“阿飛”為了奪取輪回眼來到雨隱村，並殺死守護長門遺體的小南，更和獲得大蛇丸力量的兜聯手，以兜的穢土轉生大軍和“阿飛”的白絕大軍發動了戰爭。五大國的忍者們也團結一致，組成忍者聯軍，第四次忍界大戰終於開戰。鳴人在修行期間察覺到外麵有戰爭，和奇拉比一同趕往戰場，而佐助也在移植了鼬的眼睛之後趕往戰場。
    穢土轉生的忍者們和白絕接連被打倒，這時兜突然把真正的宇智波斑利用穢土轉生召喚出來。五影為了對付斑而一同趕到戰場，鳴人和奇拉比則與“阿飛”和人柱力軍團展開戰鬥。佐助在趕往戰場的途中與穢土轉生的鼬相遇，為了向鼬詢問當年的事情而追趕鼬，和鼬一同來到兜的根據地，兩人聯手打倒了兜。鼬解開了穢土轉生之術，和佐助告別，而佐助則為了尋找答案而利用紅豆身上的咒印複活了大蛇丸，和“鷹”的成員一起前往木葉隱村，利用穢土轉生之術使曆代火影複活。佐助從初代火影那裏得到了自己想要的答案，希望能守護鼬的意誌，而和曆代火影一同趕往戰場。
    “阿飛”的麵具在鳴人等人的奮戰之下被打碎，眾人也發現“阿飛”的真實身份竟然是卡卡西的昔日摯友宇智波帶土。帶土當年在大戰期間處於瀕死狀態時被斑所救，由於目睹卡卡西殺死琳的瞬間而對世界陷入絕望，此後便繼承斑的意誌打算實現“月之眼計劃”。帶土和斑複活了集結所有尾獸力量的十尾，鳴人這邊也集合忍者聯軍的全部力量與敵人展開戰鬥，而佐助也隨後趕到，昔日的第七班終於再次重聚。
    帶土變成了十尾人柱力，以強大的實力一度讓眾人陷入苦戰，並打算利用十尾的本體神樹發動月之眼，但在眾人的奮戰之下其體內的尾獸也被抽離，鳴人說服帶土重新正視自己。帶土在奄奄一息之時遭到黑絕的控製而發動輪回天生之術使斑完全複活，斑抽離了鳴人體內的九尾，又用劍刺穿了佐助的身體，在奪取了全部尾獸之力後成為十尾人柱力。阿凱為了打倒斑而開啟八門遁甲，差一點便將斑逼入絕境，但阿凱最後還是因為力量耗盡而倒地。
    鳴人和佐助在生命垂危之際見到了六道仙人，被六道仙人引導獲得更加強大的力量。重返戰場的鳴人和佐助利用六道之力將斑完全壓製，但斑在奪回了輪回眼之後開始施展無限月讀，讓全人類陷入了幻術當中。鳴人、小櫻和卡卡西受到佐助輪回眼須佐能乎的保護而幸免於難。
    斑遭到黑絕的偷襲。黑絕利用斑的身體使六道仙人的母親輝夜複活。輝夜的目的是利用無限月讀製造白絕大軍並取回自己的查克拉，為此而打算將妨礙她的鳴人等人抹殺，將在場的眾人傳送至自己的空間。第七班眾人在輝夜的空間中與輝夜交戰，得到鳴人救治而蘇醒的帶土也加入鳴人等人的陣營一同作戰。
    與此同時，留在原先世界的四位火影在機緣巧合之下召喚出六道仙人的查克拉。帶土為了保護鳴人等人而被輝夜擊殺，卡卡西暫得到帶土寫輪眼的力量而開啟須佐能乎，第七班眾人終於合力將輝夜封印，並在六道仙人的幫助下回到原來的世界。斑在和柱間互相敞開心扉之後死去。六道仙人解除了穢土轉生的忍術，水門在離開之前對鳴人祝賀“生日快樂”，鳴人也向水門說出了自己一直以來沒有說出口的各種話語。
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