在朱載坖的同意之下，大明對於地方提前進行大計，由都察院和戶部在內閣的領導下對於大明各地方官府進行大計，在張居正的舉薦下，朱載坖下詔以吏部右侍郎王篆、原巡撫四川右副都禦史曾省吾主持大計，同時升曾省吾為右都禦史。
    在張居正的領導之下，對於地方官府的大計在隆慶十三年年末拉開了帷幕，這也使得整個朝廷感受到了這位新上任首輔的手腕，之前李春芳擔任首輔，相對溫和，即便是遇事也多有寰轉的餘地，而張居正上任之後，首先就是整頓漕運，隨後就是對地方官府展開大計。
    在張居正的奏請之下，這次的大計主要針對地方官府的財政收支情況進行監察，朝廷首先要掌握地方官府的基本支出，還有地方官府加耗的情況，才能夠針對性的進行財政計劃。
    同時朱載坖還召見了張居正還有一眾有關財政的重臣，還有左都禦史海瑞，重點討論了協濟問題，協濟原本也是地方留存錢糧的重要用途之一，按照朝廷的定例，留存錢糧的用途就是一為供給本地官吏俸祿、師生廩及振濟孤老、款待過境使客的口糧之用；二為供給境內衛所軍餉之用；再者便是災荒之年作為救災賑濟之用。其他用途則每年編造預算一次。扣除掉本地留存的餘額用來補本省內或鄰境之不足。剩下的盈餘則入本地倉庫，以備賑災之用。
    因為地方有貧富之分，所以之前在征收本色的時代，由於大量的本色轉運不便，所以朝廷為了減少損耗，都是由相鄰的省份進行協濟的，現在要進行折色，朱載坖認為就應當由戶部進行統一的規劃，同時在進行預算的時候，就要考慮到各地的貧富差異，對於北方，朝廷要多補貼，支持北方進行大規模的水利建設和倉儲建設，而東南本身就相對富庶，為了防止東南的地方官府為了減少起運而編列大量的工程，戶部、工部在審核的時候要予以嚴厲控製，不準濫興工程，浪費民力。
    朱載坖說道：“朕惟水旱不時，緩急無所恃，命思義令天下立預備倉，以防水旱。思義首邦 計以農桑積貯為急，凡所興設，是為當今之要務也。”
    朱載坖認為現在最重要的事情就是建立各種倉儲設施，把從荒政建立起來，其次就是各種水利設施和道路的興建，其他事情，都可以向後放一放，還最重要的一地就是在確定加耗的時候，一定要有利於百姓，嚴格限製加耗的征斂，要在現有基礎上予以減少，減輕百姓的負擔。
    對於大計中發現的有貪墨行為的官員，要立即指名參劾，嚴懲不怠，在張居正的領導下，開始對於全國各布政使司、府州縣予以大計，同時參劾一些苛待百姓，中飽私囊的官員。
    而到了隆慶十四年，天下最關心的一件事情就是漕運的改革問題，按照朱載坖在隆慶十三年發布的詔書，隆慶十四年是第一年實行河海兼運的年份，今年運河漕糧二百萬石，海運漕糧六百萬石，不過今年還要起運隆慶十三年的秋糧，這也是一筆不小的錢糧，所以朱載坖專門下詔給總督漕運勞堪和巡視漕運右都禦史衛尉寺卿張學顏，要求他們務必要嚴密組織，保證東南的起運秋糧和漕糧安全抵達京師。
    但是千算萬算，還是出事了，隆慶四年三月，總督漕運勞堪急報，從東南發出的漕船在淮安天妃閘、山東臨清失事，損失船隻800艘,溺人千餘,失米石，巡視漕運右都禦史兼衛尉寺卿張學顏奏報，漕船在在黃河北桃源、宿遷一帶遇風,撞沉漕船50餘隻,撞傷船隻200餘艘,多名運軍被淹死，失米石餘,並席竹、鬆板、行李、什物全行漂沒，官軍死傷過百。
    朱載坖得到奏報之後，當即召見閣部重臣，漕船在運河出事，並不稀奇，每年都會有大量的漕船在運河上因為各種各樣的事情出事，朱載坖之前也收到過這樣的奏報，甚至說每年都要收到不少這樣的奏疏，但是像今年這樣，漕船大規模的出事，損失漕糧如此之多的情況，還是聞所未聞的。
    朱載坖當然很清楚，這不是天災，而是人禍，朱載坖將這些奏疏給閣部重臣們看過之後問道：“諸位怎麽看此事啊？”
    首輔張居正說道：“陛下，這是有人蓄意對抗朝廷，必須嚴懲！”
    對於漕運出現這麽嚴重的事故，總督漕運勞堪在請罪之外，也初步調查了本案，他認為雖然從表麵上看起來此次漕船傾覆，是由於是本地水文情況複雜，運軍又由於朝廷的改革命令而心神不寧，從而導致漕船傾覆，損失漕糧達二十餘萬石，但是勞堪也在奏疏中坦陳，此案個中緣由，尚且晦暗不明，不能排除有人蓄意破壞。
    朱載坖將這些奏疏放下之後說道：“不急，先看看再說，朕倒是要看看，他們想玩些什麽花樣來。”
    很快漕船傾覆，漕糧大量損失的消息就傳遍了整個朝廷，科道禦史們紛紛上疏，彈劾總督漕運勞堪和巡視漕運張學顏，甚至將獲燒到了首輔張居正身上來了，很多人認為，之前漕運雖然有所損耗，但是從未發生如此大的損失，這都是由於張居正輕易變更祖製所導致的，現在運軍人心惶惶，漕糧大量損失，對於朝廷的財政影響極大，必須要立刻做出反應，嚴懲涉事官吏，保證朝廷的漕糧和秋糧如數解運。
    而原漕運總督，現總督河道工部尚書潘季馴則是上疏分析了此事，他就認為此案定有蹊蹺，他多年總督漕運，在運河上漕船傾覆，損失漕糧確實是非常常見的事情，但是多者不過萬餘石，像這樣一次就損失漕糧二十餘萬石的事情，還從未發生過，何況運河經過潘季馴的治理之後，已經沒有之前那麽危險了，還發生這樣的事情，是不能理解的。
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