在羅馬尼亞冰天雪地的喀爾巴阡山脈深處，一座廢棄修道院的地窖裏，藏著一個見不得人的秘密實驗室。某天，培養艙裏的淡黃色營養液泛起漣漪，一個蒼白的身影緩緩睜開雙眼——這就是11號，他作為b係列克隆體量產計劃的初代模板，就這樣“誕生”了。博士和技術員根本沒把他當人看，隻覺得他是個能隨意擺弄的工具。博士興奮地說他會成為“最完美的藝術品”，可這話背後，是要把他訓練成冷酷無情的殺手。
    11號剛從培養艙出來，就被各種折磨。技術員像對待機器一樣，往他身體裏植入各種東西，還通過電擊、注射藥物等手段，給他做“認知校準”，就是想把他改造成沒有感情、隻知道殺人的怪物。在槍械訓練課上，他被迫用陶瓷匕首殺掉被說是“叛徒”的“父親”，其實那隻是博士編造的謊言，用來測試和訓練他。後來在一次體檢時，11號發現技術員偷偷往他的抑製劑裏加奇怪的紅色藥劑，他終於忍無可忍，奮起反抗，不僅幹掉了技術員，還把實驗室攪了個天翻地覆。逃跑時，他才知道自己的基因竟然是由五個罪犯的dna拚起來的，地下室裏還有幾百個和他長得一模一樣的克隆體，這一切都讓他感到憤怒和絕望。逃出實驗室後，11號遇到了ica組織的戴安娜，從此他的生活變成了不斷接任務、暗殺目標。
    11號一路追查博士，找到了布拉索夫的私人診所。診所裏彌漫著詭異的氣息，博士還在拿失敗的克隆體做殘忍的實驗。11號和博士的克隆體們展開激烈戰鬥，過程中，他得知了一個驚天秘密：自己竟然是博士用自身基因改良的初代原型體，而普羅維登斯組織更是野心勃勃，想要用克隆體替換全球的重要人物，掌控世界。
    之後，11號的任務一個接著一個，在西西裏島教堂、維也納國家歌劇院這些地方，他都遭遇了克隆體的襲擊。每次戰鬥，他都能發現一些新線索，原來這些克隆體和納粹以前搞的“諸神黃昏計劃”有關，而自己基因裏的“懺悔基因”，還有和維托裏奧家族的聯係，都成了謎團的關鍵。
    在伊斯坦布爾，11號和一個長得跟戴安娜一模一樣的克隆體d  11打得不可開交。這場戰鬥讓他知道了自己和戴安娜之間有著驚人的基因淵源。接著，他又馬不停蹄地趕到南極，在那裏，他看到戴安娜本體懷著孕，胎兒的心跳和他的腦電波竟然是同步的！更可怕的是，南極基地還藏著普羅維登斯“人類清除計劃”的原始毒株，一旦泄露，後果不堪設想。
    最終的大決戰在柏林上演。11號和戴安娜的克隆體ad  11  a1展開生死對決。他衝進地堡核心，毀掉了主腦矩陣庫中的胚胎母體，成功阻止了全球克隆體的瘋狂暴動。經曆了這麽多生死戰鬥，11號厭倦了打打殺殺的殺手生活。
    戰後，11號選擇了一條全新的道路。他把蘊含特殊基因的胚胎埋進土裏，隨著時間推移，這些基因慢慢改變了周圍的生態環境，長出了各種奇怪又神秘的植物。漸漸地，金瞳少女等擁有特殊基因的孩子出現在世界上，他們不像11號那樣身上有條碼編號，不受任何人的控製和束縛，能夠自由自在地生活。11號也不再是那個冷酷的殺手，他成了一個守護新生命的“園丁”。他看著這些充滿希望的新生命在這片土地上成長，守護著這場基因革命帶來的新世界，期待著未來會有不一樣的改變 。
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