朝廷決議進行軍製改革：“並團營複祖製，將十二團營、兩官廳官軍悉並入五軍營，仍分中、左、右、哨、披五枝，每枝添設坐營官一人，參將二人，遊擊二人，三千、神機及五軍所屬二千圍子手等營俱如故。自古宦官不得典兵，今大營內，尚有內臣、提督、監槍等項，不下二三十人，此輩既不知兵，又專役占為務，俱宜裁革。“

    在軍製改革、汰淘冗員後，接下來，又針對之前春、秋各部輪番進行操練的弊端，進行了改革：”自今請令於五月中旬赴京，各都司統率入營一體操練，至十一月中旬回休息，不必兩班赴京，如此則每歲京營秋防之時，可得十五六萬人，比之招募尤為省費。“這些建議上報嘉靖皇帝，製曰：”可！“

    後來在隆慶年間，隆慶和議達成，明朝與蒙古之間結束了長期的戰爭；到了萬曆年間，俺答部因為爭奪順義王之位，四分五裂，風頭漸漸被“插汗”部取代，其首領就是林丹汗或前文所說的虎敦兔汗。廣寧之敗後，從廣寧到山海關之間的大片地區，原本居住的百姓紛紛逃亡，“插汗”部等蒙古部落乘虛而入，在這裏放牧。

    王在晉、孫承宗短暫的同事生涯中，還有一件大事，那就是所謂的十三山義民事件；原來廣寧之戰失利後，大部分難民都跑到了山海關，然而因為遼東有以錦州、義州為首幾個地方的百姓，就沒有及時撤退。建虜剛剛占領錦州、義州之時，便遣三騎持赤幟傳令，宣稱自髡者不殺，當時民眾普通不願意剃發，他們說我輩死不足惜，一旦剃頭作了韃子，他日被官軍（明軍）剿滅，死後都不得安生。為了減弱百姓們的抵抗，建酋假倖倖地表示隻要順從滿州風俗，剃發易服，我們就保證你們的生命財產安全。

    然而，此前一再發誓會善待百姓的努爾哈赤，很快就“背信棄義”地露出了猙獰麵目，奴酋據封貯府庫，先將官府的金、銀搜取一空，隨後又開始“挖地三尺”地收刮民間的財富，建虜用牛、馬、車輛運輸收刮來的金錢財貨，一連運了數日都沒有運盡，可見金額何止數百萬。

    建虜甚至連民眾的衣服也要收刮，努爾哈赤作了硬性規定，大戶人家留九件衣服，中等人留五件衣服，下等人留三件衣服，其餘的全部上交，建虜隨後將這些衣服擺放在演武場，首先供旗人挑選，挑選完後再將這些衣服贈與蒙古貴族，原來西部蒙古最愛綢緞衣物，建虜以此來討好他們。

    建酋為了加強對占領地區漢民的控製，防止他們逃亡或者與明朝串聯，經常大批遷移民眾；努爾哈赤在占據廣寧不到十天，將財物收刮幹盡後，不顧當時還是“冰天寒地”的隆冬季節，下達文書讓遼河以西的民眾遷到遼河以東；錦州民眾遷到遼陽，廣寧民眾遷到沈陽，右屯、義州民眾遷到金州、複州。

    建虜的所謂遷移活動，就是強製搬遷，常常是先燒房，努爾哈赤曾經指示：“預先調查城內有那些堅固的地方，首先要加以破壞，放火燒毀全部房屋。頭一天放火沒燒完的房，第二天再放火燒，城門也不留下，剝下鐵放火燒。務必將其全部燒成灰燼，”

    建虜除了縱火外，然後對普通百姓也以兵刃向加，使得你就算呆在原地也無法生存，迫使你不得不離開；而那些被迫遷移的人，到了指定的地點，往往也是除了攜帶的包袱之外“一無所有”；此外建虜還征發極其苛重的兵役：“家有父子五人者抽三人為兵，有三人者抽二人。”

    錦州當時有婦女兒童七千六百三十四人、男子六千一百五十人，總計一萬三千七百八十四人；右屯衛被遷徙男子四千五百三十七人、人口總數八千八百六十四人，二者合計被遷徙的男丁數為一萬零六百八十七人、總人數為二萬二千六百四十八人。按照建虜自己頒布的“計丁授田”的標準，以每丁六坰來計算，理論授田的標準為六萬四千一百二十二坰，可是建虜根本沒有這麽多田授與，於是隻能采取“大戶合於大家，小戶合於小家，房合住，糧合吃，田合耕”，沒有田可授的遼民，則變為農奴。

    建虜的種種“倒行逆施”，嚴重破壞了當地的生產力；遼東在建虜興起前，曾經是“田人富穀，澤人富鮮，山人富材，海人富貨”，“家給人足，都鄙廩庾皆滿，貨賄羨斥”的地區；在努爾哈赤掌權後，竟然變成了饑荒頻繁、田舍荒廢、鬥米鬥金的悲慘世界。

    錦州、義州的民眾不願意淪為奴隸，紛紛逃往十三山堡（今錦州淩海縣）、戚家堡、雙堡等地；聚集在這些地方的民眾數以萬計，這些人在大俠楊三的指導下，誓死抵抗李永芳所統領的建虜進攻，並向明朝求援。

    圍繞著怎樣救這些民眾，孫承宗和王在晉出現了分歧；袁崇煥向孫承宗請命道：“將五千人駐寧遠，以壯十三山勢，別遣驍將救之。寧遠去山二百裏，便則進據錦州，否則退守寧遠，奈何委十萬人置度外？”

    袁崇煥出生於萬曆十二年（公元一千五百八十四年），字元素，籍貫廣東東莞；萬曆四十七年(公元一千六百一十九年)中進士；授邵武知縣。為人慷慨有膽略，好談論兵事。遇老校退役兵卒，輒與之討論塞上事，知曉邊關情形，向來以有邊才自許。

    天啟二年正月，禦史侯恂向天啟皇帝請求破格啟用袁崇煥，遂擢為兵部職方主事；廣寧潰敗，當時廷議扼守山海關，袁崇煥力辯無果後，一怒之下即單騎出閱關內外；兵部中人見袁主事失蹤，尋之，家人亦莫知所往。袁崇煥還朝，上書言關上形勢。曰：“予我軍馬錢穀，我一人足守此。”廷臣在天啟皇帝麵前稱頌袁崇煥之才，天啟皇帝遂擢為僉事，監督關外軍情，發帑金二十萬，用來招募兵馬。