在朱載坖的支持下，嚴世蕃調動官軍和地方衛所的軍士們對涉案的士紳官吏進行大規模的抓捕，同時朱載坖對於涉案官吏比較多的地方和衙門的主官予以嚴厲申斥，尤其是鹽政衙門，對於總理鹽政龐尚鵬，朱載坖予以嚴厲申斥，同時給予處分，令龐尚鵬革職留任，以觀後效。
    同時東南的州縣很多長官也因為治下不嚴而被吏部予以處分，對於這種情況下，東南的州縣正印也不敢怠慢，趕緊配合嚴世蕃等人對於這些涉案的官吏、豪強，該抓捕的抓捕，該查抄的查抄。
    而內閣首輔張居正則是迅速將朱載坖上疏，他認為朝廷不僅僅要是打擊處理這些豪強們，更加重要的是要避免此類事件的再次發生，而張居正認為，導致這種情況不斷發生，究其原因還是糧長製度的問題，張居正認為糧長製度其實是蒙古包稅製的殘餘，在國初官吏缺少的情況下，當然可以把糧長製作為一個臨時的替代方案，但是在朝廷已經有了成熟、完備的官僚隊伍的情況下，再用糧長製就有些不合時宜了。
    張居正請求撤銷糧長製，改為有朝廷官吏直接向百姓收取賦稅，朱載坖將張居正的奏疏下部議，戶部是很支持這個方案的，糧長本來就是一種很模糊的存在，看似朝廷讓糧長協助朝廷收繳、運輸賦稅，節省了很大一筆的行政開支，實則是朝廷把自己的權力讓渡給了這些糧長們，使得他們在地方擁有了很大的特權，甚至可以和地方官府相對抗。
    這些糧長們倚仗自己的種種特權，往往能夠幹預地方事務， 包攬打官司等，由此必定會造成對地方事務的非法幹涉和對鄉村司法權力的濫用。所以張居正向朱載坖建議，廢除糧長製，由地方官府直接向百姓征繳賦稅。
    張居正的建議得到了戶部的支持，朱載坖認為也確實是時候了，朝廷對於東南的控製已經加強了很多，已經能夠有效的控製地方，所以朱載坖正式下詔，自即日起廢除糧長製度，由地方官府直接向百姓征收賦稅，同時有關糧長的一應特權也全部取消，和不同百姓一樣承擔朝廷的賦役。
    而對於本案中涉及的豪強、官員們，刑部、大理寺、都察院三法司會審之後得出結論，欽差浙直觀察使嚴世蕃和錦衣親軍所偵查搜集的證據基本屬實，東南的豪強地主們與地方官吏、漕幫和漕運官吏、鹽政官吏合謀盜賣朝廷漕糧，利用漕船的免稅特權逃避鈔關稅收，同時勾結鹽政官吏，販賣私鹽還有販賣朝廷禁榷物資，豢養家丁私兵，擅自持有違製兵刃等事，罪證俱在，但是對於嚴世蕃所指控的謀逆大罪，三法司認為證據不夠充分，不能夠認定其謀逆。
    對於三法司的上疏，朱載坖通過禦批予以答複，朱載坖禦批道：“彼輩勾連漕幫，心懷叵測，且暗結匪類，私藏軍器等，雖無謀逆之情，然已有謀逆之行，如不嚴懲，國法何在？”
    朱載坖和法司官員們的看法明顯不一致，法司官員們是根據這些人犯的口供認為他們主觀上沒有謀逆的意圖，故而認定他們不構成謀逆大罪，但是朱載坖認為，雖然他們主觀上也許並沒有謀逆的心思，但是他們把持鄉裏，盜賣漕糧，私藏軍器，同時與漕幫這樣既有衛所軍戶背景又是江湖幫派社團的團夥向勾結，其行為已經對大明朝廷構成了威脅，所以必須以謀逆論處。
    同時對於他們的量刑問題，法司從斬立決、絞立決、斬監候、絞監候到流、徒等刑擬定了詳細的判罰，不過朱載坖認為這樣的判罰太過於複雜了，而且對於涉案官吏的懲處不夠嚴厲，朱載坖召集內閣和部院大臣們商量之後，決定對於這些涉案人員予以分門別類的處理。
    第一類，涉案的豪強士紳們，首先一律抄沒家產，三族流放緬甸或河套，對於直接參與製造天妃閘覆船案和徐州水次倉失火案的，一律斬立決，在地方有欺男霸女，兼並土地，民憤極大的，也一律斬立決。
    第二類，就是涉案的官吏，涉案的官吏分為兩部分，第一部分就是直接參與兩案或者說幫助這些豪強們毀滅證據的官吏，不問情節，不分輕重，一律斬立決，端朱家的碗，砸朱家的鍋，這種人是絕對不能容忍的，不僅要斬立決，抄沒家產，還要將三族流放緬甸、哈密等處，第二部分是平時接受這些豪強賄賂，為他們盜賣漕糧、販運私鹽等大開方便之門的官吏，依照其受賄或者給朝廷造成的損失，按律嚴懲，同時將其中情節嚴重者妻子流放緬甸、哈密，情節一般者，舉家流放大寧、遼東、河套等處。
    第三類就是漕幫的這些所謂好老、頭目，對於他們朱載坖可就沒有這麽客氣了，官員們也認為應當予以嚴懲，首先是朝廷正式下達命令，將漕幫列入逆黨之列，與白蓮教享受一樣的待遇，嚴令地方官府和錦衣親軍打擊漕幫，對於其中的頭目和骨幹分子，一律予以正法，積極參與的，舉家流放緬甸，同時以詔令的形式重申不準擅結幫會，以武犯禁，違者弊嚴懲不貸。
    經三法司上奏，朱載坖禦批之後的處理辦法以急遞的形式送達欽差浙直觀察使嚴世蕃的手中，嚴世蕃也立即行動起來，該殺的殺，該流放的予以流放。
    同時太子朱翊釴上奏，認為朝廷在此案中抄沒的大量的土地，與其如沒為官田，收一些田租，不如將這些土地出售給無地的百姓和佃戶，變無地之流民為有產之良民，擴大朝廷的稅源，朱翊釴的上疏得到了內閣和部院的支持，朱載坖隨即下詔，責成太子朱翊釴負責辦理此事，會同少府監、戶部、東南地方官府等一起辦理，務必使百姓得到實惠。
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