按照朝廷原定的總體戰略部署，江南遊擊軍海運南下之後，應該再等一到兩月，待遊擊軍在江南登陸並取得一定戰果，蝟集徐州的叛軍不得不分兵回援江南之後，朝廷平叛大軍再傾師南下，與遊擊軍及福建、廣東兩省的兵馬南北夾擊，一舉剿滅首尾難以兼顧的江南叛軍。

    這本來也是朱厚熜做出讓俞大猷率江南遊擊軍沿海路南下，命高拱出使閩粵兩省，協調兩省平叛的初衷所在。可是，高拱、俞大猷銜命南下不到半月，朝廷就接到江南密報，南都那幫亂臣賊子已經平息了內訌，不但徐州叛軍主力沒有調動；反而增加了數萬強悍的南蠻異族兵士，這無疑給江南遊擊軍的軍事行動增添了莫大的困難。

    汪直的船隊行於海上，與朝廷音訊不通，想要調整戰略部署已來不及。想到那上萬名大明健卒，尤其是“一將難求”的軍事奇才俞大猷，朱厚熜不禁心如刀絞，但此戰關係到大明國運，勝則萬世之功，敗則萬劫不複，他也不敢獨斷專行，便於嘉靖二十四年五月初七，召集內閣、五府、六部諸位文武大臣商議整軍南下之事。

    內閣及兵部諸位大臣們的意見還是傾向於再等一等，等江南遊擊軍和閩粵兩省兵馬出動之後再傾師南下。但中軍都督府左都督、英國公張茂及前軍都督府左都督、成國公朱至孝等軍中碩勳和戚繼光等將領卻一致認為，朝廷養兵千日，用在一時，專為平叛組建的禁軍早已軍容嚴整、蓄勢待發，此番南下定能將江南叛軍一舉蕩平。加之禁軍多為北方人氏，若是拖過了六月份再出征，南方澳熱多雨的天氣也會影響兵士戰力的發揮，導致戰事久拖不決，更有兵敗垂成之虞。

    就在文武大臣激烈地辯論了兩天，仍是爭執不下的時候，一名囚犯被朝廷先期派往徐州前沿監視叛軍的河南衛所軍錢文義所部押解進京。這一看似無關緊要的小事，竟成了促使朝廷下定最後決心的微妙因素。

    此人便是去年年初曾帶領會試舉子大鬧科場，今年更黨附逆臣顧璘在南都擁立遼王圖謀篡國的湖廣才子張居正。

    與何心隱、初幼嘉分手之後，張居正帶著那些逃難的難民穿越了前線，來到北方。在當地官府的幫助下，那些難民陸續投親靠友，無所依靠者也被安置在了官屯之中，隻有張居正因言談行止和他那身仆役打扮不大符合，被當作奸細抓了起來，嚴加拷問。五木之下，張居正不得不承認了自己的身份。

    且不說張居正去年年初曾夥同他人煽動各地會試舉子罷考，鬧得天下沸沸揚揚；最近一段時期，南都擁“益”擁“遼”兩派的爭鬥也被朝廷在《民報》之上大肆渲染，深入揭批那幫亂臣賊子打著維護祖製旗號，行謀權篡位之事的醜惡行徑，他的大名更是聲震宇內。對於這樣的謀逆重犯，當地官府如獲至寶，立刻將他檻送京師。為了防止在路途之中出什麽意外，還特地懇請錢文義派了整整一隊兵士押送。

    此前聽說張居正與江南那幫亂臣賊子攪在了一起，令朱厚熜深感遺憾，曾長籲短歎了許久，如今聽說他自己送上門來，不禁喜出望外，當即召見了張居正。

    一路北上，張居正親眼見到了朝廷安置難民、大興農務的諸多善政，親耳聽到了各地百姓交口頌聖之聲，此刻又蒙皇上親自召見，溫言撫慰，更是感動莫名，遂俯身闕下，痛哭流涕地懺悔了自己附逆倡亂的錯誤，懇請皇上將自己明正典刑以儆效尤。

    朱厚熜親手將他攙扶而起：“年輕人哪能不犯錯誤，改了就是好同……”他咽下了即將脫口而出的“同誌”二字，改口道：“哦，改了就是我大明的好臣子嘛。朕去年與你們有三年之約，朕絕不食言。不過，如今天下尚不太平，出外遊學就不必了，你就安心去國子監去讀書。下科大比，朕還想看你這名滿天下的湖廣才子蟾宮折桂、長街誇官呢。”

    張居正感懷聖恩，幾不自勝，便一五一十地將自己所知道的徐州叛軍有關情況奏報給了皇上。

    朱厚熜這才知道自己一點憐才之念，竟揀了一個天大的寶貝，張居正居然剛剛跟隨新明朝廷欽差何心隱巡視過徐州。當即笑道：“真乃天助我也。看來讀萬卷書真不如行萬裏路，你這一年多來走南闖北，不但長了許多見識，更為朝廷立下了一大功勞。朕看你也不必到國子監去了，改去翰林院當庶吉士，你且好生讀書儲才，日後為朝廷效力。”

    皇上如此厚待謀逆臣子，令滿朝文武殊為不解，可當他們看到張居正寫出的那樣詳實可靠的徐州叛軍布防情況之後，誰也不說不出反對意見了，，這麽大的功勞，不亞於陣前斬將奪旗，別說是任庶吉士，就算是實授個五六品的官職也不過分。那些商賈販夫之流不就是因樂輸朝廷了些許銀子，又給朝廷弄來了一點糧食，就被賞賜六品功名頂戴，雖是中官服飾，不算朝廷命官，但畢竟玷汙官箴，張居正久負才名，位列朝堂隻怕也比那些商賈更合適些。

    吏部左侍郎兼翰林院掌院學士徐階身為內閣輔臣，自然要比一般官員看得更深一層，能體會到皇上此舉是為了籠絡江南那幫心誌搖擺不定的士子，但即便如此，謀逆是抄家滅族的大罪，皇上法外施恩不與他計較也就罷了，何必要許他躋身翰林院文苑清流之列，更許其任庶吉士，這可是被人目之以“儲相”，尋常二甲進士不經館選也難有此殊榮，怎能如此輕易讓這個素懷異心更有謀逆情事的普通舉子占據一席之地，因此，當張居正遵聖命前去翰林院報到的當日，他便召見了張居正，悉心考究了他的學問。具體考究情況旁人不得而知，隻是在那之後，徐階不再質疑張居正入翰林院的資格，卻叮囑他不必再馳騖古典，浸淫於秦文漢賦唐詩宋詞，而是要下功夫鑽研朝章國故，以備日後為朝廷所大用。張居正不但背負著“逆臣”之名，進翰林院也是蒙皇上特旨開恩，因而備受同僚的歧視，受到徐階這樣的關懷甚為感動，遂對徐階持弟子之禮。徐階雖在公開場合仍對他不假辭色，但也默許了他這種“私附門牆”的行為，時常指點他的學問，令翰林院一幫清流官員很是不齒，私下裏多有議論。

    不過，除了翰林院那幫無所事事，終日吟詩弄文的清流詞臣之外，沒有人對張居正這個悻進之臣感興趣，滿朝文武大臣感興趣的是他關於徐州叛軍的情報。得知蝟集徐州的八十萬叛軍不過是一群外強中幹的烏合之眾，那些文臣們都打消了心中的疑慮，不再公然反對整軍南下的決策；那些武將們更是口沫飛濺地在朝堂之上大聲嚷嚷機不可失，時不再來，若有遲誤，讓徐州叛軍有充裕的時間做出兵力部署調整，便是誤國誤軍，罪莫大焉。

    朝中大臣關於南下的意見趨於一致，朱厚熜便下定了決心，頒下了從速整軍南下的詔命。

    皇上乃是九五之尊，聖意不容違逆。朱厚熜的決心一定，整個國家機器便飛快地按照他的指示運轉起來。誠如張茂等軍中將領所言，禁軍早已整訓完畢，枕戈待旦以俟王命，在五軍都督府和兵部的共同努力下，不過數日，總計三十五萬的平叛大軍便迅速集結完畢，效率之高讓朱厚熜也不禁嘖嘖稱奇。

    但是，朝廷新組建的禁軍總計不過四十萬之眾，出動三十五萬大軍可謂孤注一擲，傾師南下，如此龐大的軍事行動當然不能草率從事；而且，比之去年那場北京保衛戰，朱厚熜更將眼下即將開始的平叛之役視為對自己最大的考驗，一旦戰敗，後果不堪設想。因此，他命人找來明朝開國以來曆次重大軍事行動的典籍史料，進行研究。

    不看不知道，一看嚇一跳，從明初開始，無論是北上滅元，還是南下平定藩王作亂，朝廷曆次大舉興兵，既沒有最高軍事指揮機關確定作戰原則製定相應的作戰計劃並進行局部動員，更談不上建立完備的後勤保障體係，數十萬大軍便倉促出動。尤其是後勤保障問題，最典型的是明成祖朱棣的幾次北伐和明英宗朱祁鎮的那次北上抗擊瓦刺，大軍還未走出北直隸地界便已缺糧，軍心不穩，群情洶洶，象這樣大規模的軍事行動，簡直是在拿軍隊甚至國家的命運在開玩笑，，連軍事冒險都算不上。明成祖朱棣幾次北伐均取得了勝利，那是因為他剛剛取得了靖難之役的勝利，經過殘酷戰爭的洗禮，明軍擁有一大批能征善戰的將領和一支訓練有素的軍隊，南征北戰自然無往而不利，更創下了掃平漠北，勒石而還的赫赫武功；到了國家承平日久的英宗正統年間，將不知兵，兵不習戰，如此草草興軍，就難免全軍覆沒於土木堡一戰的悲慘結局了。

    有鑒於此，朱厚熜不但一天幾道上諭，嚴厲督導有司做好各項準備工作，還命令戶、兵兩部各自派出一名侍郎，抽調幹練的職官司員，組建了明軍前所未有的軍需供應總署，隨大軍行動，協調、督辦軍需糧秣供應諸事；責令都察院派出一名副都禦史，監督軍需供應總署的工作；北直隸、山東、河南等省成立軍需轉運使衙門，由各省布政使和糧道分任正副轉運使，並明確指示，軍中但有一日缺糧，便要將戶、兵兩部，還有各省轉運使衙門等一幹負責軍需供應的各級官員，從正二品的堂官、正三品的布政使到不入流的文員胥吏全部問罪，以慰奮勇殺敵、捍衛大明江山社稷的全軍將士。

    盡管對皇上如此嚴厲頗不以為然，但“兵馬未動，糧草先行”、“軍無糧不穩，兵非糧不戰”這些道理誰都明白，這一英明決策得到了滿朝文武，尤其是平叛軍全軍將士的一致擁護。