張居正在自己的這份奏疏中主要是想向朱載坖闡明自己的施政方略和改革方向，張居正的改革仍然是以理財為抓手的，張居正認為大明現在的財政製度仍舊不夠完善，需要予以改革。
    張居正請求朱載坖，二三年內不動兵戈，因為現在南倭北虜，都已經賓服了，對於大明來說，短期內是沒有外寇能夠對大明造成威脅的，所以張居正請求朱載坖二三年不動兵戈，為張居正的改革創造條件。
    同時張居正要求重閣權，省議論，就是要求加強權力，尤其是內閣和中央的權力，減少科道對於內閣的幹擾，以便於張居正更好的推動改革，其實張居正就是要權，朱載坖也很清楚，張居正一直是想大刀闊斧推動改革的人，對於他來說，需要朱載坖的支持，需要朱載坖的授權，才能夠壓製朝中的反對派。
    朱載坖當然也很清楚張居正的想法，畢竟朱載坖用張居正就是希望用他來推動改革，幫朱載坖擋槍的，現在朱載坖需要一個強勢的首輔來幫助他壓製朝中的反對聲音，推動朝廷的改革，所以對於張居正的密疏，朱載坖並沒有予以拒絕，而是讓張居正陳述詳細方略。
    在張居正到任之前，朱載坖還是要處理一些剩餘的事情，主要就是此次征虜的掃尾工作，對於這次立功的軍官士卒，不僅僅是要予以物質上的賞賜，還要予以官職的升賞，朱載坖命令將年二十五以下，能夠識字的士卒選送國子武學培訓，雖不識字，但是斬首三級以上的，也可以選送國子武學，先識字，在讀書，在國子武學學成之後，分配到各鎮擔任軍官。
    同時重新啟動之前暫停的鎮協體製改革，這次不僅僅是在九邊推動鎮協體製改革，還要在內地也試行鎮協體製，根據練兵軍務處和兵部的統計，如果全部實行鎮協體係之後，九邊各鎮的兵員將會從現有的六十八萬下降到四十六萬多，但是官軍的戰鬥力將會得到很大提升，士卒的待遇也有保障，空餉也得到極大的遏製。
    而且朱載坖還對九邊的指揮管理體製予以了調整，之前從遼東到甘肅，大明一共設立了七個都司，管理相應的轄區：遼東都司、北平都司、山西都司、陝西都司、後改大寧都司、山西行都司、陝西行都司。朱載坖認為，現在隨著大明防線的延長和防禦縱深的增加，原本的七個都司肯定是不夠的，在陝西行都司和大寧都司之間以萬全都司為骨架，加上開平衛，設立新的萬全都司。
    同時在河套以寧夏諸衛為骨幹，新設立寧夏都司，同時向關西七衛編入陝西行都司，將原陝西行都司改為甘肅都司，沿大明九邊共設立九個都司，負責防禦和充實邊關，為鎮協官軍提供兵員，在戰時協助轉運軍需等事情，減少朝廷臨時征發民夫的行為，同時保留一部分現役軍隊，負責守衛邊防線，還有就是在農閑時組織軍餘子弟進行訓練，保證預備役部隊有一點的戰鬥力。
    而在內地進行的鎮協體製改革主要是在南直隸和湖廣，這兩個地方都是地域廣大，而且對於大明來說十分重要的地方，南直隸就不說了，大明的龍興之地，留都所在，更是大明的經濟重心，朝廷的財政支柱，而湖廣則是大明的糧倉，這兩地都是要害所在，必須加以重兵屯駐，以防不測，僅僅一鎮官軍是不夠的。
    而且朱載坖是準備以軍推民，先分設軍鎮，然後在推動析分南直隸和湖廣兩個大省，朱載坖在和練兵軍務處商量後，決定在南直隸設立兩鎮，即南京鎮和安徽鎮，南京鎮負責應天府、鎮江府、常州府、蘇州府、鬆江府、揚州府、淮安府、南通州的防務，而安徽鎮則負責安慶府、徽州府等南直隸其他州府的防務。
    而在湖廣則設立武昌鎮和長沙鎮兩鎮，分別負責湖南、湖北的防務。
    不僅僅對於北部邊防要予以重視，對於大明的西南，尤其是緬甸也是朱載坖關心的，隨著李時珍在當地建立了較為完備的醫療體係，同時朝廷對於當地的河道整治也有了一定的效果，應中南總督南京兵部尚書殷正茂的請求，朱載坖決定再次向緬甸移民，招募雲貴、廣西、福建等省的無地百姓，發給種子、農業、安家銀兩等，遷移到緬甸去，開發緬甸土地。
    同時增加緬甸的衛所，防備西夷和安南，將緬甸的衛所增加到十二個，同時設立安南鎮和緬甸鎮兩鎮，加上緬甸水師，緬甸一共有三鎮官軍，不過緬甸的官軍配置和北方不同，騎兵較少，步兵增加，火器的比例更高。
    除了這些事情之後，就是高拱在河南考察藩王土地的奏疏，高拱經過一年的走訪，了解了河南的相關情況，尤其是藩王們的土地情況等之後，向朱載坖上疏，請求對藩王們的土地進行贖買，由內承運庫支給藩王們一筆銀子，將藩王們手中的土地予以收繳，分配給現在耕種的百姓們，同時照朝廷稅率起科。
    除了朝廷給藩王們的一筆贖買銀子之外，藩王按照等級直接由朝廷支付相應土地數目的稅銀，還有海上貿易股份的分紅，也要按照宗室的等級予以分配，保障底層宗室的生計，還有支持宗學等的建設，高拱預計，將藩王們的土地全部收回來之後，可以為朝廷增加一千餘萬畝的土地，極大的增加朝廷的賦稅，緩解土地兼並。
    朱載坖於是下詔在河南實行宗藩新政，同時探討限製優免的事情，再次重申河南的士紳們不準冒濫優免，轉嫁賦稅，違者朱載坖必置之重典。
    而到了隆慶十三年十月，新任首輔張居正終於抵達京師，朱載坖當即賜予酒肉、布匹、錦緞等予以安慰，還特地準張居正假三日，休養調整之後再到內閣視事。
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