在朱載坖的謀劃當中，練兵處主要負責對軍隊的日常訓練等事務，還有新組建的各種有關軍事的學堂，軍器、兵工還有造船等行業，而更加重要的是軍務處，這是朱載坖準備重新整頓大明官軍指揮係統的開始。
    朱載坖認為，大明對土蠻用兵是絕密之事，為了保證軍情傳遞順利和消息不泄露，朱載坖設立軍務處，在武英殿辦公，任命內閣輔臣、五軍都督府左都督、勳臣中的知兵之臣、兵部、戶部、禮部、理藩院、太仆寺等相關衙門的堂官為參讚軍務大臣，有關對土蠻用兵的事情，直接在軍務處討論，任命首輔高拱為領班軍務大臣兼會辦軍務處，英國公張溶、蘿川侯馬芳、順寧侯俞大猷、哈密伯李成梁為協辦軍務大臣，負責處理練兵軍務處的日常事務。
    同時有關土蠻的各種密報、情報、奏疏也不通過通政司奏進，而是直接由五軍都督府接受這些奏疏，在直接向朱載坖呈遞，避免消息走漏。
    而軍務處的運行模式也和一般的他們不同，平時由五軍都督府的都督們辦公值守，負責為內閣、朱載坖提供軍務方麵的建議，遇有和土蠻有關的事情，就召開軍務大臣會議，由會辦、協辦大臣主持，所有的軍務大臣參與，商討方案之後上奏朱載坖，由朱載坖禦批執行即可。
    雖然朱載坖說的好聽，這是因為要對土蠻大規模用兵，才臨時設立的機構，但是汪道昆很清楚，一旦這個練兵軍務處成立之後，就不會是一個臨時機構了，即便是土蠻的戰事結束後，朱載坖也絕不會撤銷這個機構的，汪道昆很清楚，朱載坖就是要用這個機構將原本屬於兵部和內閣的指揮權全部上收，由這個所謂的練兵軍務處負責。
    當然朱載坖也深知，還是要安撫一下兵部的，兵部對於後勤、馬政還有武官推選的權力仍舊不便，尤其是對於軍政的管理，仍舊是兵部的大權，同時對於全國的驛站，兵部也仍舊管理，朝廷還會加大投入，增加驛站和馬匹，還有道路的規劃興建，兵部也有權力向工部提出建議。
    在朱載坖的規劃中，兵部將逐漸變成一個軍政機關，主要負責後勤的籌措、武官的任用與考選、馬政、軍工、軍器的管理，兵員的招募與清退、地圖的測繪印製等事項，這些事務都將由兵部負責，但是涉及到軍令指揮，則與兵部無關，在地方有提督、總兵為前敵指揮員，在朝廷有五軍都督府和練兵軍務處直接對朱載坖負責，即便是內閣、兵部也無權插手，隻能發表建議。
    對於朱載坖的這個想法，汪道昆也隻能接受，但是安頓好了汪道昆之後，協理京營戎政兵部左侍郎王崇古也上疏認為朱載坖設立練兵軍務處的決定不妥，朱載坖當然知道王崇古為什麽反對，因為一旦設立練兵軍務處之後，就相當於給他這個協理京營戎政上麵弄了一個太上皇，這就會使得王崇古很痛苦，歸根到底都是為了權力。
    朱載坖沒有理會這些事情，對於這些奏疏一律不報，他繼續對大明的指揮體係進行自己的調整，原本九邊各鎮的奏疏也是通過通政司進奏的，這裏麵要經過通政司和六科的檢查、發抄等工作，經手的人增加，就會導致軍情的泄露，朱載坖認為軍情信息不同於其他的奏疏題本，保密是首要的事情。
    所以今後的有關軍情的奏疏，不管是錦衣親軍的奏疏還是九邊武將的奏疏，都不再經由通政司和六科，錦衣親軍的奏疏直接通過文書房轉遞朱載坖，而有關軍機情報的奏疏，一律由五軍都督府查收之後交司禮監文書房上呈禦批，這樣這樣一來，就相當於給予這些武將變相的密奏的權力。
    朱載坖的旨意下達之後，這些官員們當然不幹了，紛紛上疏勸阻朱載坖，不過朱載坖倒是覺得這些文官們現在是越來越沒種了，自從朱載坖實行庭杖的新辦法之後，大明的英雄好漢好像就突然絕種了一樣了，大家一時之間就變得文明了，什麽死劾、扣闕、哭廟這樣的事情就少多了，盡管官員們上疏很激烈，但是並沒有什麽出格的行為。
    朱載坖對於這些奏疏一概留中不發，根本不予理睬，同時要求內官監收拾武英殿，作為練兵軍務處的辦公場所，原本武英殿最主要的職能是皇帝的便殿，是皇帝齋戒和召見臣工之處，現在成為練兵軍務處的辦公場所，這裏處理的都是軍機重事，保密是最重要的事情。
    朱載坖禦筆親書了八個大字：樞密重地，擅入族誅，命令內官監刻成石碑，立在武英殿前，同時要求錦衣親軍加強對於武英殿的保護，不僅調派了大量的錦衣校尉值守巡邏，同時規定練兵軍務處不準內侍進入，內侍進入武英殿需要特旨，同時也不用小吏伺候，從五軍都督府和京衛、親軍諸衛中選拔身家清白的舍人子弟，進入武英殿為參讚軍務大臣服務。
    在朱載坖的上諭下達之後，朱載坖在武英殿召開了第一次軍務處會議，內閣輔臣、英國公張溶、蘿川侯馬芳、順寧侯俞大猷、哈密伯李成梁、定國公徐文壁、臨淮侯李庭竹還有五軍都督府的左都督們加上戶部、兵部、禮部、理藩院、太仆寺的堂官，協理京營戎政都參與會議了。
    朱載坖首先就將譚綸和戚繼光的奏疏拿出來宣讀了，這是朱載坖成立練兵軍務處的借口，也是朝廷現在最大的戰事了，朱載坖說道：“朕以為當集結京師和薊遼大寧之兵，遠出塞北，痛殲土蠻，以彰大明之國威也。”
    在場的臣子們早就清楚朱載坖的想法，要不是要對土蠻用兵，朱載坖也不會搞出這麽大的動靜來，現在的問題就是應該怎麽對土蠻用兵的問題，對於這個問題，重臣們顯然各有想法。
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