1．通過實驗觀察獲得有關某類現象的一切事實知識，其中包括對該類現象的肯定事例、否定事例和該類現象所具物理性質的程度不同的表現； 2．然後將全部事例編製成肯定事例表、否定事例表和程度表(即比較表)； 3．借助逐步歸納和排除法，從事例中抽象出最低層次的公理(假說)； 4．應用同樣方法從低層次的公理(假說)中構造出較高層次的公理(假說)，直至最終達到普遍性程度最高的公理(即“形式”)。 其中最重要的方法是逐步歸納法和排除法。而歸納法與排除法乃是同一過程的兩個相反相成的方麵。弗·培根把事實之間以及低層次公理之間的相關，區分為偶然相關和必然相關(即本質相關)；不論是由 係統的實驗觀察材料概括出普遍性有限的真理，還是從普遍性程度低的真理上升到內涵更豐富、概括性更強的真理，都要通過比較鑒別，以發現並排除偶然的非本質的相關，從而抽取出必然的本質的相關，作為進一步歸納概括的合適題材。隻有如此才能牢固地建立起科學理論的“金字塔”。有人認為弗·培根“否定抽象概念”，其實，培根僅僅反對借簡單枚舉法，根據少數觀察貿然作出不恰當的“抽象”，他並不反對、而且竭力主張以係統觀察為基礎、以排除和舍棄偶然相關(即非本質相關)為關鍵程序的科學抽象。科學抽象原則是弗·培根科學歸納法的靈魂。 近代科學盡管在很大程度上得益於實驗觀察和歸納方法，但要建立邏輯上完備而自恰的科學理論體係，單靠經驗方法是無能為力的。笛卡爾最早看到了這個問題，在科學方法論上提出了以“普遍懷疑”為前奏、以直觀——演繹法為核心、以事實驗證為補充的科學發現與科學說明的邏輯模式。 在笛卡爾看來，要使科學取代統治人們思想達幾個世紀的經院哲學，就必須把科學知識大廈及其每一組成部分都建立在“理性”的基礎之上，為此就要“盡可能地把所有事物都來懷疑一次”。這一語道破了新哲學與傳統哲學的本質區別。笛卡爾認為，感覺有可能會欺騙我們，理性也往往會判斷錯誤，故而一切憑感官得到的知識、一切先人之見與偏見、一切傳統教條和信念，都應毫無例外地通通放到理性的法庭上加以審判。在笛卡爾那裏，懷疑本身不是目的，而是手段；懷疑不是消極的、虛無主義的，而是積極的、富於建設性的。因此他的懷疑論是一種方法論的懷疑論，是構築科學知識大廈的否定性準備。它不僅是每一個別的科學認識發生的前奏，更是科學作為係統整體而發生的初始環節。這種懷疑論是新興資產階級社會理想和價值觀念在認識論領域的反映，是近代史上推動人類理性解放的一麵旗幟。 笛卡爾認為，科學的最高成就是一種命題金字塔，其建構順序是由上而下即由一般到個別。那麽處於金字塔頂端的作為科學理論體係大前提的最一般原理(即公理)從何而來?笛卡爾的“天賦觀念”論是對這個問題的唯心主義的、但又是當時相對成功的一種解決。笛卡爾認為，來自外界的關於事物的感覺觀念是不可靠的，而由人的心靈自由虛構和臆想的觀念是個別的和偶然的，隻有來自理性本身的“天賦觀念”才是一切普遍性、必然性知識的惟一可靠的來源。這種觀念作為真理性認識的標準在於其無可懷疑的確定性和自明性；由於它既不依賴於感覺經驗，也不依人的自由意誌為轉移而具有客觀實在性，因此，以這種觀念作為最普遍原理，可以成功地解釋一切自然現象。 在笛卡爾科學方法論中，最核心的乃是作為其知識哲學中心內容的直觀——演繹法。所謂直觀“既不是指感覺的易變表象，也不是虛假組合的想像所產生的錯誤判斷”，而是靠人的認識普遍性、必然性知識的天賦能力而獲得對於基本的、清楚明白的、不證自明的真理的直接了解。所謂“演繹”，是指運用數學中的推理方法從直觀得到的第一原理出發所進行的全部帶必然性的推理。它相對於“直觀”來說，是認識自然的“補充方法”。笛卡爾認為，傳統的三段論隻能說明已知的真理，而對於那些要發現真理的人來說則毫無價值。作為演繹推理大前提的第一原理是運用理性直觀的力量而發現的，第一原理的創造性保證了由它所推演出的知識的新穎性。因此直觀——演繹法不單是說明的邏輯，而主要是一種發現的邏輯。這是它同亞裏士多德三段論的本質區別。 笛卡爾接受了亞裏士多德關於科學是演繹陳述係統的思想，並試圖用他的直觀——演繹法構造一個龐大而包羅萬象的人類知識金字塔。但是，並未成功。因為僅僅根據一般定律的考慮，人們不可能確定物理過程的進程。於是，他為了克服直觀——演繹法的局限和困難，不得不給實驗觀察和歸納方法以一席之地，運用這些方法對定律和推論進行事後的驗證或經驗批準。但這些僅僅是科學研究中的輔助性的補充手段。
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