11號一行人搭乘深度改裝的遠洋漁船“信天翁號”，從北極撤離點出發前往紐約。船體夾層藏著從冰巢實驗室回收的聲波幹擾器和電磁脈衝裝置，孩子們分工協作，馬克斯和艾拉搭建臨時加密通訊基站，確保航行中的信息安全；伊桑與阿雅則專注於調試從紐約下水道獲取的地形數據，為後續潛入做準備。
    當航行至加拿大紐芬蘭海域時，危機突然降臨。阮文雄雇傭的武裝快艇氣勢洶洶地追擊而來，企圖攔截他們的去路。凱倫操作著由破冰斧改裝的簡易炮台，果斷向敵船發起攻擊；11號則使用冷凍槍，精準地凍結對方螺旋槳，使敵船失去動力。萊昂和泰隆在了望時發現敵方快艇配備了聲呐探測設備，莉婭和露娜立即啟動聲波幹擾器，製造出虛假的海底地形回波，成功幹擾了敵人的探測，讓“信天翁號”得以擺脫追擊，繼續向目的地前進。
    漁船在新澤西州的廢棄碼頭停靠後，眾人決定通過城市排水係統潛入紐約。瑪雅製作的假檢修口標識發揮了關鍵作用，幫助團隊避開了市政監控。迪倫攜帶的蜂蜜燃燒彈，在狹窄昏暗的管道中充當起應急光源。11號偽裝成市政檢修工，借助阿雅研發的麵部模擬聯絡器，順利通過了三個安檢崗哨。然而，在錯綜複雜的下水道中，他們遭遇了受病毒改造的巨型老鼠群。這些老鼠體型龐大，眼睛閃爍著詭異的紅光。佐伊和伊桑默契配合，用改良後的麻醉弩和由蜂蜜燃燒彈改造的火焰噴射器驅趕鼠群；塞西莉亞則趁機采集樣本，經分析發現這些老鼠體內殘留著冰巢病毒的基因片段，證實了阮文雄的邪惡實驗早已滲透到城市地下。
    為了鎖定目標，孩子們展開了情報收集工作。馬克斯和艾拉黑入市政係統，發現中央公園人工湖每周二淩晨存在異常電力輸送，這一線索指向了地下隱藏的秘密。萊昂偽裝成街頭藝人，在洛克菲勒大廈附近一邊作畫，一邊繪製建築結構圖；泰隆則混入建築工人隊伍，成功獲取到地下三十層的施工圖紙。他們還得知，表麵光鮮的知名生物科技公司ceo威廉·卡特，實則是阮文雄的紐約代理人，曾是中情局生化武器專家；而實驗室安保主管莎拉·金，曾是摩薩德特工，她的機械義眼具備熱成像與穿牆透視功能，給行動帶來巨大威脅。
    11號帶領凱倫、塞西莉亞通過中央公園湖底的秘密通道，展開精密潛入。冷凍槍清理沿途的激光警報，瑪雅的假蜂巢偽裝成通風管道裝飾物，迷惑監控係統。露娜遠程指導塞西莉亞破解門禁係統，卻發現需要同時驗證三枚密鑰。進入核心實驗室後，威廉啟動基因庫自毀程序，釋放出攜帶失憶病毒的機械蜂群。這些蜂群一旦攻擊成功，將使人失去記憶。11號急中生智，利用紐約地鐵隧道的金屬結構，引導伊桑改裝的無人機釋放電磁脈衝，成功癱瘓蜂群。與此同時，凱倫與莎拉展開激烈的近身搏鬥，憑借頑強的鬥誌和高超的格鬥技巧，用破冰斧斬斷對方機械義眼線路。塞西莉亞破解實驗室電腦，阿雅和莉婭在紐約各大新聞媒體植入虛假監控畫麵，為團隊製造不在場證明，並將偽造的郵件記錄與阮文雄的犯罪證據一起發送給fbi，成功洗脫嫌疑。
    撤離時，11號在威廉的保險櫃發現一張馬爾代夫海文島的地圖，標注著“fina hive”。戴安娜的全息投影證實，阮文雄親自坐鎮該島，那裏儲存著融合所有變異病毒的“神級毒株”。孩子們將實驗室偽裝成天然氣爆炸事故現場，通過地鐵隧道分散撤離，在唐人街的中餐館會合。馬克斯展示偽造的登機記錄，確保眾人擁有完美的不在場證明。11號握緊海文島地圖，望著曼哈頓璀璨的夜景，遠處港口一艘掛著馬爾代夫國旗的遊輪上，阮文雄派出的最後殺手小隊正虎視眈眈，新的挑戰即將在馬爾代夫海文島展開 。
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