天啟元年四月，遼陽覆。廷議設天津巡撫，專飭海防，改畢自嚴右僉都禦史以往。置水軍，繕戰艦，備戎器。及熊廷弼建三方布置策，天津居其一，增設鎮海諸營，用戚繼光遺法，水軍先習陸戰，軍由是可用。魏忠賢令錦衣千戶劉僑逮天津廢將，畢自嚴以無駕帖疏論之，報聞。四方所募兵日逃亡，用畢自嚴言，攝其親屬補伍。兵部主事來斯行有武略，畢自嚴請為監軍。山東白蓮妖賊起，來斯行率五千人往，建功頗多。

    萬曆四十六年時，因遼左用兵，議行登、萊海運。萬曆四十七年二月，特設戶部侍郎一人，兼右僉都禦史，出督遼餉，先帝乃命畢自嚴代。敘前平賊功，進右都禦史兼戶部左侍郎。時議省天津巡撫，令督餉侍郎兼領其事，即以委畢自嚴。又議討朝鮮，畢自嚴言不可遽討，當俟請貢輸誠，東征效力，徐許其封耳。京師數地震，因言內批宜慎，恩澤宜節，人才宜惜，內操宜罷，語甚切直。畢自嚴在事數年，綜核撙節，公私賴之。

    天啟五年，以右都禦史掌南京都察院。天啟六年正月，就改戶部尚書。魏忠賢議鬻南太仆牧馬草場，以助三大殿工。畢自嚴持不可，遂引疾歸。

    崇禎元年，畢自嚴以度支大絀，請核逋賦，督屯田，嚴考成，汰冗卒，停薊、密、昌、永四鎮新增鹽菜銀二十二萬，俱報可。畢自嚴又上疏言“諸邊年例，自遼餉外，為銀三百二十七萬八千有奇。今薊、密諸鎮節省三十三萬，尚應二百九十四萬八千。統計京邊歲入之數，田賦百六十九萬二千，鹽課百一十萬三千，關稅十六萬一千，雜稅十萬三千，事例約二十萬，凡三百二十六萬五千有奇。而逋負相沿，所入不滿二百萬，即盡充邊餉，尚無贏餘。乃京支雜項八十四萬，遼東提塘三十餘萬，薊、遼撫賞十四萬，遼東舊餉改新餉二十萬，出浮於入，已一百十三萬六千。況內供召買，宣、大撫賞，及一切不時之需，又有出常額外者。乞敕下廷臣，各陳所見。”

    於是廷臣爭效計畫。畢自嚴擇其可者，先列上十二事，曰增鹽引，議鼓鑄，括雜稅，核隱田，稅寺產，核牙行，停修倉廒，止葺公署，南馬協濟，崇文鋪稅，京運撥兌，板木折價。已，複列上十二事，曰增關稅，捐公費，鬻生祠，酌市稅，汰冗役，核虛冒，加抵贖，班軍折銀，吏胥納班，河濱灘蕩，京東水田，殿工冠帶。帝悉允行。

    崇禎皇帝詔輯《賦役全書》。畢自嚴言“《全書》之作，自行一條鞭始，距今已四十五年。有一事而此多彼少者，其弊為混派；有司聽奸吏暗灑瓜分，其弊為花派。當大為申飭。”因條八式以獻。帝即命頒之天下。

    給事中汪始亨極論盜屯損餉之弊。畢自嚴言“相沿已久，難於核實。請無論軍種民種，一照民田起科。”崇禎皇帝是其議。先是，魏忠賢亂政，邊餉多缺，畢自嚴給發如期。又疏言“最耗財者無如客餉。諸鎮年例合三百二十七萬，而客餉居三之一，宜大裁省。其次則有撫賞、召買、修築諸費，皆不可不節。”崇禎皇帝褒納之。

    福建海盜猖蹶，崇禎皇帝又提拔熊文燦為右僉都禦史，巡撫福建，讓他去招降海盜頭目鄭芝龍；熊文燦出生於萬曆三年（公元一千五百七十五年），正是在他出生的這一年裏，常年出海的福建籍水手們將煙草從菲律賓帶到福建種植，這一年也成為中國煙草種植元年，當時人是這樣記載的“此物自古未聞也，近自我明萬曆時始出於閩、廣之間，自後吳、楚皆種植之矣。”福建中煙為紀念此事，還專門出了一種香煙品牌—土樓1575。

    熊文燦出生於四川瀘州市瀘縣，萬曆三十五年（公元一千零七年）中進士，授貴州推官，遷禮部主事，曆郎中。出封琉球還，擢山東左參政、山西按察使、山東右布政使。憂歸，自是徙家蘄水。

    崇禎元年，起福建左布政使。三月，就拜右僉都禦史，巡撫其地。海上故多劇盜，袁進、李忠既降，楊六、楊七及鄭芝龍繼起。總兵官俞谘皋招楊六、楊七降，鄭芝龍猖獗如故。然鄭芝龍嚐敗都司洪先春，釋不追；獲一遊擊，不殺；俞谘皋戰敗，縱之走。當事知其可撫，遣使諭降之。熊文燦至，善遇鄭芝龍，使為己用。

    鄭芝龍又名鄭一官，出生於萬曆三十二年（公元一千六百零四年），出生在福建南安石井（閩南漁村），鄭一官從小就對海事感興趣，，性情逸蕩，不喜讀書，有膂力，好拳棒，跅弛放縱，漸流蕩逸，失父愛。

    鄭一官生長到十六、七歲時，因少年落魄，偕其弟鄭芝虎、鄭芝豹前往澳門，依附舅父黃程；當時，黃程是個從事海外貿易的海商，鄭一官就留在黃程身邊幫助協助商務；在黃程的影響下，鄭一官走遍東南亞各地，逐漸學會了怎樣進行商業競爭、追逐海外利益；鄭一官還學會了葡萄牙文，為方便與葡萄牙人打交道中，鄭一官遂取教名賈斯帕（nis），另名尼古拉，葡萄牙人都叫他尼古拉?一官（nichos iquan）。

    黃程與東洋人有貿易往來，見鄭一官如此能幹，天啟三年（公元一千六百二十三年）譴其附日本華僑李旦之舶，押送一批白糖、麝香、鹿皮等貨物；李旦為旅日華僑的領袖，擁有一支專門從事大明、日本海外貿易的船隊，鄭一官於是投入他的門下，並得到李旦的重用，當時，居日華僑，鹹推重鄭一官，此時的鄭一官已公認是繼李旦之後的華僑領?。

    鄭一官自幼年起，就喜歡“舞刀弄劍”，在日本期間認識了為幕府將軍鍛刀劍的泉州冶工翁老，又通過翁老的介紹，得以在駿府（今靜岡縣）晉謁當時已退隱的幕府將軍德川秀忠，德川秀忠是個中國通，他向鄭一官問起中國事，鄭一官口齒清楚、“對答如流”，德川秀忠欣喜之餘在長崎賓館招待鄭一官，賜賚頗為優渥。