的燈。
    國府收到了延安總部報捷的電報，常申凱對於八路軍與日軍1：4的戰損比存疑，但打了勝仗是無疑的。八路軍在山東發展壯大，引起了常申凱的警惕。他認為蘇魯戰區的建立會對壓製共黨的擴張起到一定作用，國黨也要在敵後要有自己的根據地，這在一定程度上會擠壓共黨的活動空間。
    1939年開始，國府政策重點由對外抗日轉移到對內反共，開始推行消極抗日積極反共的反動政策。之後，則進一步確定了以“軍事反共為主，政治反共為輔”的方針。在這種背景下，國黨掀起了第一次反共高潮。
    山東蒙山，泝蒙軍區主要領導人都在，接延安總部命令及新四軍軍部命令：楊文翰擔任沂蒙軍區司令員， 黎玉擔任政委 劉炎擔任政治部主任 張經武擔任參謀長 李振華擔任副參謀長，楊文翰同誌全權負責整編工作。同時建立沂蒙軍政委員會，黎玉任委員會書記，楊文翰、劉炎、張經武為委員。
    楊文翰和黎玉進行了充分的溝通，決定部隊整編擴編的原則：整編的團由一個新四軍挺進縱隊一個營、一個山東縱隊的營、在此基礎上加入新兵擴編出一個營。這樣戰鬥力以老帶新、戰鬥力不會下滑太快。山東整編出22個正規團，另設有個別獨立團、獨立營。在每個縣組織一個縣大隊，由縣大隊負責組織下麵鎮村組建區小隊，並負責初區小隊軍事訓練，成為正規部隊後備預。正規團編號以是新四軍的4開頭，後麵位數的序號，部隊編號從401團一一422團，炮兵團編號為炮1團。魯南駐軍五個團，蒙山駐軍二個團，沂山以南，蒙山以北駐軍五個團，濱海根據地駐軍二個團，膠東準備派駐三個團，淄博、濟南以南山區派駐三個團，清河二個團，整個軍區正規部隊向各個遊擊區滲透，鞏固各地遊擊區，以期把遊擊區發展為根據地。整編後整個山東軍區正規軍兵力將達到餘人，民兵遊擊隊七萬餘人。
    整編後山東軍區掀起了大練兵運動。訓練完成後還要舉行大比武活動，獎品是錦旗和彈藥。各支部隊憋足了幹勁，要為自己團爭光，部隊在榮譽感的加持下，迅速增強了各團內部的團結。
    針對國府政策的轉變，軍區製定了相應的對策，一句話形容就是人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人。特別是清河地區由於是平原，日軍經常掃蕩，如果國黨背後捅刀子，將產生嚴重影響。
    軍區指示清地區黨委、軍隊先在壽光的清水泊地區建立穩固根據地；然後向小清河以北發展，到黃河入海口的荒原地帶建立後方，打通與冀魯邊區的聯係。
    與此同時軍區還要求在沂山402團林唯先部，魯山409團趙傑部加強對國軍秦啟榮的監控，指示兩團若遇到該部不利於我軍的行，堅決予以反擊。
    軍區做出這樣的部署也是迫不得已，1939年以來山東省主席沈鴻烈、魯西北秦啟榮部跳的最歡，肆無忌憚。積極反共、溶共、限共，破壞我黨建立的抗日民主政權，解散我黨組織的抗日團體，殺害我黨同誌。軍區原先本著維護統一戰線原則，一忍再忍。如今已是忍無可忍。
    現蘇魯戰區成立在即，國府調東北軍51軍、57軍入山東，於學忠任司令員。軍區擔心今後敵後鬥爭形勢會更複雜。提前對秦啟榮反擊，也是表明我黨的一種態度。對技持統一戰線的行為，我黨一概支持，對於破壞統一戰線的行為，我黨將堅決予以打擊。
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