朱載坖將申時行的奏疏下內閣及六部商議，對於申時行的奏請，一眾部院大臣們似乎都有些不願意同意，戶部就上疏指出，如果現在對於北直隸實施一條鞭法和攤丁入畝的話，朝廷的很多差役和物料怎麽解決，戶部算了一筆賬，僅僅是木柴木炭一項，就要額外支出二十九餘兩，也就是三十萬兩。
    而太仆寺也上疏稱馬政實係軍國大事，不可不重，官軍現在仍舊是缺乏馬匹的狀態，如果將北直隸的馬戶予以取消的話，怎麽樣保證官軍的戰馬供應了，所以暫時不能將北直隸的馬戶予以取消。
    其他各部院也是這個意見，就是北直隸的雜泛差役還不能夠完全取消，否則的話會影響到朝廷的正常運轉，對於他們的這些說辭，朱載坖是極為無奈的，朱載坖於是召見了首輔張居正，將申時行的奏疏給他，朱載坖直接說道：“朕看申時行的奏疏很有道理，部院為何都不願意啊？”
    張居正笑著說道：“陛下，無他，利也！”
    張居正是長期在朝廷六部混的人，除了出鎮南京之外，張居正的仕途生涯基本上都在京師，所以張居正對於京師這些衙門中的各種潛規則是十分的了解，北直隸承擔了很多朝廷中樞衙門的差役，實際上更多的是成為了京官們的福利，就以木柴木炭為例，雖然是由北直隸各府州縣來承辦的，按照道理是應該向朝廷各部門，實際上是由兵部負責接收這些物資的。
    但是實際上朝廷各部門是根本用不了這麽的木柴木炭的，而地方官府也無需向朝廷各部門上繳這麽多的木炭木柴，而絕大部分的木炭木柴都以折銀的形式交給了兵部，然後由兵部分配給各個部門，各個部門再按照品級將這筆銀子分給所有的官吏們，也就成為一種默許的福利了。
    而一旦在北直隸實施一條鞭法之後，即便是北直隸再向朝廷繳納二十九萬兩的木柴折銀，但是這些銀子可不是都是要進入太倉的，不可能拿出來分給這些官吏們，所以這些官吏們是堅決反對北直隸實施一條鞭法的，因為一旦這麽幹了，朝廷從地方收取折色銀，再像商人采買木柴木炭，供應給各衙門，就是完全的實物了，總不能大小官員散衙之後一人扛幾捆柴回家吧？
    雖然對於部堂大員們來說，他們對於這點錢財是看不上的，但是他們必須要考慮手下的官吏們，否則前任部堂們都有的福利在你手上被整沒了，這讓官吏們怎麽想，人心散了，隊伍就不好帶了！
    所以出於這個理由，這些部堂大員們不敢答應在北直隸施行一條鞭法的主要原因，因為這會極大的損害這些部院官吏們的切身利益，張居正也說道：“陛下，京官清苦，還是要體諒一二的。”
    這話說的倒也不假，和地方官員相比，中低級的京官們確實是相對比較清苦的，畢竟就算是要行賄，也是找部堂大員們行賄，誰找一行人司行人行賄呢？當然了，像什麽吏部文選司、吏部考功司、兵部武選司、兵部武庫司這種地方另說，但是大部分的低級京官日子談不上多好過，這點朱載坖是知道了。
    京官們通過這些福利撈取一些好處，朱載坖認為並不為過，但是現在涉及到朝廷的大政方針，朱載坖就不能再這麽放任下去了，朱載坖要求張居正會同戶部，將在京官員的這種潛規則的福利統計一下，大概算算每人每年按品級能夠領取多少銀子，製定一個詳細的京官的福利製度。
    朱載坖認為，這些所謂的潛規則，不如由朱載坖直接將其轉化為明麵上的福利，由內承運庫負責撥給，算是朱載坖個人給這些官員們一點福利，冬季有柴炭銀，夏季有消暑銀，還有衣裝銀等各種補貼，保證這些官員們能夠過上相對體麵的生活。
    然後，朱載坖再次命令戶部統計在京各衙門所需用度，務必照實承辦，同時將朝廷中樞的這些經費，折銀之後，依照各省的田畝多少，均攤到各省，而不是由北直隸一家承擔，而朝廷再用這筆銀子向商人采辦各種物品。對於朝廷來說，大大降低了朝廷的行政成本，對於北直隸來說，可以說現在的負擔僅僅相當於之前的二十分之一，對於百姓來說當然是好事，而對於其他的省份來說，所增加的也不多，也在可以接受的範圍之內。
    同時將朝廷各衙門的用人也由差役全部改為募役，優先用於安置京營、親軍諸衛的退伍士卒，將原本由北直隸承認的力差改為銀差，由北直隸直接向戶部繳納相應的銀錢就行了，在這種情況之下，朱載坖再次將申時行的奏疏下部議，朝廷上下也明白了朱載坖的意圖，紛紛表示就應該在北直隸施行一條鞭法和攤丁入畝，使得朝廷能夠直觀的看到新政的利弊。
    於是朱載坖下旨，在南北直隸、浙江、福建四省施行一條鞭法和攤丁入畝，將除了田賦之外的所有雜泛差役、徭役、丁銀等折算到田畝中去，按照田畝征收賦稅，田多者多交，田少者少繳，無田者不交，同時朱載坖還在詔書中明確說明，除了朝廷明確規定的官員優免和對於軍戶軍屬的優待之外，各級官府要嚴查優免冒濫，即便是官員，也僅僅免除雜泛差役的折銀，不允許隨意優免，尤其是東南，寺院繁盛，占有大量的土地田產，一樣也要照章納稅，不允許妄行蠲免，以虧國課。
    朱載坖命令嚴世蕃繼續巡視東南，尤其是查看一條鞭法和攤丁入畝在東南的實施情況，由豪強轉嫁賦稅的，允許嚴世蕃、勞堪等便宜行事，即行正法。
    同時由於現在漕運功能降低了，朱載坖命令撤銷原駐淮安的漕運總督衙門，原漕運總督的治水職能轉由河道總督負責，在上海設立東南發運使衙門，任命原漕運總督王宗沐以右都禦史兼南京工部尚書銜為東南發運使，負責將朝廷所需的物資從東南經由河海兩路向京師轉運。
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