潘季馴勞堪等人一麵向朱載坖奏報此事，一麵嚴審這些運軍還有漕幫好老、纖夫頭目，而在京師的朱載坖，也已經收到了錦衣親軍和陳矩的密報。
    對於發生這種問題，朱載坖早就不稀奇了，當了這麽多年皇帝，朱載坖對於大明官吏們在貪墨上花的心思和膽量是極為佩服的，他們隻要為了貪墨，可以無所不用其極，這點朱載坖是很清楚的。對於他們貪墨漕糧，朱載坖也早就有所耳聞，之前隻不過一直沒有找他們算賬罷了。
    現在朝廷減少漕運數量，與漕運有關的各個利益團體肯定是都急了眼，他們不願意自己的利益受損，搞出種種動靜來，也是正常的事情。
    朱載坖下令召見閣部重臣們，將這些奏疏給他們傳閱，朱載坖向這些重臣們詢問他們對於此事的看法，其實這些重臣們久曆政務，對於下麵的人是個什麽情況也都是很清楚的，朱載坖現在想知道的就是他們不惜製造這麽大的案子，到底是意欲何為。
    朱載坖就此事和重臣們商討，戶部尚書鄢懋卿傾向於認為是毀滅證據，鄢懋卿認為，朝廷之前每年通過運河轉運大量的漕糧，不僅僅有要交解京通倉的漕糧，還有為了轉運這些漕糧而向百姓征收的加耗，還有東南數省的起運錢糧及其加耗，都要通過運河轉運到京通倉，這其中的貓膩可就是多了去了。
    鄢懋卿認為，最大的可能就是通過製造漕船傾覆的事故來毀滅證據，因為之前這些運河上的蠡蟲早就夥同地方上的豪強大戶，將本該解運到太倉的優質漕糧予以調換變賣了，他們原本的打算是等到今年的漕糧到了之後再發運的，沒想到朱載坖命令大幅度減少漕運數量，原本應該由運河漕運的漕糧，大部分轉移到了鬆江府通過海運轉運。
    而他們早就把本該解運到京師的漕糧給私吞貪墨了，現在要他們拿出來再轉運到京師去，自然是不太現實的，所以唯一的辦法就是製造事故，讓這些漕糧消失掉，這樣的話，他們貪墨漕糧的事情才能夠一筆勾銷。
    朱載坖也認為這事是很有可能的，如果是這樣的話，事情就很麻煩了，背後牽涉的勢力就很多了，地方州縣的官吏、地方豪強勢力還有與漕運有關的衙門，這可不是小事。
    朱載坖問道：“首輔怎麽看此事？”
    張居正說道：“陛下，臣以為要是處理得當，也許是個機會。”
    朱載坖和在場的臣子們都很清楚張居正所說的機會是什麽，張居正一向就是主張進行大規模折銀的，而現在本色運輸出現如此大的弊案，對於張居正的折銀計劃自然是好事，但是朝廷應該怎麽處理這麽大的案子，尤其是牽涉到地方、漕運兩個龐大的體係，這是很麻煩的。
    張居正的意思首先查明真相再說，然後主要打擊的對象應該是這些地方的所謂糧長，也就是地方豪強，所謂糧長，就是朝廷在浙江、直隸、江西、湖廣、福建等地，納糧1萬石左右的地方為一區，指派大戶世充糧長，征收和解運田糧。此後還規定糧長須擬訂科則、編製圖冊、申報災歉、檢舉逃稅、催辦糧差。糧長初為大戶承充的優差，可憑借職權欺壓鄉民，中飽稅款，當然有些地方由於百姓大量逃亡，糧長不得已要包賠稅糧，甚至於傾家蕩產。
    但是在蘇鬆等東南數省，糧長已經和地方豪強是一個意思了，他們負責征解稅糧和加耗，並且直接將應該起運的部分和本該支付給運軍的運費，都是由他們繳納到官倉然後支付給運軍們。但是實際上他們私設倉廒，私吞錢糧這些事情早就有官員上疏向朱載坖奏報，朱載坖並非一無所知。
    鄢懋卿說的這個確實是很有可能，左都禦史海瑞也認為這種可能性很大，他在蘇鬆任職的時間不短，對於當地的情況還是很了解，這種事情，這些地方豪強們是絕對做的出來的。
    朱載坖冷笑一聲說道：“朕知道了，不就是郭桓舊事嗎？這不稀奇。”
    關鍵是應該怎麽處理此事，之前朝廷派遣的欽差都是以處理漕運問題為主的，現在看來，此案牽涉的範圍遠遠不止漕運問題，還涉及到這些地方豪強，也就牽涉到地方官府了，朱載坖命令浙直總督楊繼盛與潘季馴、王宗沐、勞堪等人一道查察本案，對於涉及到地方官府和豪強的，由楊繼盛予以處理。
    張居正認為要以此案為契機，徹底廢除糧長製，由朝廷直接征收賦稅，不再假手與地方豪強，這個建議得到了朱載坖的支持，在朝廷實行吏員考選之後，朝廷的官吏人數增加了不少，對於地方的控製力也加強了不少，不再需要這些地方豪強再來征收賦稅了，由朝廷直接征收，官收官解，可以避免這些豪強們借幫助朝廷征收賦稅盤剝百姓，轉嫁稅糧。
    而鄢懋卿等人也建議，趁此機會，對沿運河的水次倉予以全麵的清查，查清楚其中的情弊，朱載坖於是以密旨的形式詔令王國光等人，對臨清、德州、徐州、淮安等地的水次倉予以檢查，查明其中情弊，將此次漕船傾覆案的真相窮就到底。
    此次清查的重點主要是南直隸的淮安、徐州兩水次倉，這裏是南方糧食運送的起點，戶部在此地還有分司，所謂司內宰之分職，而外方伯之事，尤其是淮安倉，是大明漕運的中心樞紐，漕運的要害，大明漕糧總數為六百萬石，其中運軍兌運者達三百八十萬石，主要由淮安倉轉運存儲， 支運糧僅占十分之三四，由徐、臨、德等倉轉運。淮安水次倉的地位大大增強， 不僅是江南漕糧轉運的起點，而且收糧數目巨大，江南數省的漕糧幾乎都是從此處裝船北運。
    朱載坖命令潘季馴等人對這些水次倉予以檢查，同時命令浙直總督楊繼盛查照隆慶十三年漕糧和起運錢糧數目，與水次倉的數目進行比對。
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