鄭一官受到前幕府將軍召見的事情傳開後，日本人、華僑皆視鄭一官為達官顯貴，日本各地豪門貴族常約鄭一官交遊。

    當時，平戶藩（明冶維新後並入長崎縣）作為自由港是日本對外貿易中心，來自海外各國的商船皆雲集於此；當地諸侯鬆浦氏認為鄭一官雖然年輕，然而他熟悉海事，又善外交，而且為人富有膽智財略，確實是個難得的人才，於是在河內浦千裏濱（今長崎縣鬆浦郡）賜給鄭一官宅地以建立新居，鬆浦氏又介紹家臣田川昱皇之女田川鬆與鄭一官結婚。

    田川昱皇本是從中國是中國遷到平戶的僑民，中國姓名為翁昱皇，赴日本後改稱為田川氏；田川鬆本不是翁昱皇親生，而是翁昱皇養女，年方十七，習性端淑。鄭一官與田川鬆成婚翌年，即天啟四年（公元一千六百二十四年）七月十四日辰時，田川氏出遊千裏濱，拾文貝，俄將分娩，未及回家，乃依千裏濱內巨石生產，此兒即為鄭芝龍長子鄭森（幼名福鬆，後名成功）。此石後來改名為兒誕石，至今日本長崎縣仍立“鄭成功兒誕石”紀念碑。

    同年，由於明朝和荷蘭人在貿易上引起了爭執，影響到了李旦的商業利益；此時的西方世界，以前一直活躍在明朝沿海的葡萄牙、西班牙已經衰落，英國在這個時間段還沒有崛起，荷蘭是最強盛的國家，號稱“海上馬車夫”，李旦遂推薦得力幹將鄭芝龍前往澎湖，為荷蘭人擔任翻譯，這也是李旦使出的手段。

    荷蘭人在巴達維亞（今雅加達）建立大本營，成立了軍事和商業複合體“東印度公司”，東印度公司是創造了很多世界紀錄的公司，它是世界上第一家發行股份並可以在證券交易所上市的公司，也是第一家跨國公司，第一家可以征集傭兵、可以發行貨幣、代表國家行使外交的公司。

    東印度公司一直想在中國占據一個航海的補給點，早在萬曆三十二年（公元一千六百零四年），東印度公司的三艘商般就在韋麻朗的帶領下，試圖占領澎湖，明朝大將沈有容用計將其驅離。（前文提過，不複述）。

    荷蘭人利用鄭一官來執行截擊來往大明、馬尼拉之間，與西班牙人、葡萄牙人通商的船隻；荷蘭艦隊的司令官雷約茲後來在寫給時任東印度公司總督德卡本特的信，描述道：“等候好多時的帆船‘好望號’於1月21日由日本平戶出航，月底到達此地。……我們接納了來自日本的一名通事，他的名字叫鄭一官，我們雖然給予他優厚待遇，但目前對我們沒有什麽用處。”後來接任雷約茲職務的德韋特，也寫到：“經過雷約茲司令的批準，我們每天都期望能夠在這裏集中二、三十艘中國帆船，新來通事鄭一官被派往北方去截擊於俘獲一些船隻。”

    鄭一官不甘心當荷蘭人手中的刀，他經人認識了顏思齊，顏思齊身材高大魁梧，為人豪爽仗義，視錢財如浮土，平戶藩任命他為“甲螺”，鄭一官與顏思齊結為兄弟；當時，旅日華僑受到日本人的歧視，處境相當艱難，顏思齊於是密謀推翻日本幕府統冶，事敗後，鄭一官建言道：“吾聞台灣素為海上荒島，勢控東南，土地肥饒，可作霸業根基，今當先取其地，然後侵略四方，則大業可成也。”

    顏思齊從之，率部前往台灣，此時福建鬧饑荒，鄭一官又從中招募三千餘人前往台灣，鄭一官一麵從海上捕漁，一邊開墾荒地，開始台灣最早的拓荒運動；不久，顏思齊染病，在彌留之跡，他對鄭一官道：“與公共事二載，本期在台灣創建功業，揚中國聲名於海外。不意壯誌未遂，已於中道夭折，台灣開拓大業，公等繼起。”

    後人為紀念顏思齊對台灣開拓之功，在北港樹立“顏思齊先生開拓台灣登陸紀念碑”，民國著名文人連橫在《台灣通史》中評價他：“西人有言，中國人無冒險進取之心。烏乎！如顏思齊者，豈非常不羈之士哉？成則王而敗則寇，固猶不失為男子。”

    顏思齊死後，部眾決定用拜劍的方法來決出首領，眾人將顏思齊之佩劍插於一鬥米上，眾人逐一往拜，寶劍紋絲不動；鄭一官磕頭而拜時，寶劍竟然騰空而起，眾人大駭，群推鄭一官為首領

    鄭一官繼承顏思齊事業後沒多久，李旦也死了，他指名讓鄭一官繼承了他的家業，鄭一官從此聲勢大盛，鄭一官又招募了鄭經等人，他改名為鄭芝龍，將部下分為十八支，又設立參謀、監軍等職務，逐漸成為凡內地之虛實，了然於胸。加以歲月招徠，金錢所誘餌，聚艇數百，聚徒數萬，禮賢尚士，劫富而施貧，重賞以招接濟，厚糈以餌間諜，人人樂為之用，來者不拒，而去者亦不追的海盜首領。

    鄭一官及妻兒都接來，並將事業的重業轉到台灣島上，就在鄭一官“春風得意”之時，荷蘭東印度公司也瞧上了這塊寶地，他們在趕走原駐島的西班牙人後，在台灣大員（今南平）建築了“熱蘭遮”和“赤嵌城”，作為立足之處，值得一提的是，荷蘭東印度公司並不是一開始就看上台灣的，他們原來打的主意是澳門或澎湖。

    荷蘭東印度公司派出一支以雷約茲為司令，擁有十六艘戰船，一千多歲的士兵前往攻擊澳門的葡萄牙人，然而，葡萄牙人在澳門經營多年，得之荷蘭人要來加強的時侯，又特地加強了防守；荷蘭人沒有做好充分的準備，就貿貿然地進攻澳門，吃了個大虧，“丟兵卸甲”而去。

    雷約茲既拿不下葡萄牙人，於是索性停靠在澎湖，又因為澎湖，於是選擇了台灣大員（今南平）作定居點；雷約茲仍然還是和當年的韋麻朗一樣，要求和中國開展貿易，然而，這一次，有膽有識的沈有容已經調往登萊，於是隨著福建巡撫商周祚拒絕了雷約茲的要求，中荷之間的戰爭還是不可避免地打響了。