元和八年，李純在對外用兵的同時，還在關注唐朝內部的發展。近年來，經過朝廷的持續推動，唐朝境內的工商業日趨興旺，冶鐵業、紡織業、建築業、零售業蓬勃發展，夏原新都在有條不紊的建設，長安到洛陽的鐵路也在推進，國家呈現出興旺發達的景象。
    社會經濟發展的同時，士林百姓的思想也在改變，以前被人視為奇技淫巧的科學技術，極大的改變了百姓的生活，生產出的火器威力驚人，在對外征討中發揮了巨大作用，讓人們對科技有了更加積極的認識，紛紛投身於技術革新當中，民間興起了學習科學知識的熱潮。
    很多人通過從事工商業賺了大錢，生活富足，商品變得更加豐富，蒸汽機開始被應用到其他生產領域，替代了不少人力。
    通過朝廷的鼓勵和現實證明，百姓們認為，經商辦實業大有可為，很多農民覺得進城務工比種地賺得多，紛紛進城尋找機會。
    正在前方軍事活動和其他事業都順利發展的時候，傳來裴垍去世的消息，讓李純倍感傷心，為了表彰裴垍的功績，李純追封裴垍為太子太傅，賜其兒子裴鍠門蔭入仕。
    處理完裴垍的喪事後，就進入了元和8年5月，李純的心情還有些低落，突然元稹送來一個奏折，說是扶桑派來一批遣唐使，要來大唐學習先進的技術和文化。
    看到這個奏折，李純想起曆史中記載，扶桑在盛唐時期多次派遣唐使，來唐朝學習先進技術和文化。那時候的唐朝主政者誌得意滿，輕易就答應了扶桑國的請求，先後接待了大量的遣唐使，毫無保留的把自己最好的東西教給別人。
    李純想起此事，就對當時的主政者就非常痛恨，自己有點好東西恨不得連家底都交給人家，還聲稱是什麽大國風範，傳播華夏文化。
    老祖宗好不容易積攢點東西，這些人崽賣爺田心不痛，全部拿去資敵，後麵扶桑國強大了，就掉頭打華夏，當時的主政者就是糊塗蛋！
    自安史之亂後，扶桑人看到沒什麽好學的了，就逐步減少了遣唐使的數量，以至於後麵中斷。扶桑這個民族，學到了大唐的精華後，回去勵精圖治，後麵發展很快，到了唐朝中後期，很多方麵就都追上來了。
    自元和五年後，唐朝再次出現複興，不僅削平了藩鎮，而且在經濟、科技、文化又有了新的發展。特別是軍事工業突然興起，甚至還搞出了火車，政治改革、教育改革也在不斷推進，取得了很大的成效。
    這個時候，扶桑人看到唐朝又有新東西可學，又派出遣唐使，想過來偷師學藝，把華夏的好東西挖回去。李純本想把他們趕回去，但是想著既然來了，就見見，看他們能玩出什麽花樣。
    次日，李純在宣政殿召見扶桑派來的遣唐使。由元稹領著，兩個扶桑人跟著，一起進宮拜見李純。
    幾個人叩頭起來後，李純認真打量了一下他們，隻見兩個人都在四十歲左右，前額剃發，留著小胡子，典型的扶桑人打扮，看著就有點不爽。
    李純正看著，其中一個扶桑人開口了，此人的漢語說的很好，他恭敬地說道：“偉大的皇帝陛下，敝人安倍晉六，是扶桑國派來的遣唐使，受我國天皇藤原義孝的委托，來到大唐學習先進的技術文化，懇請皇帝陛下答應。”
    另一個扶桑人也開口說話了：“皇帝陛下，敝人麻生二郎，是此次的副使，我們扶桑人非常仰慕大唐的文化，我們真誠的向你們學習，希望唐朝人可以好好教我們。”
    李純心裏湧出幾十個草泥馬，這兩個倭人裝的真像，擺出一副謙虛愛學的樣子，把偷學東西搞得那麽文雅，真令人作嘔。
    李純畢竟是皇帝，也不好爆粗口，就調侃地說道：“你們想學文化？可以呀，沒問題，元稹就是一個詩歌高手，朕讓他專門抽出一段時間，教你們寫詩，你們意下如何？”
    安倍晉六趕忙說道：“我們在開元年間就已經學會寫詩了，這次我們想學點技術，我們久仰唐朝的軍事技術發達，非常順利的擊敗了吐蕃，希望大唐也能教教我們。”
    李純真想拿個東西砸過去！小鬼子還想學軍事技術，學完再掉頭打唐朝？真是厚顏無恥！
    李純不緊不慢地說：“學習東西吧，總要有個禮尚往來，你們不能說學就學，總要有東西給我國吧。”
    安倍晉六說：“我們這次來是非常真誠的，為了表示誠意，我們的天皇專門讓人選了三個最漂亮的扶桑女子，願意獻給皇帝陛下，作為見麵禮。”
    李純想，什麽亂七八糟的，大唐缺女人？扶桑的娘們更香？如果為了幾個扶桑女人就把唐朝的軍事技術拱手讓人，自己不就成了千古罪人？
    李純假裝無奈的說：“可惜朕不愛女色，即位至今才納了一個妃子，這三個扶桑美女，還是留給你們的天皇做妃子吧。”
    安倍晉六有點著急了：“皇帝陛下，如果你們有其他要求，隻要是我們能做到的，都會盡力做到，我們願意出錢。”
    李純想到，按照計劃明年就要打扶桑，就說道：“子曰：有朋名自遠方來，不亦樂乎。怎能要你們的錢呢，與其你們來學，不如我們派人去教，最遲明年下半年，我們一定會派人去教你們。”
    安倍晉六和麻生二郎麵麵相覷，也不知道李純說的真假，安倍晉六隻得說：“不必如此麻煩大唐，我們既然來了，還是由我們來學習吧，我們不會忘記大唐的恩情的。”
    李純想，朕對你們可沒啥恩情，到時候不要恨朕就行了，然後就說道：“軍事技術這個東西，不能光學習，更重要的是要切身體會，隻有切身體會到了他的厲害，才能融會貫通。”
    兩人聽出了李純話中暗含的殺機，不禁緊張起來，安倍晉六趕忙說道：“我們扶桑人是唐朝人的朋友，不是敵人，幾百年來一直世代友好，還請皇帝陛下珍惜這段友誼。”
    嘿！還在灌迷魂湯，真是不到黃河心不死，不見棺材不落淚。李純繼續說道：
    “對，唐朝和扶桑確實是好朋友，朕還要邀請你們的天皇藤原義孝來長安做客，以後就住在長安不走了，朕保管給他吃香的喝辣的，好好招呼他。”
    兩個人快被李純繞暈了，安倍晉六還不死心，最後說道：“皇帝陛下太會說笑了，我們兩個來一次唐朝不容易，想走一走，看一看，領略大唐的強盛，還請陛下答應。”
    走啥，看啥，還想著偷學東西呢？李純當即說道：
    “元愛卿，兩個扶桑使者的這個要求還是要答應的，那三個扶桑美女朕就不要了，但是也要讓他們領略一下唐朝美女的韻味，給你三天的時間，帶他們到長安六大胡同走一走，看一看，還可以現場體會、親密接觸。時間一到，立即送客，禮送出境！”
    兩個扶桑遣唐使傻眼了，要是他們來唐朝三天專門泡妞，回去被天皇知道後，還不殺頭呀。他們看再繼續磨下去，隻會越來越難受，隻得泱泱而退。
    送走兩個扶桑遣唐使之後，李純交代元稹，以後不要再領這種心懷不軌的外國人過來，要嚴密監督管控在唐朝的外國人，絕對不能讓他們接觸到唐朝的重要技術。
    打發走兩個扶桑二貨之後，李純抽出時間對當時唐朝的發展情況進行認真的梳理分析，認為國家在不斷的發展進步，但是第一次機構改革的不徹底，有些機構的職能跟當前的形勢不匹配，沒能起到很好的促進作用，亟需進行第二次機構改革。
    以前局部的教育改革，存在一定的妥協性，社會的發展證明了科技和經濟的重要性，人民對這兩個方麵的接受度有了很大的提高，經濟的發展也需要一批具有新知識新技能的人才，必須要進行更加全麵的教育改革。
    李純經過思考，決定先進行機構改革，爭取一次改革到位，不再保留任何閑散機構，在機構改革中組建教育部，而後由教育部負責開展教育領域的大改革。
    首先，禮部既要管重大活動，又要管教育，造成主業不清，同時太常寺也分管一些禮儀活動，與禮部的職能造成交叉，可以把禮部教育的職能剝離出來，單獨成立教育部，負責全國教育事業的發展，把太常寺全部人員和職能並入原來的禮部，負責所有的禮儀活動。
    國子監的職能不變，為朝廷培養和選拔人才的地方，新考入的進士都要在這裏進行為期一年的行政、科學、經濟、法律等方麵知識和能力的培養。
    其次，司農寺所管的農業和都水監所管的水利密切相關，兩個小部門可以合並成為一個大部，稱為農水部，既減少了一個部門，又可以有利於農業和水利的協調推進。
    戶部的職能相對太多，應該分成兩個部門，一個是財稅部，專門負責財政管理和收取賦稅，集中精力管好國家財務；一個是民政部，集中負責戶口、婚喪、宗教、民族事關百姓的各類基礎事務，特別是處理好新征服地區少數民族的融入問題。
    工部的職能也要進行分解，成立建設部，專門負責國家大項工程的建設，對民間的各類工程、房屋建設進行管理；成立交通部，負責道路建設、修建鐵路，水運、海運也要管起來；將科工部的建築司抽出來給建設部，把交通司抽出來給交通部。
    對科工部剩餘的機構進行重組，在科技司的基礎上組建科學司、技術司，其中科學司加掛科學院的牌子，負責科學知識的推廣，搜集一些科學理論和技術專家加入科學院，技術司則重點負責每年科學大會的籌辦，推廣重要的使用的技術。新的科工部包含火器司、戰船司、科學司、技術司，集中精力負責軍事工業和科技發明的推廣。
    大理寺、刑部、禦史台也要進行重整，大理寺改為審判院，專門負責重要案件的審理判定；刑部改為司法部，專門負責社會治安和各類法律的製定；禦史台改為監察院，專門負責對公職人員的監督、調查和公訴。
    吏部改為人事部，不再局限於管理官吏，對其他公職人員都要管理，對全國的官員和公職人員進行總量控製，防止財政供養人員過多、過濫。
    太仆寺負責馬政主要和兵部征用戰馬有關，主要職能並入兵部，在兵部成立軍馬司，關於民間養馬和養畜的職能並入農水部。衛尉寺作為京師衛戍區實際上就是一支保衛功能的部隊，可改為衛尉軍。
    李純考慮成熟以後，就和李吉甫、武元衡等朝臣商議自己的改革方案，李吉甫等人感覺這又是一個大動作，對行政機構改革的力度非常大。
    朝臣們覺得，這次行政機構改革，新組建了好幾個部門，增加了很多確實需要的職能，自然也增加了官位，自然讚成。
    李純即位以來，所做的很多事情剛開始大家看不懂，但是後來都逐步發揮了巨大效果，藩鎮問題解決了，國力富強了，對外戰爭連續獲勝，大家對李純的眼光和能力有了客觀的認識，所以這次機構改革獲得絕大多數人的同意，一致通過。
    經過改革，名義上歸尚書省管轄的部變成了13個，分別為：禮事部、教育部、人事部、軍事部、科工部、農水部、財稅部、民政部、工商部、外事部、建設部、交通部、司法部。
    審判院、監察院單獨設置，主官為為正三品的正使，兩院相當於正部級單位，直接對皇帝負責，保證辦案不受幹擾。
    衛尉軍、國子監均為正四品副部級單位，衛尉軍主管京師衛戍，比較重要，直接對皇帝負責；國子監主要負責人才的培養，與教育密切相關，可由教育部代管。
    原來隸屬於太常寺的欽天監，相當於一個正五品的司級單位，主管天文、曆法事務，也涉及到氣象、地震等事務，可以劃歸新的禮事部管理。
    中書省不直接管轄各部門，但實際上為朝廷政務的核心機構，左右丞帶三個光祿大夫，負責朝廷日常事務的處理，向皇帝提出建議，並按照皇帝的意見下達各類政令。把翰林院作為中書省的輔助辦公機構，設為正四品副部級單位，相當於中書省的辦公廳。
    門下省作為對中書省監督單位，對於其政令進行審查，對於其不合適的部分提出意見，對於朝廷的施政方針也可以單獨提出意見，相當於朝廷顧問的角色。
    樞密院作為皇帝的私人辦公機構，為正三品正部級單位，設置秘書司（文案和值班）、宗正司（管理宗室）、察訪司（調查私訪）、廷衛司（禦林軍）、太府司（皇家後勤），樞密院專門處理與皇帝、宗室密切相關的事務，避免與朝廷事務攪在一起。
    內侍監單純作為皇宮內部的管理機構，為正四品副部級單位，隻負責宮廷內的各項事務，宮外的事務一律不得幹預，杜絕宦官幹政的機會。
    經過這次改革，行政機構有增有減，原來一些務虛清閑的部門基本都被撤並掉了，新增了很多國家建設需要的部門，雖然總的部門數量有所增加，但是都是國家發展需要的部門，改革後各部門的職能更加清晰，不會再互相幹擾內耗。