我是高中生偵探工藤新一，被一個神秘組織成員強灌毒藥後，身體縮小，後化名為江戶川柯南，暗中調查謎團重重的黑暗組織。 　　知道我真實身份的人少之又少，然而在某一次案件中，偶遇一個神秘人，並且他竟然知道我的身份是工藤新一，為了調查真相，我們一行人前往與他會麵，卻得知了某些不為人知的存在，為了拯救世界，將與一個叫宇智波斑的忍者，共同阻止輝夜姬衝破封印。 　　唯一看透真相的是一個外表看似小孩，智慧卻過於常人的名偵探柯南。 　　真相永遠隻有一個！