崇禎帝禦文華後殿閱章奏召韓爌等人，諭曰“以擬旨務消異同，開誠和衷，期於至當。”韓爌等頓首謝，退言“上所諭甚善，而密勿政機，諸臣參互擬議，不必顯言分合。至臣等晨夕入直，勢不能報謝賓客。商政事者，宜相見於朝房，而一切禁私邸交際。”崇禎帝以為韓爌此言有理，即諭文、武百官遵行。

    在魏忠賢、崔呈秀、客氏死後，崇禎帝一直觀察著朝堂上的形勢，發現當時從各部尚書、巡撫為首的柄國者皆悉魏忠賢遺黨，這些人不鏟除，自己就無法放開手腳地來施展自己的冶國理念。他們被自己對魏忠賢的雷霆一擊給震懾，紛紛上疏為自己辯解薊遼總督閻鳴泰就說自己雖然給魏忠賢修的生祠最多，但是大部分都是以禦史梁夢環為首的手下人，瞞著自己建的，自己隻能負監督不力的責任，不能負主要責任。

    閻鳴泰除了為自己辯解之外，更檢舉揭發兵部署部事、都察院右副都禦史霍維華是閹黨，霍維華曾經為袁崇禎求官，在崇禎皇帝心目中印象還不錯，於是他頗有興趣地看了下去。

    中官王安當掌司禮監印，辭疾居外邸，冀得溫旨即視事。王安與魏忠賢有隙，閹人陸藎臣者，霍維華內弟也，偵知之以告。霍維華故與魏忠賢同郡交好，遂乘機彈劾王安，魏忠賢輒矯旨殺之。劉一燝、周嘉謨鹹惡霍維華，用年例出為陝西僉事。其同官孫傑言，霍維華三月兵垣無過失，劉一燝、周嘉謨仰王安鼻息，故擯於外。魏忠賢大喜，立逐劉一燝、周嘉謨，而霍維華亦以外艱歸。

    此後，霍維華和崔呈秀堪稱魏忠賢的兩大謀主，幫他製訂《三朝要典》；霍維華在兵部時，每次給先帝上奏折，都要稱頌魏忠賢的功勞，霍維華性奸邪，所親為近侍，宮禁事皆預知，因進仙方靈露飲。先帝初甚甘之，已而漸厭。及得疾，身體腫大，魏忠賢頗以咎霍維華。霍維華甚懼，而慮有後患，欲先自貳於魏忠賢，乃力辭寧、錦恩命，讓功袁崇煥，乞以己蔭授之。魏忠賢覺其意，降旨頗厲。無何，熹宗崩，魏忠賢敗，霍維華與楊維垣等彌縫百方。其年十月，以兵部尚書協理戎政。崇禎改元後附璫者多罷去，霍維華毫無去意，遼東督師王之臣因附璫黨被免，代者尚未至，霍維華謀行邊自固。

    崇禎皇帝先在閻鳴泰的奏折上做了一個記號；接下來，他又翻了幾封奏折，顏繼祖也極論魏黨霍維華罪狀曰“霍維華狡人也，璫熾則借璫，璫敗則攻璫。擊楊漣、左光鬥者，霍維華也。楊漣、左光鬥被逮，而陽為救者，亦霍維華也。以一給事中，三年躐至尚書，無敘不及，有賚必加，即霍維華亦難以自解。”

    崇禎皇帝在心中不禁為之一歎，霍維華真是好深的心計！霍維華如此作為，崇禎皇帝在心中已把劃為閹黨一員；像閻鳴泰這樣洗白別人，指使別人的臣子們很多，崇禎皇帝現在正慢慢收集這些人的罪證，到時侯好一網打盡。顏繼祖後麵論述工部冗員、三大殿敘功濫用國家爵位寫的不錯，崇禎皇帝當即批示要汰去加秩寄俸二百餘人。

    一封攻擊楊維垣的奏折引起了他的注意。原來楊維垣上書攻擊韓爌，惹怒了倪元璐，倪元璐生於萬曆二十一年（公元一千五百九十六年），字汝玉，號鴻寶，浙江上虞(今屬紹興市)人，倪元璐於天啟二年進士，拜袁可立為座師。

    倪元璐出典江西鄉試。暨複命奏曰”臣頃閱章奏，見攻崔呈秀、魏忠賢者必與東林並稱邪黨。夫以東林為邪黨，將以何者名崔呈秀、魏忠賢？崔呈秀、魏忠賢既邪黨矣，擊崔呈秀、魏忠賢又邪黨乎哉！東林，天下才藪也，而或樹高明之幟，繩人過刻，持論太深，謂之非中行則可，謂之非狂狷不可。且天下議論，寧假借，必不可失名義；士人行事，寧矯激，必不可忘廉隅。“

    崇禎帝認為倪元璐的這個邏輯關係說得不錯，既然自己將閹黨定性為邪黨，那麽攻擊邪黨的就不可能也是邪黨，而倪元璐所用廉隅一詞，在此處乃是指端正的行為、品性，《禮記·儒行》中有“近文章，砥厲廉隅。”《漢書·揚雄傳上》也有“不汲汲於富貴，不戚戚於貧賤，不修廉隅以徼名當世。”

    倪元璐認為應該重新審查魏忠賢當權時的冤案”自以假借矯激為大咎，於是彪虎之徒公然背畔名義，決裂廉隅。頌德不已，必將勸進；建祠不已，必且呼嵩。而人猶且寬之曰‘無可奈何，不得不然耳。’充此無可奈何、不得不然之心，又將何所不至哉！乃議者以忠厚之心曲原此輩，而獨持已甚之論苛責吾徒，所謂舛也。今大獄之後，湯火僅存，屢奉明綸，俾之酌用，而當事者猶以道學封疆，持為鐵案，毋亦深防其報複乎？然臣以為過矣。“

    倪元璐用事實來說明韓爌根本不是東林黨人”曆年來借東林媚崔呈秀、魏忠賢者，其人自敗，何待東林報複？若不附崔呈秀、魏忠賢，又能攻去之，其人已喬嶽矣，雖百東林烏能報複哉？臣又伏讀聖旨，有‘韓爌清忠有執，朕所鑒知’之諭。而近聞廷臣之議，殊有異同，可為大怪。韓爌相業光偉，他不具論，即如紅丸議起，舉國沸然，韓爌獨侃侃條揭，明其不然。夫孫慎行，君子也，韓爌且不附，況他人乎！“

    崇禎皇帝讀到這裏點了點頭，東林黨內部並不是鐵板一塊，也混進了不少品行不良之人。倪元璐重申崇禎皇帝提出的天下為公、避免黨爭理念”陛下明旨曰:‘分別門戶，已非治征’，曰‘化異為同’，曰‘天下為公’，而楊維垣則倡臣為孫黨、趙黨、熊黨、鄒黨之說。是陛下於方隅無不化，而楊維垣實未化;陛下於正氣無不伸，而楊維垣不肯伸。楊維垣怪臣盛稱東林，以東林嚐推李三才而護熊廷弼也。抑知東林有力擊魏忠賢之楊漣，首劾崔呈秀之高攀龍乎!“