右副將鄒元標建議，先回師打通補給線，然後再進攻開羅。吳元濟認為，目前第五路軍彈藥充足，主要是缺水，也缺一些糧食，此處已經距離尼羅河不遠，幹脆進發到尼羅河岸邊，就地取水取糧。
    第五路軍頂著幹渴，一路進發到開羅以南的尼羅河岸邊，終於在那裏痛飲一頓。吳元濟仗著第五路軍的戰力，首先拿下開羅以南的小城阿瑪拉，在那裏奪取一些糧食，供應部隊的軍需。有了水，有了糧，第五路軍迅速恢複元氣，開始準備攻打開羅。
    吳元濟和幾個部將商量以後認為，開羅城市較大，而且西臨尼羅河，很難將其徹底包圍，不如打一場擊潰戰，先占領城市再說。吳元濟派左副將鬱景斌帶領3個羌戎團在城東圍堵，派右副將鄒元標帶剩下3個羌戎團在開羅東北方向埋伏，自己則帶領鎮東軍陸軍主力在城南主攻。
    吳元濟認為，開羅的大食軍被擊潰後，有兩個方式逃跑，一種是乘船從尼羅河逃跑，這個唐軍沒辦法；一種是從城北的陸路逃跑，到時可以由鄒元標率軍截擊一番。
    開羅城市雖然大，但是城牆都是泥磚所築，堅固性不夠，而且沒有護城河，防禦水平一般。第五路軍準備就緒以後，就在城南開始炮擊，隻炮擊了一天，就在城南轟塌了一大段城牆。
    當夜，唐軍先就地宿營，準備第二天發起進攻，優素福仍不甘心失敗，派出騎兵過來劫營。唐軍都是身經百戰，對這種套路遇的多了，早就提前派人警戒，發現有人來襲後，立即進行反擊，將夜襲的大食軍擊退。
    次日，唐軍炮兵又轟擊了一陣，將缺口內的障礙物全部掃平，然後唐軍步兵正式發起進攻。優素福的大食軍雖然勇猛，但是由於沒有火器，單憑刀槍弓弩，自然不是唐軍的對手，唐軍順利攻入城內。
    由於開羅城比較大，而且街道狹窄，民房眾多，那些大食軍打不過唐軍就到處躲藏。唐軍由於對城市不熟，到處追擊潰退的大食軍，滿城追趕，還經常會迷路。最後唐軍幹脆放棄小股的大食軍，專打大股的軍隊，往市中心的總督府攻去。
    開羅的攻防戰打了兩天，城內的守軍敗像明顯，優素福感覺再不跑就來不及了，帶領一些親兵跑到尼羅河邊，乘坐幾十艘船，向下遊逃去。總督一逃，其他守軍也無心堅守，有的也乘船從尼羅河逃跑，但是大部分人直接從城北的陸路逃跑。
    早就在東北方待機的鄒元標，趁機率軍截擊大食潰軍，這些潰逃的大食軍被截擊後，有的就地投降，有的則往西北方向沿著尼羅河繼續逃跑。鄒元標所率兵力有限，抓了一些俘虜以後，就開始圍堵城北，不讓剩餘的逃兵出來。
    在開羅守城的大食軍約有1.5萬人，除了六千逃跑，三千戰死，剩餘的六千人先後投降，唐軍則隻有四百多的傷亡，開羅之戰大獲全勝。
    唐軍占領開羅以後聲威大振，那些原來襲擾補給線的大食軍也逃跑了，蘇伊士到開羅的補給線恢複暢通。
    吳元濟命人審問那些投降的俘虜，希望知道那些從開羅逃跑的大食軍情況。經那些俘虜供認，總督優素福帶領親兵乘坐幾十艘船往尼羅河下遊去了，極有可能逃到埃及的重要港口亞曆山大。
    至於其他人有的可能逃往尼羅河上遊的重要城市索哈傑，有的可能逃到尼羅河三角洲的曼索拉一帶。
    吳元濟還了解到，尼羅河流過開羅以後，分為兩條支流，一條在亞曆山大以東的拉希德入海，一條經曼索拉在達米埃塔入海。按照唐朝的曆法，每年的4到9月為洪水期，其餘時間為枯水期，枯水期間，開羅以下的兩個水流不能行大船，開羅的大船隻能在洪水期入海。
    吳元濟提前了解尼羅河的水文情況，是因為唐軍占領埃及後，要在開羅找一個造船廠改造一批戰船，或直接在這裏造船，為唐朝水軍進入地中海創造條件。
    吳元濟和幾個部將商議一番後認為，目前埃及的軍隊比較分散，沒辦法一次性消滅，隻能采取分區掃蕩的方式，逐步控製。吳元濟決定先派兵清除尼羅河三角洲一帶的大食殘敵，與蘇伊士地峽連成一片，方便唐軍的後勤補給。
    吳元濟派一個羌戎團鎮守開羅以南的阿瑪拉，堵住尼羅河上遊的敵軍，另留一個團鎮守開羅，自己和兩個副將各帶一部分部隊，分三路掃蕩尼羅河三角洲一帶的大食軍。
    三支部隊對尼羅河三角洲一帶展開一次全麵的掃蕩，沿途遇到的大食軍殘兵敗將不是投降，就是被消滅。尼羅河三角洲一帶盛產糧食，部隊掃蕩敵人的同時，也繳獲了不少糧食，全部運到開羅，保障第五路軍的軍需。
    唐軍一番掃蕩之後，埃及剩餘的殘軍全部跟著優素福逃到亞曆山大城，三支部隊在亞曆山大城匯合。優素福聚攏一萬多殘兵退守亞曆山大，正惴惴不安，沒想到吳元濟這個殺神又這麽快趕過來。
    吳元濟覺得拿下優素福殘部不成問題，怕的是優素福再次乘船逃跑，自己又沒船，到哪裏去追？吳元濟將亞曆山大包圍以後，並沒有急於攻城，而是派人勸說優素福投降。沒想到優素福並不信任唐軍的使者，任憑使者如何勸說，就是不肯投降。
    吳元濟火了，命令炮轟亞曆山大，經過兩三天的激戰，優素福的部隊被打的落花流水，優素福率領殘軍再次乘船倉皇而逃。吳元濟追之不及，隻得先占領亞曆山大港。
    吳元濟是水軍將領出身，發現亞曆山大港的條件不錯，可以停靠大船，以後在開羅造出來的新船，可以先開到亞曆山大，以後亞曆山大可以作為第三波對西征服的海軍基地。吳元濟在亞曆山大留下一個羌戎團，然後率軍回師開羅，讓部隊休整兩天。
    吳元濟返回開羅以後，又重新分工，命鬱景斌帶一萬鎮東軍和兩個羌戎團，從開羅出發，向尼羅河上遊進攻，掃平埃及南部的大食殘軍，拿下重鎮索哈傑。
    命鄒元標帶一萬鎮東軍、水師部隊和兩個羌戎團，從蘇伊士城出發，進攻麥加一帶的大食軍，掃蕩大食殘存的海軍，並派人稟告範希朝這邊已經做好準備，要求派人前來開羅推進造船事宜。
    吳元濟則帶領剩餘人員幹兩件事，一是在開羅城內尋找大型的造船廠，便於以後改造；二是拓寬修整開羅到蘇伊士城的大道，可以方便以後從蘇伊士往開羅運送大型機器。
    吳元濟在開羅的尼羅河邊找到兩個大型的造船廠，覺得可以用來改造、新造戰船，就將這個造船廠控製起來，準備後續啟用。
    吳元濟將前後抓到的近兩萬俘虜，全部驅來修建蘇開大道，主要是將道路拓寬、鏟平，修整，確保能夠走大車、拉重物，以後將有很多重要機器和物資在蘇伊士港卸載，然後通過這條道路送到開羅。
    由於埃及一帶本就產糧，所以吳元濟繳獲了不少糧食，每天管飽飯以後，就讓這些俘虜幹活。吳元濟讓唐軍士兵當監工，發現有偷懶的俘虜就抽鞭子，讓這些俘虜努力幹活，加快蘇開大道的修建進程。
    鬱景斌率軍向尼羅河上遊進攻，一路進展比較順利，但是那些大食軍一觸即潰，不斷往南逃跑。鬱景斌率軍一路追趕，在占領索哈傑以後，又向南追擊了較遠的距離，雖然又俘虜的不少人，但是還是有少部分大食軍向南逃到努比亞一帶，唐軍追趕不及。最後，鬱景斌在索哈傑留下一個羌戎團，然後率軍北返。
    鄒元標率軍在吉達一帶登陸，然後與麥加的大食軍大戰一場，麥加的大食軍最終不敵，麥加總督率領殘部逃往內陸地區。鄒元標率軍占領麥加後，有些士兵出於好奇，進入克爾白清真寺，還觸碰了裏麵的聖物。沒想到這觸犯了當地人的禁忌，麥加總督以此為借口發動聖戰，裹挾當地的貝都因人圍攻唐軍。
    鄒元標雖然率軍擊退了前來圍攻的大食軍，但是覺得麥加的禁忌太多，不想待在那裏繼續惹麻煩，但認為這樣直接撤走，就便宜了麥加總督。鄒元標覺得，既然這裏的大食人如此看重克爾白清真寺，幹脆以此為誘餌，引大食殘軍出戰。
    鄒元標派人宣稱，五天內要跟麥加總督的部隊決一死戰，如果麥加總督的部隊不現身，就將克爾白清真寺搗毀。麥加總督當然不願背負罵名，三天後帶領一萬多騎兵部隊來進攻麥加城。
    唐軍派出五千部隊在麥加城東一帶列陣，與麥加總督的部隊交戰，兩軍交戰一陣後，唐軍就緩緩向後退卻。麥加總督也不知唐軍是何用意，硬著頭皮跟在唐軍後麵，想著能夠趁機攻進麥加城。
    唐軍退到城邊後，與這裏的炮兵部隊匯合，就不再退了。大食軍剛進入射程，唐軍的炮火就開始射擊，大食軍被炸死炸傷一大片。
    麥加總督情知中計，趕忙帶人逃離，此時又從左右兩側各殺來一支唐軍，截擊大食逃跑的部隊。經過又一番激戰，又有一批大食軍被殺被俘，麥加總督隻帶領少量殘軍逃跑。
    鄒元標覺得麥加城附近的貝都因部落眾多，徹底消滅附近的大食軍也不現實，將他們重創已經達成目的。鄒元標將麥加城委托給當地相對親善的部落管理，警告他們如果敢反叛，自己還會率軍回來占領麥加城。
    鄒元標則率軍回到吉達，在吉達留下一個羌戎團，而後率領水師離開吉達，向南進發。鄒元標率領水師一路尋找和殲滅大食殘存的海軍，一直打到波斯灣一帶，再次攻到巴士拉附近，徹底肅清了大食軍東部海岸的海軍，保障唐軍的海路運輸和補給不受影響。
    鄒元標肅清大食海軍以後，本想占據巴士拉，但是覺得第五路軍的重點是埃及一帶，在巴士拉的兵力沒法留多，容易被大食軍襲擊，就放棄了這個打算。
    鄒元標發現在巴士拉東南的海上有個島嶼叫做巴林島，相對比較安全，就奪占此島，並在此留了一個小分隊，有一千人加十幾艘船。
    這個小分隊有兩個作用，一是在波斯灣海域遊弋，發現大食海軍的漏網之魚就予以消滅。二是跟蹤第六路軍的情況，一旦發現第六路軍抵達巴士拉附近，就趕緊通知後方建立往巴士拉的海上補給線。
    鄒元標做完這些後，認為大食海軍已經肅清，從馬六甲到蘇伊士的水上運輸已經比較安全，就派出一艘船返回馬六甲，向範希朝稟告第五路軍的進展情況，要求盡快派出人員來推進造船廠的事宜，然後率領其餘船隻返回蘇伊士。
    兩支部隊都是花了近一個月才返回開羅，吳元濟認為雖然耗的時間比較久，但是掃清了殘敵，保障了海上路線的暢通，為後續的行動創造了有利條件。吳元濟感覺各項準備工作都差不多了，就留下一個羌戎團和兩千鎮東軍給鬱景斌，在開羅鎮守後方，接洽範希朝派來的人員。
    吳元濟認為埃及一帶的大食軍數量少，戰鬥力弱，兩萬精銳都抽調到了巴格達一帶，想必第六路軍遇到的阻力不小。吳元濟則和鄒元標率領鎮東軍主力和兩個羌戎團，從開羅向東進發，準備進攻敘利亞、迦南一帶的大食軍，盡快和第六路軍匯合。