新疆，古稱\"西域\"，自乾隆年間平定準噶爾部後納入中國版圖，設伊犁將軍管轄。然而，鹹豐、同治年間，清廷內困於太平天國與陝甘回民起義，無暇西顧，新疆局勢漸趨失控。同治三年1864年），新疆各族民眾爆發反清起義，各地豪強趁機割據，形成多個互不統屬的政權。
    就在此時，外部勢力乘虛而入。同治四年1865年），中亞浩罕汗國今烏茲別克斯坦境內）軍官阿古柏穆罕默德·雅霍甫）受割據勢力邀請，率軍入侵新疆，先後攻占喀什噶爾、葉爾羌、和田等地。同治六年1867年），阿古柏建立\"哲德沙爾汗國\"意為\"七城之國\"），自立為汗，實行殘暴統治，\"賦稅苛重，民不聊生，各族百姓多逃往戈壁躲避\"《新疆圖誌·武功誌》）。
    這期間沙俄動作不斷。同治十年1871年），沙俄以\"替清廷代收伊犁\"為名，出兵占領伊犁九城，聲稱\"俟中國克複烏魯木齊、瑪納斯等城，當即交還\"《中俄北京條約》附約）。實則暗中扶持阿古柏，企圖以伊犁為據點，逐步蠶食新疆。至同治十三年1874年），阿古柏已控製新疆南路全部及北路大部，沙俄占據伊犁，新疆幾乎淪為異域，正如左宗棠在奏折中痛陳：\"新疆不複，則蒙古不安，匪特陝甘山西各邊時虞侵軼，即直北關山，亦將無晏眠之日。\"《左文襄公全集·奏稿》）
    新疆危局牽動朝野，但清廷此時正麵臨另一場危機——同治十三年1874年），日本出兵台灣，雖最終以賠款撤軍告終，卻引發了關於\"海防\"與\"塞防\"的激烈爭論。直隸總督李鴻章認為，\"新疆不複，於肢體之元氣無傷；海疆不防，則心腹之大患愈棘\"，主張暫停西征，將經費用於建設海軍，\"暫棄新疆，專顧海防\"《李文忠公全集·奏稿》）。
    此言論一出，立即遭到左宗棠的駁斥。光緒元年1875年），左宗棠上《複陳海防塞防及關外剿撫糧運情形折》，直言：\"東則海防，西則塞防，二者並重，不可偏廢。\"他強調新疆的戰略價值：\"新疆幅員萬裏，礦產豐饒，畜牧蕃息，實為聚寶之區。若拱手讓人，則俄人得寸進尺，必欲據我蒙古，直逼京師，彼時海防亦難保全。\"《左文襄公全集·奏稿》）
    左宗棠的論證切中要害。清廷最終采納其主張，任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務，\"速籌進兵，早複失地\"。這場爭論的實質，是近代中國在邊疆危機中如何分配有限資源的戰略抉擇，而左宗棠的堅持，為保住六分之一的國土奠定了基礎。
    收複新疆，難度非常大。新疆地處偏遠，沙漠戈壁占其大半，\"千裏無人煙，飲水奇缺\"；阿古柏軍配備洋槍洋炮，且有沙俄暗中支持；清軍則需從陝甘調兵，糧餉轉運耗費巨大。左宗棠深知此戰\"非速戰可勝，非久備不可\"，故提出\"緩進急戰\"的戰略：先籌糧餉、練軍隊、修道路，待準備萬全後，集中兵力速戰速決。
    籌糧是首要難題。左宗棠算了一筆賬：西征大軍約七萬人，每人每日需糧一斤，一年即需糧近三千萬斤。他派人分赴甘肅、寧夏、內蒙古等地采購，又在哈密屯田，\"兵民共耕，歲收糧食數萬石\"《左文襄公年譜》）。為運糧，他建立了四條運輸線，其中從包頭至古城今奇台）的路線，\"用駱駝數千頭，跋涉數月，日行不過三四十裏\"，僅運費就耗銀數百萬兩。
    同時左宗棠對西征軍進行嚴格篩選，\"汰弱留強，裁撤老弱冗兵\"，最終保留約五萬人，多為身經百戰的湘軍、豫軍。他還設立\"蘭州製造局\"，仿製洋槍洋炮，\"所造劈山炮、來福槍，威力不亞於西器\"《甘寧青史略》）。為提升士氣，左宗棠下令：\"凡攻克城池，嚴禁搶掠，善待百姓，違者斬。\"
    後勤準備就緒後，左宗棠製定\"先北後南\"的進軍路線：先收複北疆的烏魯木齊、瑪納斯，切斷阿古柏與沙俄的聯係，再南下攻取南疆諸城。光緒二年1876年）四月，左宗棠進駐肅州今酒泉），設立大本營，此時他已年近七旬，常咳血，但仍堅持\"每日閱軍操，查糧運，無一日懈怠\"《清稗類鈔·將帥類》）。臨行前，他命人抬著一口棺材隨大軍出征，以示\"不破樓蘭終不還\"的決心，將士見之，無不感奮。
    光緒二年1876年）七月，清軍打響收複新疆的第一戰。提督張曜率軍攻占古牧地今米泉），殲滅阿古柏軍三千餘人，隨後乘勝收複烏魯木齊。阿古柏在北疆的勢力土崩瓦解，\"殘部逃往南疆，沿途百姓爭獻食物，助我軍追剿\"《新疆圖誌·武功誌》）。
    光緒三年1877年）春，清軍兵分三路南下，直指吐魯番。阿古柏派其子海古拉率軍抵禦，卻在達阪城遭清軍火炮重創，\"城破之日，屍積如山，海古拉僅帶數騎逃脫\"《左文襄公奏稿》）。三月，清軍收複吐魯番，切斷南疆與北疆的聯係，阿古柏眾叛親離，在庫爾勒服毒自殺一說被部下所殺）。
    同年秋，左宗棠令劉錦棠率大軍繼續南下，連克喀喇沙爾今焉耆）、庫車、阿克蘇。當地各族民眾\"簞食壺漿以迎王師\"，許多人加入清軍，充當向導。至光緒四年1878年）一月，清軍收複喀什噶爾，阿古柏殘部逃往俄國，除伊犁外，新疆全境光複。捷報傳至京師，光緒帝下旨嘉獎：\"左宗棠力排眾議，督師西征，克複新疆，厥功甚偉，加恩晉封二等恪靖侯。\"《清德宗實錄》卷70）
    收複新疆大部後，收回伊犁成為當務之急。然而，沙俄卻拒不履約，反而提出\"割讓伊犁部分地區、賠償兵費\"等無理要求。光緒四年1878年），清廷派崇厚赴俄談判，崇厚昏聵無能，竟在沙俄脅迫下簽訂《裏瓦幾亞條約》，將伊犁霍爾果斯河以西大片領土割讓給俄國，還賠償兵費九百萬盧布。
    消息傳回，舉國嘩然。左宗棠怒斥：\"崇厚之約，無異賣國！伊犁乃我固有領土，一寸不可讓！\"他隨即上奏，請求\"整軍備戰，以武力收回伊犁\"。光緒六年1880年），左宗棠再次率軍進駐哈密，\"三路布防，揚言進取伊犁\"，同時清廷改派曾紀澤赴俄重談。
    曾紀澤曾國藩之子）憑借紮實的外交功底，在談判中據理力爭，而左宗棠的軍事威懾成為其堅強後盾。沙俄見清軍勢盛，又懾於國際輿論，最終同意修改條約。光緒七年1881年），中俄簽訂《中俄伊犁條約》，中國收回伊犁九城及特克斯河流域，但仍割讓霍爾果斯河以西部分領土，賠償兵費九百萬盧布。盡管這仍是一個不平等條約，但相較於《裏瓦幾亞條約》，已算是\"虎口奪食\"的重大成果。
    收複新疆後，左宗棠深知\"治疆必先固邊\"。他多次上奏，建議在新疆設立行省，取代傳統的伊犁將軍府製，\"改土歸流，推行郡縣製，與內地劃一\"《左文襄公奏稿》）。光緒十年1884年），清廷正式批準新疆建省，以迪化今烏魯木齊）為省會，任命劉錦棠為首任新疆巡撫。
    新疆建省意義重大：它打破了原有的民族隔離政策，促進了各民族融合；推行屯田、興修水利，推動了當地經濟發展；設立學堂、傳播漢文化，加強了國家認同。正如《清史稿·地理誌》所載：\"新疆建省，實乃千古創舉，自此邊庭穩固，與內地唇齒相依，不複有分裂之虞。\"
    光緒十一年1885年），左宗棠在福州病逝，臨終前仍牽掛新疆：\"惟新疆之事，臣心未安，望朝廷善撫百姓，固我疆圉。\"《左文襄公全集·家書》）這位\"中興名臣\"以垂暮之年，率師西征，收複百萬平方公裏國土，其功績正如林則徐生前所言：\"東南洋夷，能禦之者或有人；西定新疆，舍君莫屬。\"