這是朱載坖和張居正之間最大的分歧，張居正認為，為了盡可能保證朝廷的貨幣收入，要盡可能的實行大規模的折色，這樣方便朝廷財政的征收和支給，但是朱載坖則是一直反對全麵折銀的辦法。
    為此，君臣兩人曾經多次深入討論此事，張居正認為將所有的賦役全部折銀，可以簡化朝廷征收和解運賦稅的程序，也使得百姓能夠減輕一些負擔，但是朱載坖認為，此事不能夠搞一刀切，必須要保證朝廷又足夠的本色收入。
    朱載坖認為，對於朝廷來說，本色收入的有著重要的意思，一是作為朝廷的儲備，用以應對各種天災人禍，賑濟百姓，平抑物價，二就是作為朝廷的物資保障，這些本色收入也是軍儲的重要來源，是朝廷保障官軍軍需和軍事行動所必須的，所以朱載坖認為田賦作為朝廷的正項錢糧，是不能夠折色的。
    朱載坖就是要本色上繳的這些糧食，充實朝廷的庫藏，各處官軍的軍儲，以備不時之需，同時，利用不折色的田賦，使得東南地區始終保持著一定比例的糧食播種麵積，使得東南至少能夠養活自己。
    朱載坖很清楚，一旦全部折色之後，百姓為了追求更高的經濟利益，肯定是會放棄種植糧食而選擇種植收益更高的棉花等經濟作物，這就是使得東南的糧食產量進一步減少，而東南都是大明人口最稠密的地方，而且也擁有大明數量最龐大的城市工人群體，這些人對於物價是很敏感，一旦物價尤其是糧價出現巨大的波動時，對於他們的影響將會是很明顯的，一旦出現糧食危機，而朝廷又不能迅速的調集物資，平抑糧價的話，民變將會迅速發生。
    這是朱載坖最擔心的情況，所以朱載坖一直不希望全麵折色也就是這個原因，雖然隨著經濟的發展，朱載坖也很清楚，東南不可能還是大明的糧倉，隨著東南人口的進一步增加，還有大規模種植棉花等經濟作物的影響，東南的糧食產量肯定會下降的，現在東南就已經要依靠湖廣的糧食來繳納漕糧了。
    但是朱載坖仍舊希望東南擁有基本糧食生產能力，至少能夠在正常情況下自給自足，同時即便是遇到一些天災，也能夠依靠朝廷建立的各種倉儲能夠及時平抑物價，保障百姓的基本生活，不至於發生民變。
    對於朱載坖的這個看法，張居正也是同意的，但是君臣之間的矛盾就在於到底保留多少的本色田賦，朱載坖認為田賦保留本色不動搖，也就是全部的田賦都保留本色不折色，這個數字無疑是十分巨大的，即便是按照隆慶十年的朝廷收入來看，田賦一共是麥406.7萬石、米2264萬石，合計2670.7萬石，還有軍屯籽粒米217.1萬石、麥216.5萬石，按照這個數字全部予以保留的話，張居正認為數字實在是過於巨大的。
    田賦總額折銀都超過一千萬兩的，張居正認為如果折色一部分的話，對於朝廷來說也能夠增加七八百萬兩的銀錢收入，要知道現在大明朝廷的現銀收入也才堪堪突破一千萬元，如果能夠將田賦折色一半的話，按照張居正的估計，大明的銀錢收入就可以立即提高到一千八百五十萬兩，對於大明的財政來說將會是一個極大的提升。
    所以張居正認為應當改折部分田賦，為此君臣兩人已經協商多次了，但是都沒有找到默契，於是朱載坖召集閣部重臣們，一起來商討有關田賦改折的事情，張居正首先向重臣們介紹了一條鞭法和攤丁入畝，重臣們都認為可以在東南試行，然後就是田賦的折色問題。
    其實大明的田賦一直也是有部分折色的，以隆慶十年為例，田賦2670萬石中，麥35.3萬石、米404.8萬石折銀124.7萬兩解運，還有大明的金花銀，也是進行了折色的，所以田賦折色是很正常的一件了，而且現在隆慶十三年的田賦收入已經超過三千三百萬石了，張居正認為，即便是折色一半，也足夠保證朝廷的各項開支和軍儲等事情了，對於田賦也要進行大規模的折色。
    但是對於到底折色多少，朱載坖和張居正的意見是不統一的，於是戶部尚書鄢懋卿就出來打圓場說道：“陛下，首揆，田賦到底應該折色多少，臣以為還是應該通計大明的用度，然後再予以計較。”
    鄢懋卿的方案得到了朱載坖和張居正的讚同，首先確實應該將大明朝廷所需要的本色開支予以算清楚，然後再來決定折色多少的問題，朱載坖和重臣們對於大明的本色開支做了一個分類。
    首先就是俸祿開支，主要包括各級文武官吏、官軍士卒、朝廷工匠等的祿米、本色軍餉、工食本色等，然後就是各級倉場的儲備，主要包括京通倉、地方的常平倉、備荒倉還有就是官軍的軍儲，這個也是數量最為龐大的一部分本色開支，然後就是用於各種工程開支、軍事行動、對蒙古的貿易賞撫等，這些也需要大量的本色糧秣，鄢懋卿的意思是先將朝廷所必須的本色予以算出來，然後在根據田賦總量予以確定一個折色的比例。
    對於鄢懋卿的這個方案，朱載坖也表示同意，但是朱載坖也要求鄢懋卿，在進行統計的時候，要盡可能的寬裕，要將運費和損耗等也要算入本色征收的部分中，而且也要盡可能的增加朝廷儲備，以應對可能出現的災荒。
    鄢懋卿領旨去辦理此事，根據內閣和戶部的提請，朱載坖發布上諭，在東南兩省實施一條鞭法和攤丁入畝，將各項雜泛差役、徭役和人丁稅全部折銀攤派到土地上，按照所擁有土地的多寡進行征稅，這樣一來，無地的佃戶的負擔就相對減少了。
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