更始三年正月，平陵人方望在臨涇立前西漢末帝孺子嬰（劉嬰）為天子。原來，方望看到更始帝政治混亂，揣度更始政權必敗，他對安陵人弓林等說：“前定安公劉嬰，是漢平帝之嗣，雖王莽篡奪帝位，但劉嬰曾經是漢主。現在人們都說劉氏的嫡傳應當受命為帝，我想和你們共同來建立大功，你們看如何？”弓林等表示同意。於是他們在長安找到劉嬰，並將他帶到臨涇正式立為天子，他們聚合黨羽數千人，以方望為丞相，弓林為大司馬。更始帝知曉後派遣李鬆與討難將軍蘇茂將方望等擊破，並把叛變的幾個人都殺了。
    而另一邊赤眉軍也擁立了劉盆子為帝，原來綠林北路軍攻克洛陽，更始帝由宛城遷都洛陽後，赤眉軍首領曾親自去洛陽表示願意與更始政權合作，但更始帝采取冷漠應付的態度，隻封樊崇等20幾人為列侯，無權無祿。樊崇等人憤然離開回到赤眉軍營地，自此綠林、赤眉兩軍分裂，赤眉軍當時擁兵30萬，他們分兩路向西進攻長安，想要取代更始政權；當赤眉軍走到華陰縣時，他們考慮：已接近都城長安，而我們還沒有一個稱號，就是打敗更始皇帝，天下的百姓也會把我們當作一幫匪徒，不會承認我們；所以我們也應該擁立一個姓劉的皇族，以伸張正義為名，名正言順的討伐劉玄。
    於是，他們就在軍中找到了一個15歲的牛官劉盆子，擁立他為“上將軍”，剛找到劉盆子時，他還是牧童裝束，披散著頭發，光著雙腳，衣不遮體，緊張的麵赤流汗，見到他平時敬畏的大將軍向他叩頭時，嚇得他幾乎要哭出來。隨後，在樊崇的安排下，建立了“建世政權”，並宣布，徐宣為丞相；樊崇為禦史大夫；逄安為左大司馬；謝祿為右大司馬。劉玄知曉赤眉軍要進攻綠林軍的消息後，派遣討難將軍蘇茂拒赤眉軍於弘農，結果蘇茂軍敗，死者一千多人。到了更始三年三月三月，劉玄又遣李鬆會合朱鮪與赤眉軍戰於蓩鄉，李鬆等大敗，棄軍逃走，死者三萬餘人。
    而劉秀這邊，他發幽州十郡突騎與占據河北州郡的銅馬、尤來等農民軍激戰，經過激戰，劉秀迫降了數十萬銅馬農民軍，並將其中的精壯之人編入軍中，實力大增，當時關中的人都稱河北的劉秀為“銅馬帝”。與此同時，他還派鄧禹西入關中，派馮異攻打朱鮪等鎮守的洛陽。馮異、寇恂等報告在洛陽城外取勝的消息，諸將便借機提議為劉秀上尊號，劉秀拒絕，率軍回到薊縣，繼續追剿尤來軍。等將其剿滅後又南下洛陽，途中群臣多次勸進，都被劉叔拒絕，直到耿純點出了劉秀不稱帝會讓追隨他的士大夫失望離心的道理後，劉秀才有意聽從勸進。
    劉叔知道自己再不稱帝，手下必生二心，於是他找到了自己在長安太學讀書時認識的強華，讓他演一出戲。等到大軍行至鄗城時，劉秀召見馮異，馮異也大力勸進，恰逢此時關中儒生強華來獻《赤伏符》，中有“劉秀發兵捕不道，四夷雲集龍鬥野，四七之際火為主”的讖語，群臣以此為據，再次勸進，劉秀終於答應。六月，劉秀在鄗城千秋亭即皇帝位，建元建武，為表重興漢室之意，建國後仍然使用“漢”的國號。劉秀稱帝後，於更始三年、建武元年八月抵達河陽，並調遣吳漢等將領包圍困守洛陽的朱鮪；朱鮪擔心劉秀因殺兄之仇而不放過他，數月都不投降。劉秀表示“舉大事者不忌小怨”，派人向朱鮪保證如果投降，則決不清算，“官爵可保”，朱鮪遂降，劉秀履行諾言，封其為平狄將軍、扶溝侯。十月，劉秀進入洛陽，定都於此。
    這時綠林軍王匡、張卬駐守河東，被西入關中的鄧禹打敗，他們奔回長安。張卬與諸將商議說：“赤眉軍近在鄭、華陰間，旦夕就將到此，現在綠林軍的地盤隻剩下長安城，眼看就會被消滅，倒不如統帥軍隊掠取城中財物發財，從這裏轉而進攻沿途經過的地方，再東歸南郡，把宛王等人的兵收集過來。如果事情不成，就再入湖池中做強盜去算了。”申屠建、廖湛等都讚成，就一起去說服更始帝，更始帝聽後大怒，不答應，張卬等不敢再說。等到赤眉軍立劉盆子為帝，更始帝派遣王匡、陳牧、成丹、趙萌屯兵新豐，李鬆屯兵掫城，以抵抗他們。
    張卬、廖湛、胡殷、申屠建等見勢不妙就與禦史大夫隗囂合謀，他們準備在立秋那天乘更始帝祭祀時用武力劫持更始帝，以完成前麵提出的計劃。侍中劉能卿得知了他們的陰謀，稟報於更始帝，更始帝便假托有病不出宮，召見張卬等；張卬等進來後，更始帝就準備把他們全都殺掉，但隗囂卻沒到。更始帝就有了懷疑，他令張卬等四人暫到外邊房子裏等候；張卬、廖湛、胡殷已經反應過來，他們懷疑事有變故，急忙就衝出去了，隻有申屠建留在房中，更始帝見事情敗露便將他先殺了。張卬、廖湛、胡殷聽聞申屠建被更始帝殺了，於是便率軍掠奪東西二市；到天黑時，他們燒門而入，在宮中與守衛混戰，更始帝護衛軍大敗。次日一早，更始帝就率妻子家人車騎百餘輛，東奔到新豐趙萌那裏去了。
    平安後，更始帝又開始懷疑起王匡、陳牧、成丹也與張卬是同謀，於是就同時下旨召見了他們。陳牧、成丹先到，結果二人立即就被拉出去斬首；王匡聽聞後感到害怕，他就率軍到長安，與張卬等會合。李鬆則回到了更始帝的身邊，與趙萌共同攻打王匡、張卬於城內；綠林軍內戰連戰一個多月，王匡等人敗走，更始帝又遷居到長信宮；而赤眉軍已到高陵，王匡等叛軍便向赤眉軍投降了，接著又與赤眉軍連兵而進。更始帝隻能無奈守城，他又派遣李鬆出戰，結果李鬆戰敗，陣亡兩千多人，赤眉軍還活捉了李鬆；這時李鬆弟弟李泛為城門校尉，赤眉軍便派使者對李泛說：“打開城門，便饒了你哥哥的性命。”李泛便打開城門。建武元年九月，赤眉大軍順利入城，更始帝劉玄單騎逃走，從廚城門出，許多婦女從後麵連連呼喊說：“陛下應當下馬謝城！”更始帝即下馬拜謝，然後再上馬逃走了。
    劉秀在赤眉軍攻入長安的同時，沒有立即同赤眉軍發生大規模的正麵衝突，而是立即發布詔書，封劉玄為淮陽王，並聲稱“吏人敢有賊害者，罪同大逆”這樣，劉秀便將原來傾向於劉玄更始政權的地主豪強勢力，爭取到自己一邊來了，也為赤眉軍進入長安後製造了重重困難。
    當初，綠林軍侍中劉恭因赤眉軍擁立其弟劉盆子為帝，就自縛到監獄向劉玄請罪；如今他聽說更始帝失敗，於是他便出獄步行追隨更始帝到高陵，一行人在驛站住下。綠林軍右輔都尉嚴本怕放跑更始帝後赤眉軍不會放過他，他就率軍駐紮在外麵，名為屯兵保衛更始帝而實際是囚禁他。赤眉軍傳下書信說：“如聖公肯降，就封他為長沙王。但二十天後，就不接受了。”更始帝劉玄知曉後就派遣劉盆子的哥哥劉恭去向赤眉軍請降，赤眉軍派遣其將領謝祿前往受降。建武元年十月，更始帝隨謝祿赤膊到長樂宮，將皇帝的印綬獻給了劉盆子；而赤眉軍罪責更始帝，將他置於庭中準備殺掉；劉恭、謝祿知道後就為更始帝說情，但赤眉軍沒有答應，於是把更始帝帶走。
    劉恭追呼說：“我是極力護衛聖公的，請讓我死在聖公前麵。”拔劍要自殺，赤眉軍統帥樊崇等連忙共同把他救下，於是赦免了更始帝，封為畏威侯；劉恭作為赤眉軍皇親國戚又再次為更始帝求情，竟然真封了更始帝為長沙王；更始帝劉玄便常依謝祿居住，劉恭也加以衛護。三輔之地苦於赤眉軍的暴虐，三輔之民都憐憫更始帝，而張卬等綠林軍叛軍則深以為慮，他們對謝祿說：“現在各營統帥多想奪取聖公，一旦失去聖公，大家就會合兵向你進攻，你再護著劉玄，恐怕就是自取滅亡了。”於是謝祿派親兵與更始帝一起到郊外去牧馬，又密令親兵把更始帝縊死，劉恭也是無可奈何隻能夜晚去為更始帝收屍。
    建武元年9月，赤眉軍順利攻入長安，推翻了更始政權，建世帝也入住了長樂宮。以後幾天，赤眉軍在長安城中大肆搶劫，長安百姓苦不堪言，也不知應該歸順何人。而這時，關中的地主豪強隱藏糧食，聚眾反抗與赤眉軍為敵，致使長安城中糧食奇缺，對於這些，赤眉軍一時也是束手無策。第二年春長安糧絕，赤眉軍不得不向西轉移尋找出路，但又遭到在天水自立為王的“西州上將軍”隗囂和風雪的阻擊，隻好再次返回長安，但這時的長安已被劉秀的大將軍鄧禹占領，經過激戰，赤眉軍打敗了鄧禹，9月又重新占領了長安。而這一年，關中大旱，豪族又堅壁清野，赤眉軍無法解決糧食問題，到了12月不得不引兵向東撤退。
    此時的長安，已是“城郭皆空，白骨蔽野”，劉叔見鄧禹的西征軍不利，便遣馮異前往關中，讓他代替鄧禹指揮西征大軍。馮異到後，鄧禹聯合馮異部與赤眉再戰，結果再次大敗，馮異隻率少數人棄馬步行才得脫身歸營，而鄧禹則敗走宜陽；馮異收攏歸散的部下，堅壁清野，待機再戰。不久，馮異軍與赤眉再次大戰於崤底，雙方均傾眾而出，一直大戰到太陽偏西。在此之前，馮異提前選精壯之士化妝成赤眉軍，伏於道路兩側，此時見雙方皆已力衰，作為伏兵殺出，赤眉軍驚潰大敗，被馮異迫降者八萬餘人。崤底之戰使赤眉軍再遭重創，加之糧草已盡，不得已再次轉向東南方，力圖補充糧草和人馬，擺脫困境。
    早在崤底之戰前，劉秀鑒於關中大饑，人相食而隗囂的重兵又陳於西方的局麵，料想赤眉必向東或南方向運動，他對心腹鄧禹說道：“不要與窮寇爭鋒拚命，赤眉已日漸處於絕境，他們沒有糧食，肯定要向東方來，我以飽待饑，以逸待勞，很容易消滅他們，你千萬不要輕率與其交戰。”遂劉叔派遣破奸將軍侯進等屯新安，建威大將軍耿弇屯宜陽，在東、南兩個方向堵截赤眉東歸或南下之路。不久，劉秀得知馮異在崤底大破赤眉，而赤眉軍主力十多萬眾南下走宜陽，劉秀於是親自引大軍馳援宜陽一線，並與耿弇等人會合，共同阻擊赤眉南下。劉秀親率六軍，於宜陽前線將大軍擺開陣勢，大司馬吳漢精兵於最前，中軍在其後，驍騎兵和帶甲武士分陳於左右兩側。
    此時劉叔的隊伍前軍由大司馬吳漢統率，全部為劉秀集團的精銳之師；左軍是劉秀集團的驍騎部隊，由騎都尉劉隆、馬武、陰識指揮；右軍由大將軍朱祐，揚化將軍堅鐔，偏將軍王霸等統率；中軍是由劉秀直接控製的機動部隊，包括建威大將軍耿弇、驃騎大將軍杜茂、執金吾左將軍賈複等部。而赤眉軍兵士疲敝，糧草缺乏，士氣低落到了極點，自崤底失敗後一路從關中折向南，至宜陽，正迎麵撞上劉秀布下的重兵，兵困糧乏的赤眉軍根本無力再戰，而後麵又有馮異的大軍，再回關中已無可能。在已陷入絕境的情況下，尚有十幾萬兵馬的赤眉軍被迫在宜陽請降，劉恭見了劉秀說道：“劉盆子帶領赤眉百萬之眾向陛下投降，陛下如何對待他們”劉秀回答說：“可以免除他們的死罪。”於是樊崇與劉盆子及丞相徐宣以下30多大臣將軍便開始投降，並向劉秀呈上了得自更始帝之處傳國玉璽和更始帝的七尺寶劍。
    赤眉降後，上繳的兵器和甲胄堆放在宜陽的城西，與旁邊的熊耳山一樣高。第二日，劉秀大軍在洛水邊上列陣，讓劉盆子群臣一旁觀看，以向他們示威。劉秀對劉盆子等說道：“自知當死不”接著又以挑戰的傲慢態度對樊崇說：“你不覺得投降後悔吧我可以讓你重新把你的隊伍集合起來，咱們正式做一次較量，以便決一勝負，我決不強迫你投降。”樊崇沒有答話。但丞相徐宣卻奴顏媚骨地說：“如若得降，猶去虎口歸慈母，誠歡誠喜，無所恨也。”至建武三年夏，劉秀以樊崇、逄安謀反之罪，將他們殺死。
    長樂宮內，劉叔看著失了一角的傳國玉璽歎了一口氣，雖然現在已經用黃金補上了那一角，但劉叔知道龍氣會通過這一角漸漸泄去，怕是後世劉氏子孫也會受到影響，劉叔望向天，一臉無可奈何，呆在這裏也是睹物思人，算了，去洛陽吧！