一名平凡的高中生．隼人，某日放學與青梅竹馬．香奈美一起回家，在途中，他遭遇到某個不可思議的事件後，就常常看見一名裝扮奇特的女性幻影在眼前出現。身穿軍服，威風凜凜的她，原來竟是一個待在隼人體內的微生命體，也是宇宙戰艦的艦長。當體型極小的宇宙戰士進入了隼人的體內後，他就變成了一艘全長兩公尺的宇宙戰艦！為了保護香奈美免於受到來自外太空的敵人所襲擊，人體戰艦．隼人將以小鎮為舞台，毅然挺身而戰！