不過從老家趕回京師的張居正雷厲風行，第二天就到內閣視事，並且請求召對，朱載坖於是在文華殿召見了張居正，對於張居正的請求召見朱載坖很清楚他的來意。
    朱載坖笑著對張居正說道：“張師傅風采更勝往昔啊！”
    張居正趕緊遜謝，對於朱載坖此次的召見，張居正也是很重視了，朱載坖也沒有囉嗦，直接詢問張居正他對於現在朝政的看法。
    張居正認為，經過朝廷十多年來的改革，現在朝廷的財政已經相對比較充裕了，之前朝廷所推行的政策也已經見到了成效，所以張居正再次提出全麵改革大明的賦役製度，和之前張居正提出的一條鞭法不同，這次張居正提出了一個龐大而完備賦役改革計劃。
    張居正的核心思想還是賦役折銀化，張居正認為，現在大明的銀錢和之前已經基本在國內推廣使用了，具備了將賦役全麵折銀的條件了。
    張居正主張全麵建立白銀財政，除了必要的物資之外，將朝廷的的賦稅、雜役全部折色繳納，省並科則，將朝廷的收入和支出都統一用銀錢和製錢，同時為了防止穀賤傷農和士紳、商人操縱糧價，張居正認為在糧食收獲的季節，由司農寺出麵在各產糧區收儲糧食，規定最低價格，商人收購糧食的價格不得低於司農寺收儲糧食的價格，以此保障百姓的利益，防止他們被盤剝。
    除漕糧、軍儲之外，朝廷對所有的田賦予以折色，而對於各種雜泛差役，張居正認為也要采取折色，由朝廷雇傭人來為朝廷從事各種工作，改征發為募役，對於朝廷的大型工程，雖然也要征發百姓，但是要支付工錢和糧食作為報酬，同時改革優免措施，將官員的優免則例予以修改，嚴防優免的冒濫。
    張居正的主要施政方略就是要在大明建立起一套完整、明晰的財政體製，將原本龐雜的各種收入全部予以省並，以折色代替各種本色收入，方便朝廷的收入和支出，同時防止優免，打擊土地兼並，保證朝廷的賦稅收入，對於張居正改革的方向，朱載坖當然是讚同的，折色肯定是日後大明的主要賦稅繳納方式，這點是毋庸置疑的，之前朱載坖不同意折色的原因很簡單，就是擔心朝廷在折色之後使得百姓遭受士紳和商人們的盤剝。
    現在朝廷建立了完善的貨幣製度和倉儲製度，有了足夠的能力推動大明的賦役製度改革，所以對於張居正的這個想法，朱載坖表示了支持，而張居正要求的重閣權、省議論，朱載坖認為也是可行的，科道作為監察機構，主要是在朝廷的施政過程和結果中予以監察，而非參與朝廷的決策過程。
    而且現在的內閣已經被剝奪了軍事職能，專注於行政，應該給與內閣足夠的權力，以推行改革，這點朱載坖是很清楚的，現在朝廷要大刀闊斧的推行改革，一個強勢的首輔是必要的，對於朱載坖來說，現在需要張居正這麽一個強勢的首輔來幫助朱載坖壓製群臣，推動改革。
    而張居正要求朱載坖兩三年之內不要用兵，也確實是符合朱載坖的想法，經過這一輪的打擊，不管是北虜還是倭國，現在都被大明打服了，大明也需要時間消化吃下去的土地，將其變成對大明有利的領土，然後再進行下一步的動作，所以朱載坖同意了張居正的請求，決心以賦役製度為改革對象，變革大明的各項製度。
    張居正到任之後，首先要解決的並不是賦役改革，張居正第一個要發難的對象是漕運，張居正向朱載坖上疏，痛陳漕運的成本極高，百姓負擔沉重，張居正以首輔之尊開炮，炸魚的效果是相當明顯了，一眾東南出身的官員紛紛上疏，要求漕糧改折或者變更方法的呼聲是相當之大。
    對於張居正拿漕糧說事，朱載坖也是默許了，畢竟漕糧運輸確實是損耗極大，朱載坖之前一直沒有處理罷了，現在朝廷兩三年之內不會用兵了，再加上現在有緬甸、暹羅等處海運的糧食，朱載坖才能夠放開手腳整頓徹底整頓漕運。
    在張居正的帶動之下，很多官員紛紛上疏直言漕運的各種弊端，作為大明的天庾正供，漕運是大明最重要的物資來源之一，也是曆代朝廷下大功夫保證的事情之一，在大明，幾乎沒有什麽事情比之漕運更加重要了，但是因為每年向京師運輸六百萬石的漕糧，給沿岸的百姓帶來了沉重的負擔。
    很多臣子們痛切上疏，極言漕運現在存在的各種弊端，他們認為：“以大勢言之,前人之於河運,皆萬不得已而後出此者也。 漢、唐都長安,宋都汴梁,舍河運無他策。然屢經險阻,官民交困,卒以中道建倉,伺便轉饋,而後疏失 差少。元則專行海運,故終元世無河患。遷都而後,汲汲於河運。遂不得不致力於河防。運甫定章, 河忽改道。河流不時遷徙,漕政與為轉移,我朝因之。”
    漕運最大的問題就是耗費太大，不僅僅是投入到治河的費用，還有漕船、運軍等固定開支，中途的損耗等等，這些都是一筆不菲的費用，朝廷每年要為了保障漕運，投入巨資修整黃河、運河，雖然隆慶以來，在朝廷的大力修整之下，黃河沒有發生大規模的水災，但是每年小的決口、潰堤仍然是無法避免的，即便是潘季馴、朱衡這樣以治河見長的能臣，也不能不承認：“河道難治，雖窮其方略，然終不免年年漫溢,歲歲決堤。”
    每年因為水旱災害所造成的損失是極為巨大的，這還是在這幾年沒有大規模的水災的情況下，如果出現大規模的水災的話，對於大明來說將會是極為要命的，所以很多臣子們在見識到海運的方便和便宜之後，轉而支持海運，因為海運的成本更低。
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