總共才二十多天的功夫，吳哥王國南半部的主要城鎮先後被唐軍占領，吳哥軍隊損失過半，吳哥國王闍耶跋摩一方麵收攏潰兵，一方麵苦思破敵之策。
    闍耶跋摩認為，唐軍的的優勢在於強大的水軍和精良的火器，吳哥軍如果硬碰肯定不是對手，必須避實擊虛。闍耶跋摩最後決定化整為零，發動全國各地的軍隊沿途不斷偷襲唐軍，但是又不硬碰，用遊擊戰來消耗唐軍。
    鎮南軍占領金邊城以後，水軍溯洞裏薩河而上，陸軍則沿著洞裏薩河北岸前進，向吳哥城進發。唐軍在沿途不斷受到吳哥小股敵軍的襲擊，當唐軍攻擊時，這些吳哥軍立即撤退，當唐軍繼續進軍時，這些吳哥軍繼續襲擾，搞得唐軍非常疲憊。
    吳哥軍還經常搞夜戰，在唐軍宿營時派出軍隊過來偷襲，甚至還有吳哥水軍劃著小船趁夜接近唐軍戰船，扔出一些火油到唐軍戰船上，然後射出火箭點燃，燒毀了唐軍好幾艘戰船。
    王之孝認為擒賊擒王，隻有打下吳哥城，捉住吳哥王，這些散兵自然消散，所以命令唐軍加快行程，直奔吳哥城。吳哥城位於洞裏薩湖的北岸一帶的平原上，距離湖岸約十公裏，超出了水軍炮火的射程，隻能采取陸上進攻的方式。
    唐軍的陸上部隊從東南方向接近吳哥城，而後對吳哥城方向進行防禦，水軍則卸載一些重炮和物資，為進攻吳哥城做好準備。
    闍耶跋摩收攏了大量的潰兵，加上原來的守軍，共聚集了6萬軍隊防守吳哥城，並加固城牆，準備了拋石機和大量的火油，決定和唐軍決一死戰。
    王之孝派人偵察了一番，覺得吳哥城兵力較多，防守嚴密，要想徹底解決難度較大，決定采取“圍三缺一”方式，擊敗吳哥守軍。
    王之孝此次出來，帶了7個襄人團，前麵已經留下三個團，還剩四個團，他決定在城東、城西各派兩個團進行佯攻，鎮南軍在城南進行主攻。
    鎮南軍準備充分以後，先讓城東的部隊發起進攻，兩個襄人團向吳哥城緩緩推進，在距城60丈左右的位置停下，準備利用火力優勢進攻城牆上的吳哥軍。
    沒想到唐軍開始射擊不久，吳哥軍用拋石機先後拋出一些點燃的火油包，這些火油包落地以後當即破裂，燃燒的火油在唐軍陣形中飛濺，不少襄兵被燒死燒傷，城東的唐軍被迫撤退。
    王之孝發現，吳哥軍的準備更加充分，遠非林邑軍可比，決定暫緩進攻，考慮破敵之策。王之孝到城東現場查看了一番，發現吳哥軍拋出的火油基本在100丈以內，最遠沒有超過120丈，算出了吳哥軍拋石機的射擊距離。
    王之孝認為，唐軍的炮火射擊距離可以遠超120丈，完全可以發揮炮火優勢，進攻吳哥軍。王之孝命令城東、城西的部隊隻是進行防守，在城南進行主攻，鎮南軍將火炮架在距離城牆150丈左右的位置上，而後開始持續向城內進行炮擊。
    剛開始，吳哥軍還用拋石機發射幾個石頭，發現根本夠不到唐軍，隻能作罷。唐軍的炮火持續打了一天，把吳哥城炸的七零八落，吳哥軍陷入了沉寂，似乎放棄了抵抗。
    第二天，唐軍又是繼續炮擊，炮擊了一陣吳哥軍始終沒反應，王之孝就派出一部分唐軍試圖接近城牆，唐軍在前進的過程中，吳哥軍始終沒有動靜。
    當唐軍快到城牆時，吳哥軍突然發起反擊，拋石機、和弓箭手一起進攻，有的吳哥軍還拋出手中的標槍刺向唐軍。
    城下的唐軍猝不及防，在一陣對戰中有的被吳哥軍的弓箭、標槍刺中，有的被拋石機扔出的火油燒傷，唐軍雖然也擊斃了一些吳哥軍，但是如果繼續對戰形勢不妙，不得不撤回。
    王之孝清點一下，竟然傷亡了四五百唐軍，不由的大怒，繼續命令炮兵射擊。這次唐軍被惹毛了，輪流換炮，交替射擊，晝夜不停，炸的吳哥城內牆倒屋塌，死傷無數。
    炮擊持續了三天，吳哥軍支撐不住，感覺如果繼續堅守，隻能是全城覆亡，闍耶跋摩率軍從北門突圍而出，一路向北狂奔。
    唐軍並不追趕，首先進城接受剩餘人員的投降，而後清點府庫，犒賞部隊，最後留下一個僚越團守衛此處，主力繼續向北進發，搜索吳哥軍餘部。
    闍耶跋摩徹底領教了唐軍的厲害，不再敢跟唐軍硬碰，隻是一味的逃亡躲避。唐軍的陸上部隊由張舟率領，向北追擊吳哥軍殘部，水軍則返回金邊城，再溯湄公河北上，從水上向北進發。
    鎮南軍水陸兩軍一路向北追擊，始終無法捕捉到吳哥軍殘部的主力，在吳哥國北部玩起了貓捉老鼠的遊戲。就這樣折騰到了四月下旬，雖然唐軍沿途又消滅了一些吳哥軍，但是始終沒有抓到闍耶跋摩，陷入了一場困局。
    王之孝認為，繼續這樣死耗，毫無意義，於是留下一個駱甌團在烏汶一帶，與吳哥殘軍周旋，自己率領鎮南軍主力和剩下兩個駱甌團，沿著湄公河繼續向北進發，準備進攻文單國。
    文單國又稱南掌，是由原來的真臘國分裂出來，在吳哥國以北，但是國力偏弱，都城就在文單城（今老撾萬象）。唐軍在北上的過程中，文單國的城鎮抵抗並不激烈，基本上唐軍打兩下就投降，唐軍非常順利的達到文單城。
    由於文單城就在湄公河北岸，非常有利於唐軍發揮水軍優勢，而且文單國在此也大概隻有兩三萬的兵力，王之孝決定一勞永逸的解決文單城。
    王之孝命令陸上部隊將文單城包圍，然後水軍開始持續炮擊文單城，唐軍炮擊一天後，文單城內就開始亂套了，文單國的君臣商議後認為，唐軍勢強，與其被其攻破，不如早日投降，既可以減少文單城的破壞，也可以留點體麵。
    第二天唐軍還沒攻城，城上就已經打起了白旗，文單國還派出官員出城，洽談投降事宜。文單官員還想爭取以附屬國的形勢投降唐軍，被王之孝拒絕，但是答應優待文單國的君臣，會給予較好的待遇。
    文單使臣回去以後，文單王拉那烈和大臣又商議一番，覺得也別無選擇，決定按照唐軍給的條件投降。
    王之孝剛剛接收文單城不久，原來配屬給鎮蠻軍的兩個僚越團從來興城趕到文單。按照朝廷的計劃，中南半島各地均由僚越團駐守，駱甌團要配到南洋群島一帶，王之孝當即接納兩個僚越團。
    通過和兩個團長交流，王之孝得知高霞寓竟然陣亡了，還是被毒箭射死的，不禁噓唏不已，感歎生死無常。王之孝決定留一個僚越團配置在文單城，在當地建立臨時政府，然後率領其餘的軍隊繼續進攻呂宋一帶。
    王之孝的部隊還沒出發，斥候前來報告，闍耶跋摩率領吳哥餘部先後襲擊吳哥城和烏汶城，進攻當地的襄人團。兩個襄人團雖然擊退了吳哥軍，但是也是無力消滅吳哥殘軍，請求王之孝派軍支援。
    王之孝認為吳哥殘部實力不強，沒必要把全軍都留在這裏，目前已經進入雨季，還要征討呂宋等地，決定留張舟率領一半以陸軍為主的鎮南軍和剩下的一個僚越團，繼續進攻吳哥殘部，自己率領另外一半以水軍為主的鎮南軍及兩個駱甌團，出湄公河進攻呂宋一帶。
    張舟得令後，率軍從文單城以南的烏隆城出發，一路搜索前進，準備會同吳哥、烏汶的守軍，剿滅吳哥軍殘部。當張舟率軍向南到達坤敬城時，也開始遇到吳哥小股敵人的騷擾，但是由於唐軍兵力、火力均占優，那些敢於過來騷擾的吳哥軍損失慘重，不得不退去。
    由於進入雨季，大軍行軍艱難，補給也很不容易，張舟決定先抵達烏汶，暫時休整一番，再想辦法清繳吳哥殘敵。張舟率軍沿著大路向東南方向行軍了五六天，快要接近烏汶城時，聽到槍聲大作，斥候來報，吳哥殘部正在進攻烏汶城。
    張舟認為，烏汶城向東離湄公河不遠，吳哥殘軍主力肯定是在城西一帶，後續也是往西逃竄，決定直接抄吳哥軍的後路。
    張舟率軍從烏汶城西包抄過來，遠遠看到有大量的吳哥軍依托樹木、掩體朝烏汶城**擊，甚至還架起幾個拋石機，朝城內發射石頭，畢竟是他們自己的國家，不舍得發射火油燒城。
    張舟當即指揮唐軍對吳哥殘軍進行打擊，吳哥軍覺察到西北方向有大量唐軍包抄過來，情知不妙，當即放棄進攻，直接往南逃跑。
    烏汶城內的襄人團聽到城西北方向傳來大量的槍聲，知道援軍到了，也出城追擊吳哥殘軍。吳哥殘軍在兩路唐軍的包抄進攻下，大量被殺、被俘，約有一半吳哥殘軍利用熟悉地形的優勢，從林間小路往西南方向逃去。
    唐軍一共俘虜了五千多吳哥殘軍，全部繳械押進烏汶城內，張舟命人審問這些俘虜，沒想到這些俘虜口風緊得很，什麽也不肯說，張舟大怒，命令對十多個領頭的吳哥將領分別進行嚴刑拷打。
    是人都是有弱點，有幾個人熬不住，終於招供，這次正是闍耶跋摩帶領吳哥殘軍進攻烏汶城，沒想到遇到唐軍主力，闍耶跋摩帶領其他部隊往西南方向逃跑了。
    張舟認為，吳哥殘軍起碼有一兩萬人，這麽多人的不可能一直流竄作戰，一定有個據點或者後勤基地，否則根本無法長期支撐。張舟派人繼續審問那些人吳哥殘軍的據點，沒想到那些人要麽說不知道，要麽就是不肯說。
    張舟覺得，獲得吳哥殘軍的藏身地點非常重要，如果不能套取這個情報，唐軍將會陷入漫長的拉鋸戰，為了獲取情報，張舟決定來個狠招。
    張舟將那十幾個吳哥將領集中起來，然後帶著翻譯逐個審問，先問那些原來比較頑固的幾個人。
    張舟先是命人押上來一個，直接問吳哥殘軍的藏身地點，第一個人直接說不知道，張舟也不廢話，直接命人將其斬首。
    然後又押上來第二個人，張舟讓翻譯再問，第二個來個不吭氣，啥也不說，張舟又是讓人將其斬首。
    然後繼續來上來第三人，第三個人開始有些緊張了，不敢像前麵兩個人那樣頑固，一直說自己沒去過那裏，確實不知道，請唐軍饒他一命，張舟看問不出什麽，然後又是派人將其拖下去斬首。
    張舟連殺三人，形勢就完全不一樣了，剩下的人開始嚇得瑟瑟發抖，有的甚至嚇得尿了褲子。
    張舟這時突然換了一副麵孔，不再審問，而是命人拿來一些金銀，對著這些俘虜說，隻要有人肯說出闍耶跋摩的藏身之地，不但不殺還會重重有賞，如果繼續頑固，將全部殺掉。
    這種一手大棒、一手胡蘿卜的計策非常有效，當即就有七個人表示願意將所知道的情況全部招出來，甚至願意帶領唐軍到闍耶跋摩藏身的地方，但是仍有兩個人不為所動，甚至還朝著那幾個獻媚的吳哥將領露出鄙夷的眼光。
    張舟直接命人將那兩個人拉出來，讓他們表明態度，沒想到這兩個人竟然不為所動，就是不吭氣，張舟知道這兩個人看來是要頑抗到底，也不廢話，直接命人將這兩個人斬首。
    這樣一來，前麵表示願意投降的七個人更加害怕，爭著講出闍耶跋摩的藏身地。原來，闍耶跋摩率軍出逃以後，在吳哥以北一個叫做布裏蘭的地方收攏殘部，匯聚了兩萬多吳哥殘軍。
    闍耶跋摩以布裏蘭為根據地，不斷的召集潰散的吳哥軍，並先後幾次向吳哥城、烏汶城發起進攻，企圖奪回失地。
    張舟又繼續審問，得知布裏蘭在烏汶以西約三百裏的地方，沿著一條河流一直往西就可以到達。張舟當即就賞給每人一塊銀子，然後要求他們親自帶路，帶領唐軍到達布裏蘭，如果能夠找到吳哥殘部，將還會有賞。
    張舟為了穩妥起見，將其他吳哥俘虜全部枷鎖起來，作為人質留在烏汶城，由守城的襄人團看押，然後命令那七個吳哥降將帶領唐軍往布裏蘭進發。