在外修行兩年的鳴人回來了。但此時的“曉”也開始蠢蠢欲動，已經成為砂隱村風影的我愛羅被“曉”成員迪達拉和蠍抓走。鳴人和卡卡西小組為了救出我愛羅而前往砂隱村，並找出了“曉”的根據地，但我愛羅已經被抽離尾獸而死亡。憤怒的鳴人不顧一切地追趕迪達拉，而小櫻和砂忍者村的千代婆婆聯手與蠍交戰，最終將蠍打倒。千代婆婆犧牲自己的生命，使用轉生忍術將我愛羅複活，鳴人他們回到木葉隱村。
    卡卡西由於勞累過度而住院，暗部的大和代替卡卡西帶領第七班，新的成員佐井也加入了隊伍。他們利用從蠍那裏得到的情報，前往天地橋打聽有關佐助的消息。但佐井實際上卻是奉上司團藏的命令執行暗殺佐助的極秘任務，本打算執行任務的他在看到鳴人與佐助的羈絆之後改變了想法。鳴人等人終於在大蛇丸的根據地與佐助重逢，但佐助仍然不打算回心轉意，還是選擇和大蛇丸一起離開。而佐井則因為這一任務的契機成為了鳴人他們的同伴。
    鳴人為了學會比螺旋丸更強的術而展開修行，此時“曉”的成員飛段和角都為了捕獲九尾而入侵木葉，與第十班的成員交戰，阿斯瑪在這一戰中中了飛段的咒術而犧牲。為了替阿斯瑪報仇，鹿丸等人結成新的小隊，與卡卡西一道向飛段和角都挑戰。鹿丸運用過人的智慧打敗了強敵飛段，而鳴人也終於學成了新術“風遁·螺旋手裏劍”，來到戰場支援，一擊打倒了角都，贏得勝利。
    此時佐助認為自己已經獲得了超越大蛇丸的實力而突然向大蛇丸攻擊，破解了他的轉生忍術，打倒了大蛇丸。佐助找到了大蛇丸原先的部下水月、香磷和重吾，四人組成名為“蛇”的小隊，為了尋找鼬而展開行動。在此期間，佐助與“曉”的迪達拉遭遇並交戰，迪達拉敗於佐助手下，為了證明自己的藝術而自爆，佐助卻躲在了萬蛇的體內而躲過一劫。迪達拉的隊友、戴著麵具的“曉”的新成員“阿飛”本以為也死於爆炸之中，但“阿飛”卻突然在“曉”的首領佩恩麵前出現，並自稱為“宇智波斑”，以幕後黑手的姿態現身。
    自來也為了獲取“曉”的情報而潛入雨隱村，在那裏遇到佩恩和小南，並認出佩恩就是自己昔日的徒弟長門。雖然自來也啟動仙人模式與佩恩六道交戰，但還是不敵輪回眼的力量。自來也為了得到敵人的情報而犧牲，臨終前讓深作仙人將情報帶回木葉。佐助終於找到了鼬，和鼬展開激烈的戰鬥，兩人各自施展自己的絕技發動攻擊。佐助由於查克拉耗盡而導致隱藏在體內的大蛇丸重新現身，但鼬卻利用須佐能乎手裏的十拳劍封印了大蛇丸。不過鼬由於身患重病，在激烈的戰鬥過後就倒地身亡。佐助也因力量耗盡而倒下，被“阿飛”帶走，“阿飛”告訴了他關於鼬的真相。佐助得知了鼬是為了木葉的和平而被迫滅族，而決定毀滅木葉隱村。佐助將“蛇”小隊改名為“鷹”，為了得到“曉”的幫助而答應他們前往雲隱村捕獲八尾。
    鳴人得知自來也犧牲的消息而大為悲痛，為了替自來也報仇而決定前去妙木山修煉仙術。此時佩恩六道突然對木葉隱村發動攻擊，並幾乎將村子毀滅了，連卡卡西也在和天道的交戰中犧牲。學會仙術的鳴人回到村子，接連打敗了五個佩恩六道，與天道交戰中由於目睹雛田為保護自己而重傷，導致體內的九尾暴走！！
    此時鳴人的父親第四代火影突然出現在鳴人的精神世界中，阻止了九尾。鳴人由於父親的幫助而重新回到戰場，使用螺旋丸打倒了佩恩天道。
    鳴人找到了佩恩的本體長門所在的位置，說服長門重新找回昔日的理想，長門施展輪回天生之術讓包括卡卡西在內的已經犧牲的木葉村的忍者複活，自己也因此而死去。鳴人由於保護了村子而成為英雄，得到村人的認可。
    雷影因為弟弟奇拉比被佐助抓走而暴怒，決定召開五影會談以製裁“曉”。綱手在之前的戰鬥中由於消耗大量查克拉而昏迷不醒，團藏借機奪取了火影之位，並前往鐵之國參加五影會談。
    佐助為了殺死團藏而出現在會場，遭到五影的連續攻擊，在千鈞一發之際被“阿飛”救走。“阿飛”宣稱自己將要實現“月之眼計劃”，並向在場的眾人宣告將要發動第四次忍界大戰。佐助則在那之後追上了逃離會場的團藏，在一番戰鬥後將團藏殺死。
    為了準備即將到來的戰爭，並保護八尾和九尾，鳴人被送往雲隱村準備的秘密基地，在那裏遇到八尾人柱力奇拉比，並向他學習控製九尾的方法。鳴人在精神世界中遇到母親玖辛奈，玖辛奈告訴了他關於他出生那天發生的事情，以及九尾入侵木葉的真相。鳴人在母親的幫助下成功地控製了九尾，並得到了新的力量，察覺到了暗中潛入此地的鬼鮫的存在。打算逃走的鬼鮫與阿凱交戰，被阿凱打倒，為了守護情報而自殺。
    喜歡穿越萬界我獲得了係統請大家收藏101novel.com穿越萬界我獲得了係統101novel.com更新速度全網最快。