同時要改變募兵製度，之前士卒由將帥私人召募，訓練和統屬。隨著將帥手中兵權的增長，作為將帥私屬的家丁，也隨之日益膨脹起來，再發展下去就是藩鎮了，這是絕對不能容忍的。
    朱載坖同時要求練兵軍務處在製定廢除家丁和整頓各鎮親兵中軍的條例之後，還要製定一整套征兵、訓練、分配、退伍的細則，將征募士卒等一些列權力收歸兵部，借以控製各鎮，加強朝廷對於軍隊的控製。
    朱載坖隨後發布禁革家丁隨任詔，在詔書中，朱載坖明確指出，之所有會有家丁的出現，原本是為了護將倡勇，朱載坖指出：“蓋家丁之設，兩軍相接全恃將勇，將勇則兵亦作氣隨之。然將亦非恃一人之勇也。必有左右心膂之驍悍者，協心並力，始氣壯而敢進。將既進則兵亦鼓勇爭先，此將帥所以貴有家丁親兵也。”
    朱載坖肯定了家丁的作用，在嘉靖朝對俺答的作戰中，九邊將帥利用家丁還是達到了很不錯的效果，這是應當予以肯定的。
    但是朱載坖隨後就在詔書中直接指出家丁製度對於朝廷的威脅，朱載坖在詔書中毫不客氣的指出：“蓋查家丁之製，其始則出於戰國之陰養死士，漢李陵之荊楚劍客亦其類也，盛於唐藩鎮之牙兵，謂之外宅，至結為義子，至於五代，綱紀淪矣！是故家丁非國朝長久之策也。”
    朱載坖直接點出家丁製度可能給大明帶來的害處，同時列舉家丁製度可能出現的種種問題，然後就是怎麽處置家丁了，按照朱載坖和練兵軍務處商量的，首先是禁止將帥豢養家丁，私自招募家丁，朱載坖在詔書中明確說道：“蓋士卒之征募，行伍之選取，皆係要務，豈可輕擲？著令各鎮各將與督撫詳細商議，本鎮官軍實在多少，退伍多少，需補多少，一一開具，由兵部會處。”
    朱載坖不僅僅是剝奪了大將招募家丁的權力，連各邊鎮招募士卒，也要受朝廷的指揮，避免出現兵為將有的情況。同時就是禁止家丁隨任，軍官赴任不再允許攜帶大批家丁，而是自行上任。
    對於現有家丁的處理，則是登記造冊，編入各鎮、各營中軍親兵中，對於立有戰功的家丁，各級將領具本擬來，兵部量才使用，對於武藝出眾、略通文墨的，允許遊擊以上的將官舉薦赴國子武學讀書，待結業之後，以試百戶銜回本部聽用。
    雖然朱載坖廢除了家丁製度，但是也給了將領們保送部分家丁進入國子武學就讀的權力，雖然朱載坖以詔令的形式廢除了家丁，但是並不意味著主將的權威會被削弱。
    朱載坖在詔書中專門強調：“各鎮、營中軍，專係護衛將帥，維持綱紀，凡軍中有不同號令、嘩變生事者，中軍即行嚴懲，若有失職情狀，必交衛尉寺嚴懲。”
    朱載坖的詔書下達之後，各鎮的反應不一，如戚繼光麾下薊遼大寧等鎮，戚繼光本人就不喜歡養家丁，所以對於詔書自然是嚴格執行的，但是宣大山西等處，早就形成了豢養家丁的習慣，現在朝廷要求取消家丁，自然是引起了這些總兵、提督們的不滿。
    他們認為宣大正麵當敵，麵對俺答本部，必須要用家丁這樣的精銳的武裝，才能夠對付蒙古人的騎兵，但是在總督曹邦輔的嚴令之下，各鎮還是將家丁編為中軍，對於宣大的情況，朱載坖也是很清楚的，所以朱載坖特地派遣在宣大威名素著的馬芳為欽差，前往宣大處置此事。
    隨同馬芳一起趕赴宣大的還有大批的錦衣校尉和千戶、百戶，馬芳抵達陽和之後，首先拜見了總督曹邦輔，出示了朱載坖密旨，在曹邦輔的協助下，馬芳首先對宣大、山西三鎮的中軍進行了調動，隨後三位錦衣千戶充任的鎮撫官兼任三鎮中軍管帶，錦衣百戶們充任各營鎮撫兼中軍管帶，錦衣校尉們也分赴各鎮各營，在曹邦輔和馬芳的彈壓之下，宣大山西三鎮的家丁順利的被編入中軍之中。
    對於朝廷的做法，不少將領是頗為微詞的，甚至認為馬芳這個老長官也不幫著他們說話了，對此馬芳的回複很簡單：“老夫的家丁都已經編入三千營了，爾等尚待何言？所謂家丁，皆是朝廷糧餉所養的，爾等何得駕馭？”
    不僅僅是要將現有的家丁予以收歸朝廷，同時還要保證不再出現新的家丁，根據馬芳等人的建議，中軍鎮撫最大的作用就是核實軍籍，如果鎮撫官不能核實軍籍，被清軍禦史發覺的話，朱載坖規定一律送錦衣都司南鎮撫司審斷。
    對於一般人來說，最可怕的無疑是錦衣都司的北鎮撫司和詔獄了，但是對於這些飛魚們來說，南鎮撫司比之北鎮撫司可怕多了，南鎮撫司是錦衣親軍執行家法的地方，詔獄尚且有幸運兒，南司可沒有。
    朱載坖就是要用這些錦衣親軍監視邊鎮的大將們，不準他們再豢養家丁，朱載坖在詔書中明確說道：“先年家丁盛行，士卒苦之，以軍士之馬供家丁騎乘，以軍士之身供家丁役使，以軍士之糧餉作家丁養贍，是得二、三百人之心，盡失部下三千軍之心。朕不能允，若嗣後仍由其事，鎮撫即行劾奏，朕必送鎮撫司、衛尉寺拷問。若鎮撫不職，與之同罪。”
    朱載坖明確禁止再挪用其他士卒的餉銀、糧食甚至是戰馬來供應家丁，切斷家丁產生的土壤，防止死灰複燃。
    同時命令宣大各鎮將所缺乏的士卒數量通過總督上報兵部，由兵部與都察院派遣官員到各地和衛所中招募士卒，隨後在九邊三大防區設立練兵處，負責新兵的訓練、分配，練兵處直接對朝廷的練兵軍務處負責，由練兵軍務處負責選派將領，訓練新兵，待考核完成之後，按照數量分配到各鎮、協、營。
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