商周祚給天啟皇帝的奏折中寫道：“荷夷突駕五舟犯我六敖。六敖逼近漳浦，勢甚岌岌。該道程再伊、副總兵張嘉策多方捍禦。把總劉英用計沈其一艇，俘斬十餘名。

    中左所（今屬廈門）為同安、海澄門戶，洋商聚集於海澄，夷人垂涎。又因奸民勾引，蓄謀並力，遂犯中左，盤據內港，無日不搏戰。又登岸攻鼓浪嶼，燒洋商黃金房屋船隻。已遂入泊圭嶼，直窺海澄。我兵內外夾攻，夷驚擾而逃。已複入廈門，入曾家澳，皆實時堵截，頗被官兵殺傷。”

    商周祚應對荷蘭人進攻毫無章法，引起天啟皇帝的不滿，於是火速換上了南居益，南居益到福建後，很快發現局麵不容樂觀，南居益在給天啟皇帝的奏章中提及：“紅夷倡亂已占據彭湖，又築城營壘，偽立不拔之基。乘汛出沒，虜掠商艘，焚毀民廬，殺人如麻，與國為敵。沿海震驚，官兵觀望，但恃撫諭一道，以圖徼幸。而海上奸民，且利夷金錢，交通接濟。法紀既已蕩然，封疆幾為淪沒。當時南北台省交章論閩事者，無不謂東南半壁，岌岌乎有薦食之盧矣。”

    南居益又描述荷蘭艦隊的戰船道：“舟長二十餘丈、高數丈，雙底。木厚二尺有咫，外鋈金錮之。四桅，桅三接，以布為帆，……中橫一杆，桅上有鬥，鬥大容四、五十人，係繩若梯，上下其間，或瞭遠，或有急擲矢石。舟前用大木作照水，後用柁。水工有黑夷者，最善沒，沒可行數裏。左右兩檣列銃，銃大十數圍，皆銅鑄；中具鐵彈丸，重數十斤，船遇之立粉。器械精利，非倭寇等諸夷可比。”

    南居益最後表現出對戰事的信心不足：““夷舟堅銃大，能毒人於十裏之外，我舟當之無不糜碎。即有水犀十萬，技無所施；而彼方（荷蘭）依大海波濤之險，挾巨銃堅舟之利，盤據以築城，勾連以內向。而我積衰之兵、不完之器，汪洋澎湃之中，一彼一此，能操其必勝乎？”

    當時，繼遼東的建虜、陝西等地的流賊、奢安之亂後，原來是大明傳統稅源地之一的福建亦響起了警報，天啟皇帝啟用抗倭名將俞大猷之子俞谘皋出任總兵，同時他向俞谘皋灌輸了一個道理，西夷生性凶殘、霸道、欺軟怕硬；大明跟荷蘭人之間開展正常的貿易往來，沒有武力的依仗是不行的。

    天啟皇帝對南居益、俞谘皋諭曰：”此戰在所難免，朕不惜一切代價，也要將紅夷打痛打怕，卿等放手而為！“於是南居益申明大義，獎率三軍，就見在營寨之兵，聊為戰守之具。檄行各道將，略抽水兵之精銳五千，列艦海上，以張渡澎聲討之勢。仍分布水陸之兵，連營信地，以為登岸豕突之防。俞谘皋發動的奇襲戰果豐碩，焚毀戰般一艘，活捉夷將高文律在內的五十多名俘虜，斬首八級。天啟皇帝祭告郊廟，禦門受俘，將高文律斬首，傳首九級，震懾蠻夷。

    荷蘭人於是向南居益求和，南居益表示澎湖乃是朝庭信地，不可以讓你們逗留；荷蘭人苦苦哀求在台灣大員逗留，南居益口頭上同意了這個請求，他在給天啟皇帝的奏折上表功道：“向非本院排眾議於紛紜，獨建渡澎之策，運神機於幃幄，屢盡推轂之奇，何以能驀奏膚功，複祖宗百年疆土，弘敷遠略，舒廟堂宵旦焦勞，有如今日者哉？”

    “是役也，不折一矢，不缺一刃，徒以命將出師，聲靈遐鬯，能使數年逋寇，一旦驚逃，海波不揚，邊鄙無聳，視彼功成而骨為枯、虜滅而水盡赤者，不啻倍之。同思數年枕戈露宿於鯨濤鱷浪之中，不知死者幾人，生者幾人，才為國家複得澎湖一塊疆土，為閩人除卻百年隱禍。紅夷寄泊於瑤波碧浪之中，暫假遊魂出沒，不足問也。”天啟皇帝允之。胡子睿知道，後來荷蘭人抓往沒有書麵文件的漏洞，宣稱台灣是大明皇帝賜給自己的，這就是大明人缺乏法律意識的惡果了，當然這也是後話了。

    鄭芝龍以中立者的身份罷身於明荷戰爭外，他埋頭做生意，置蘇杭細軟、兩京大內寶玩，興販琉球、朝鮮、真臘、占城、三佛齊等國，以等侯時機。

    天啟六年--七年，福建一帶發生了極為罕見的旱災，幾個月都沒有下過一場雨，赤地千裏，一向富裕的福建人，此時連草皮、樹根都吃盡了，鄭芝龍趨機招攬了大批饑民赴台灣，用海舶載至台灣，令其芟舍開墾荒地為田。厥田為上，秋成所獲，倍於中土。其人以衣食之餘，納租鄭氏。

    鄭芝龍發展壯大後，又乘機進攻福建、廣東沿海等地，一時間聲威大振，鄭芝龍略有紀律，不許擄婦女、屠人民、縱火焚燒、榨艾稻穀。比乘風橫行，羽檄飛報，沿海戒嚴。當事者咄咄，一籌莫展。工科給事中顏繼祖在給崇禎皇帝的奏折中就寫道：“海盜鄭芝龍，生長於泉，聚徒數萬，劫富施貧，民不畏官而畏盜。”

    鄭芝龍知道自己想在海上成就一番事業，離不開大明的支持，他所到地方但令百姓報水（即通報官府消息），而未嚐殺人。有徹貧者，且以錢米與之。鄭芝龍曾經向熊文燦表達曰：“苟得一爵相加，當為效死力，東南半壁可高枕矣。”

    於是，熊文燦向崇禎皇帝為鄭芝龍請命，崇禎皇帝知道鄭芝龍說的是大話，鄭芝龍串起太快，不要說荷蘭人仍然堅船利炮，不可憾動；就是李旦、顏思齊手下也有不少海盜並不服他，此時的鄭芝龍還不是日後那個橫行四海的梟雄，當然，鄭芝龍被招安，讓他去和海盜、荷蘭人鬥，讓福建暫時安定了下來，也是一件好事。崇禎皇帝於是授鄭芝龍為海防遊擊，鑄”五虎遊擊將軍“印，又給了鄭芝龍一塊地，允許他在老家興建豪華府邸，鄭芝龍被崇禎皇帝感動，表示要誓死效忠大明。