柯南攥著追蹤器的手指驟然收緊，屏幕上的紅點在萬花筒狀的建築中詭異地消失。就在他準備潛入時，一道猩紅的閃電撕裂夜空，裹挾著他墜入扭曲的時空漩渦。當他再次睜開眼，眼前不再是米花町的霓虹，而是木葉村標誌性的巨大火影岩。
    "小朋友，你怎麽一個人在這裏？"溫柔的女聲傳來。柯南抬頭，看到春野櫻蹲在麵前，粉色發梢掃過他沾滿塵土的額頭。就在這時，遠處傳來爆炸聲，鳴人踩著螺旋丸炸出的氣浪掠過樹梢，佐助的千鳥流在雲層間劃出藍紫色的弧光。柯南瞳孔驟縮——那些飛濺的黑色衣角，和黑衣組織的製服如出一轍。
    深夜的木葉醫院，柯南將麻醉針藏在袖口，向第七班展示從爆炸現場撿到的金屬碎片。"這個紋路，和黑衣組織製造的竊聽器完全一致。"他推了推反光的眼鏡，"他們正在收集尾獸查克拉，試圖製造超越aptx4869的生化武器。"
    佐助突然按住劍柄："三天前，我在音忍村遺跡發現類似組織，他們能吸收忍術化為己用。"鳴人掰碎手裏的冰棍，碎屑間隱約閃過銀色的芯片："上次和佩恩戰鬥時，有個戴黑禮帽的家夥在暗中錄像！"
    隨著調查深入，他們發現雨隱村地下實驗室裏，黑衣組織的科學家正在用咒印技術改造克隆人。柯南操控著太陽能滑板衝入實驗室，足球精準擊中核心設備，鳴人趁機用影分身困住敵人。但當佐助斬斷最後一名守衛的瞬間，實驗室突然亮起紅色警報，一個戴著烏鴉麵具的男人冷笑著按下按鈕："你們太慢了。"
    衝天的火光中，柯南看到數十具浸泡在培養液裏的軀體，他們額頭上都烙著銀色的"aptx"字樣。小櫻拚盡全力護住傷員，卻發現醫療忍術對那些機械改造的敵人毫無作用。危機時刻，柯南將變聲器調成三代火影的聲音，成功調動木葉的暗部支援。
    決戰在終末之穀爆發。黑衣組織首領帶著機械九尾現身，它的利爪劃過之處，岩石瞬間結晶化。鳴人開啟九喇嘛模式，佐助須佐能乎與柯南的足球機甲形成掩護陣型。當柯南用特製麻醉彈擊中機械九尾的能源核心時，首領卻突然撕開空間裂縫，身後浮現出柯南世界的高樓大廈。
    "江戶川柯南，火影忍者..."首領摘下兜帽，露出半邊機械義眼，"兩個世界的法則正在融合，你們以為能阻止命運？"佐助的天照燒穿了他的披風，卻隻留下滿地破碎的全息投影。空間裂縫閉合前，首領冰冷的聲音回蕩在山穀："當月亮變成血色，真正的遊戲才剛剛開始。"
    望著漸漸消散的黑霧，鳴人握緊拳頭："下次見麵，絕對不會讓他們逃走！"柯南撿起地上的芯片碎片，上麵的代碼正在不斷重組。他知道，黑衣組織跨越時空的陰謀，才剛剛掀開冰山一角。
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