據統計，苗醫掌握病種有00餘種，廣泛涉及到內、外、婦、兒、神經、精神、骨傷、皮膚、寄生蟲及各種傳染病、流行病等，其歸類方法自成體係，並具有一定的科學性及規範性。
    但因地域不同，方言有別，各地苗族醫在疾病命名、證治上有不盡相同之處，有同名異症、同症異名的現象，如：同叫“飛蛾證”，湘西方言的“飛蛾證”其臨床表現是發熱、鼻翼煽動、咳嗽氣急、胸痛等;黔東方言的“飛蛾證”臨床表現是發熱、扁桃體紅腫疼痛等。
    又如黔東方言的“雷公證”是頭部劇烈疼痛，以戴帽一圈尤甚，而湘西方言之“雷公證”則是以胸痛、咳嗽、吐血等為其主症，“同名異症”者治法迥異。另有“同症異名”者，如同樣表現為好食生米、麵色萎黃、浮腫乏力的，湘西方言稱為“米黃證”，黔東方言稱為“黃腫病”;同樣表現為口幹舌燥、多食多飲、腹脹大而形體消瘦者，有的地方稱“魚肚經”，有的地方稱為“水證”，“異名同症”者其治療方藥一般是相同或相似的。
    苗醫認為毒、虧、傷、積、菌、蟲是導致人體生病的六種因素，而這六種因素歸根結底都要以毒害力的方式才能致病。產生發冷、口渴、腹痛、出汗、頭昏、出血、昏睡、氣魄不旺等病征。苗醫所講的病症，多是形象化的病名，如：症、疾、風、痧、驚、翻、仆、經等。病候，是病變症候的簡稱，也就是疾病出現的症候群。疾病的病候共有17種，即積毒病候、雄毒病候、惡毒病候、疼痛病候、急熱病候、急冷病候、內冷病候、火毒病候、瀉肚病候、胃弱病候、交環不和病候、虧損病候、風冷氣水毒病候、氣壅病候、外漏病候、危急病候、混雜病候。
    因這六種致病因素，苗醫素有“無毒不生病”之說。如常可遇到的風毒、冷毒、火毒、氣毒、水毒、鹽毒等。診斷疾病是通過把脈、聽聲、觀察顏色、詢問病情，用手觸、摸、扣、打、刮、按、搬、量等傳統方法，觀察人體皮膚的顏色，精神的變化，體溫、脈搏、呼吸、心跳、血壓、語音反射功能等方麵的異常，觀察身體的汁水、尿液、血氣、病原體等致病物以及指紋、舌象、目色、鼻竅、咽喉、耳道、淋巴、筋骨皮肉的形態結構變化等。
    在索取到可靠的診斷依據後，就開始整病。整病必須遵循治病原則，如失水的病人，就必須補液；腸梗阻，治療當用趕毒法而不能用止塞法；心力不足，應當用補心的方法，假若使用退火的藥物去治療，使心力更虧，就會出現血壓下降、循環衰竭、腦架失養、本命無依等危急病征。
    苗醫所稱的“兩綱”即“冷病熱治、熱病冷治”，是他們治病的兩則，具體治法則分內治法和外治法，其外治法尤為豐富，並體現了濃鬱的民族特色和治療特點。
    常用治療法則包括：趕毒法，敗毒法，攻毒法，止痛法，冷療法，熱療法，提火法，退火法，止瀉法，健胃法，幫交環法，補體法，表毒法，退氣法，止塞法，解危法。這苗醫治病的法，是針對十六種病候而立。趕毒法治療積毒病候，敗毒法治療雄毒病候，攻毒法治療惡毒病候，止痛法治療疼痛病候，冷療法治療急熱病候，熱療法治療急冷病候，提火法治療內冷病候，退火法治療火毒病候，止瀉法治療瀉肚病候，健胃法治療胃弱病候，幫交環法治療交環不和病候，補體法治療虧損病候，表毒法治療風冷氣水毒草病候，退氣法冶療氣壅病候，止塞法治療外漏病候，解危法治療危急病候。
    苗醫在長期的臨床實踐中，創造了簡便、廉價的治療方法0餘種，其中外治法尤為豐富，並體現了濃鬱的民族特色和治療特點。
    放血療法
    用碎瓷片銳端或鐵製針具在指（趾）尖、指（趾）甲旁、肘窩、膕窩、人中、舌下青筋等處點刺出血、視病情放一至數滴血。
    刮治法
    用銅錢（或筷子、麻絲）蘸桐油（或菜油）、藥液，在脊柱兩側、胸部肌肉豐厚處，頭頂、前額、鼻梁、後項、腹股溝、四肢內側等處進行刮治，一般是從內向外或從上向下刮，力量適度，刮至該處出現暗紅色瘀點或瘀斑即可。亦可用生薑塊進行刮治。
    爆燈火療法
    用燈草芯浸透桐油或菜油，在燈上點燃後往選定的部位迅捷點灼，可聽見輕微的爆炸聲，被點處皮膚可見高粱大小的白色焦點。
    生薑叭法
    醫者將適量生薑嚼爛含於口中，以口對準患者穴位用力吸至發紅，穴位有百會、印堂、風池、風府、肩井、神闕、湧泉等。
    以上四法屬於急救療法，多用於各種突發性急證。
    氣角療法
    用～3寸長牛角尖，在尖端銼一小孔，治療時將角的圓口緊按於患處，醫者用嘴從小孔處將角內空氣吸出，造成角負壓，然後用蜂蠟迅速密封小孔，角即緊附於患處皮膚。主治麻木、疼痛、扭傷等。
    滾蛋療法
    有滾生蛋和熟蛋兩種。滾生蛋：取生蛋一隻洗淨晾幹，然後用此蛋在前額、胸、背、腹部、手足心等處來回或順時針滾動，至雞蛋發熱為止，主治熱病。滾熟蛋：用治冷病的單藥或具有重鎮作用的金、銀首飾與雞蛋同煮，蛋熟後將蛋取出稍候，然後用熱蛋在患者前額、額角、背部、胸腹部不斷滾動，使熱力和藥力透過皮膚入內達到治療冷病的目的。
    發泡療法
    將毛茛搗絨，取一團如花生米大小包額角或掌麵腕橫紋中點，有癢痛感即去掉，有水泡發出，可治療“擺子“、“牙痛“等。
    佩戴療法
    將藥物裝在特製小布袋內，佩戴於身，或直接將藥物縫在小兒帽緣上，使藥物氣味通過口鼻吸入來防治疾病，此法多用於小兒。
    熏蒸療法
    可根據病情分全身或局部熏蒸法。
    1全身熏蒸法：在土坎邊挖個深洞，洞上架數根粗木棍（能夠承受一個成人的重量），木棍下麵置一口鍋，放入藥物加適量水燒開產生蒸氣後，將火撤去，然後在木棍上鋪墊一層鬆枝，四周用席或布圍住，令病人裸坐其中，頭露於外，讓藥液蒸氣熏蒸患者至全身汗出為止。主治全身風濕麻木、疼痛、皮膚病等。
    局部熏蒸法：用藥罐將藥煎好後從火上取下，將患處直接放於藥罐口，或將藥液連渣倒入盆中以藥液熱氣熏蒸患處，主治局部疾患，還有用口鼻對著藥罐口熏蒸治療咳嗽，鼻塞不通等。
    火針療法
    視疔、癀大小，選用特製的不同規格的鐵針，然後估量疔、癀頂端與根部的距離，用卡子卡在針尖適當部位（避免刺入過深或不及），將鐵針燒紅從疔、癀頂端垂直刺入，當速進速出。主治疔、癀類疾病。
    抹酒火療法
    在粗瓷碗內倒適量白酒點燃，醫者用手不斷蘸燃燒的白酒敷於患處，並施以摸、拍、揉、捏等手法。主治風濕麻木，關節疼痛、軟組織損傷等。
    燒藥火療法
    取綠豆大小的硫黃，或米粒大小的麝香置於選定部位，用火媒子將其點燃，燒至患者不能忍受時去掉。此法具有較強的散寒除濕止痛之功。
    紙媒筒療法
    取寸長竹筒1個，同草紙浸透熔解後的蠟，裹於竹筒的一端，另一端罩住肚臍，然後點燃蠟紙，至蠟紙燒盡。主治小兒腹脹、腹痛、腹瀉、食欲不振等。
    外敷療法
    根據病情需要，采用不同的藥物和製劑敷於選定部位以治療疾病。
    1用鮮藥搗爛外敷患處或肚臍。可治皮膚、筋骨、關節、髒腑疾病。
    用桐油煎雞蛋製成蛋餅，趁熱敷於臍腹上。
    3取活雞1隻，剖開胸腹趁熱仆在患者胸腹上。此兩法主要用於各種冷病。
    4將小雞崽與鮮接骨藥共同捶爛搗絨，敷於骨折部位，可以接骨。
    熱熨療法
    將顆粒狀食鹽炒熱裝入布袋內，趁熱熨肚臍、胸腹、背心及其他病灶，也有醫者直接用手掌蘸桐油烤熱後為患者熨以上各部位，本法主要用於各種病情輕微的冷病。
    刮脊抽腿療法
    用銅錢蘸桐油刮背脊兩側大筋，然後握住患者腳踝用力抽動其雙腿。主治部分抽搐或痿癱類疾病。
    拍擊療法
    用手蘸白酒在病人小腹及大腿內側用力拍擊，至病人痛不可忍為止。主治“扯腸風“、“縮陰症“等。
    外洗療法
    用藥煎水或鮮藥搗爛兌水外洗全身或局部病灶。主治各種皮膚病、痹證、偏癱等。
    藥針療法
    根據病情不同有硫黃針和糖藥針兩種。
    （1）硫黃針療法
    取縫衣針1枚，將針尾插入筷子頭內，僅留出1毫米左右的針尖紮緊備用。在一粗瓷碗內燃燒硫黃，待熔化後用針尖蘸硫黃點刺患處，視患處大小點刺1至數針不等。
    糖藥針（又名弩藥針）療法：以川烏、草烏、南星、一支蒿、半夏、半截爛、斷腸草等30多種鮮藥榨汁，將藥汁置放於陰涼通風處晾曬濃縮成膏狀，然後收藏於瓷瓶內備用。用時以竹簽挑出一小點如黃豆大，用00毫升酒或冷開水稀釋，並加入適量的虎尿、馬蜂尿（蜂毒），然後用上述針具蘸藥水刺患處，視患處大小點刺1至數針。此兩法皆主治風濕麻木、疼痛、偏癱等。
    化水療法
    取清水1碗，醫者定神運氣後，用手指在水麵上空根據不同病情畫符，並默念口訣或投入必要藥物，然後將此水噴向病人患處，可止血、止痛、安胎、催產、清熱、消腫等。此法類似於心理暗示、氣功療法的原理。
    飲食療法
    根據不同季節食用某種食物或飲料達到一定的保健或治療作用。如清明節前後采摘清明菜洗淨，加入糯米飯中做成“清明粑“蒸熟食用，可以清熱解毒或治勞傷筋骨疼痛，夏日則常以酸菜、酸湯為菜肴或飲料，可生津解暑、開胃止瀉，冬臘月則釀製糯米甜酒食用活血行血、補體禦寒，另外還有“熱羊冷狗“之說，認為羊肉尤其是羊肝具有清熱瀉火之功，夏天適當食之可瀉熱清暑，冬季則食狗肉能補虛禦寒、強筋健骨。